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- PDB-4jra: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jra
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C
要素
  • Botulinum neurotoxin type A
  • Synaptic vesicle glycoprotein 2C
キーワードHYDROLASE / Beta-helix / Vesicles / lumen / toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / dopaminergic synapse / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol ...Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / dopaminergic synapse / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / neurotransmitter transport / regulation of synaptic vesicle exocytosis / transmembrane transporter activity / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / toxin activity / chemical synaptic transmission / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pentapeptide repeat region / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / : / SV2A/B/C luminal domain / Synaptic vesicle protein SV2 / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain ...Pentapeptide repeat region / E3 ubiquitin-protein ligase SopA / : / SV2A/B/C luminal domain / Synaptic vesicle protein SV2 / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Pectate Lyase C-like / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / 3 Solenoid / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / MFS transporter superfamily / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A / Synaptic vesicle glycoprotein 2C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Benoit, R.M. / Frey, D. / Wieser, M.M. / Jaussi, R. / Schertler, G.F.X. / Capitani, G. / Kammerer, R.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for recognition of synaptic vesicle protein 2C by botulinum neurotoxin A.
著者: Benoit, R.M. / Frey, D. / Hilbert, M. / Kevenaar, J.T. / Wieser, M.M. / Stirnimann, C.U. / McMillan, D. / Ceska, T. / Lebon, F. / Jaussi, R. / Steinmetz, M.O. / Schertler, G.F. / Hoogenraad, ...著者: Benoit, R.M. / Frey, D. / Hilbert, M. / Kevenaar, J.T. / Wieser, M.M. / Stirnimann, C.U. / McMillan, D. / Ceska, T. / Lebon, F. / Jaussi, R. / Steinmetz, M.O. / Schertler, G.F. / Hoogenraad, C.C. / Capitani, G. / Kammerer, R.A.
履歴
登録2013年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
B: Botulinum neurotoxin type A
C: Synaptic vesicle glycoprotein 2C
D: Synaptic vesicle glycoprotein 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,67812
ポリマ－135,4194
非ポリマー2598
水1,47782
1
A: Botulinum neurotoxin type A
D: Synaptic vesicle glycoprotein 2C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,96810
ポリマ－67,7102
非ポリマー2598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Botulinum neurotoxin type A
C: Synaptic vesicle glycoprotein 2C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7102
ポリマ－67,7102
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.440, 105.260, 127.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX / Botulinum neurotoxin A light chain / Botulinum neurotoxin A heavy chain


分子量: 51724.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bna / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: タンパク質 Synaptic vesicle glycoprotein 2C


分子量: 15984.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2C, KIAA1054 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q496J9
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月28日
放射モノクロメーター: FIXED EXIT DOUBLE, CHANNEL DCM MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 67843 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FUO

3fuo


解像度: 2.3→19.933 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.58 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: twin operator -h, -k, l
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 2033 3 %
Rwork0.2353 --
obs0.24 67843 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8304 0 8 82 8394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088499
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07911481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3043132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.35370.30091340.3024329X-RAY DIFFRACTION97
2.3537-2.41240.31791340.29454367X-RAY DIFFRACTION97
2.4124-2.47760.35541350.28784353X-RAY DIFFRACTION97
2.4776-2.55030.28061350.28264380X-RAY DIFFRACTION97
2.5503-2.63250.30081340.27744366X-RAY DIFFRACTION97
2.6325-2.72630.3031350.2644373X-RAY DIFFRACTION97
2.7263-2.83520.26441340.26084394X-RAY DIFFRACTION97
2.8352-2.96380.27111360.24964363X-RAY DIFFRACTION97
2.9638-3.11950.28781380.24114431X-RAY DIFFRACTION97
3.1195-3.31410.25621340.23224328X-RAY DIFFRACTION97
3.3141-3.56860.26141360.22664413X-RAY DIFFRACTION97
3.5686-3.92530.2591360.21984400X-RAY DIFFRACTION97
3.9253-4.48750.23141360.19994369X-RAY DIFFRACTION97
4.4875-5.63230.23251360.20114434X-RAY DIFFRACTION97
5.6323-19.85080.31411390.26424488X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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