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- EMDB-11039: bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain, state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11039
タイトルbovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain, state 2
マップデータState 2 half mask 1
試料
  • 複合体: Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His
    • 複合体: ATP synthase F1 domain
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: ATP synthase peripheral stalk
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: ATPase inhibitor, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


angiostatin binding / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / ATPase inhibitor activity / mitochondrial envelope / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / negative regulation of hydrolase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / proton-transporting ATP synthase complex ...angiostatin binding / Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / ATPase inhibitor activity / mitochondrial envelope / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / negative regulation of hydrolase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / heme biosynthetic process / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / 細胞呼吸 / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 赤血球形成 / ADP binding / ATPase binding / protein homotetramerization / ミトコンドリア内膜 / calmodulin binding / lipid binding / structural molecule activity / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B ...Mitochondrial ATPase inhibitor / Mitochondrial ATPase inhibitor, IATP / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase coupling factor 6 / : / Metazoan delta subunit of F1F0-ATP synthase, C-terminal domain / ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP合成酵素 / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATPase inhibitor, mitochondrial / ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial / ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / ATP synthase subunit O, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / cattle (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Spikes T / Montgomery MG / Walker JE
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M009858/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105663150 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria.
著者: Tobias E Spikes / Martin G Montgomery / John E Walker /
要旨: The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial ...The structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria determined in three rotational states by electron cryo-microscopy provides evidence that the proton uptake from the mitochondrial matrix via the proton inlet half channel proceeds via a Grotthus mechanism, and a similar mechanism may operate in the exit half channel. The structure has given information about the architecture and mechanical constitution and properties of the peripheral stalk, part of the membrane extrinsic region of the stator, and how the action of the peripheral stalk damps the side-to-side rocking motions that occur in the enzyme complex during the catalytic cycle. It also describes wedge structures in the membrane domains of each monomer, where the skeleton of each wedge is provided by three α-helices in the membrane domains of the b-subunit to which the supernumerary subunits e, f, and g and the membrane domain of subunit A6L are bound. Protein voids in the wedge are filled by three specifically bound cardiolipin molecules and two other phospholipids. The external surfaces of the wedges link the monomeric complexes together into the dimeric structures and provide a pivot to allow the monomer-monomer interfaces to change during catalysis and to accommodate other changes not related directly to catalysis in the monomer-monomer interface that occur in mitochondrial cristae. The structure of the bovine dimer also demonstrates that the structures of dimeric ATP synthases in a tetrameric porcine enzyme have been seriously misinterpreted in the membrane domains.
履歴
登録2020年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6z1r
  • 表面レベル: 0.026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6z1r
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11039.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11039.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈State 2 half mask 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.026 / ムービー #1: 0.026
最小 - 最大-0.07438837 - 0.12683138
平均 (標準偏差)-0.00000246765 (±0.0027197294)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 524.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z524.000524.000524.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0740.127-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_11039_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: State 2 half map 2

ファイルemd_11039_half_map_1.map
注釈State 2 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: atp synthase monomer mask

ファイルemd_11039_half_map_2.map
注釈atp synthase monomer mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His

全体名称: Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His
要素
  • 複合体: Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His
    • 複合体: ATP synthase F1 domain
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha, mitochondrialATP合成酵素
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta, mitochondrialATP合成酵素
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma, mitochondrialATP合成酵素
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit delta, mitochondrialATP合成酵素
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrialATP合成酵素
    • 複合体: ATP synthase peripheral stalk
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit O, mitochondrialATP合成酵素
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial
    • 複合体: ATPase inhibitor, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: ATPase inhibitor, mitochondrial
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His

超分子名称: Bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain with IF1_1-60_6His
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
分子量実験値: 7.441 KDa

+
超分子 #2: ATP synthase F1 domain

超分子名称: ATP synthase F1 domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5 / 詳細: The F1 domain of ATP synthase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: ATP synthase peripheral stalk

超分子名称: ATP synthase peripheral stalk / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#10 / 詳細: Part of the stator of the enzyme
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #4: ATPase inhibitor, mitochondrial

超分子名称: ATPase inhibitor, mitochondrial / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
詳細: ATPase inhibitor truncated version - residues 1-60 with a HIS6 tag
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: In chains ABC, Glu 1 is technically correct. The DNA sequence for this protein encodes GLU. The actual residue is pyroGLU. However pyroGLU and pyroGLN are the same. Residue 481 in chains A, ...詳細: In chains ABC, Glu 1 is technically correct. The DNA sequence for this protein encodes GLU. The actual residue is pyroGLU. However pyroGLU and pyroGLN are the same. Residue 481 in chains A, B, and C can be Gly or SER. e.g. in this structure should be GLY. We have used the following REMARK in other PDB files: REMARK 999 REFERENCE FOR THE ALPHA SUBUNIT J. E. WALKER, S. J. REMARK 999 POWELL,O. VINAS AND M. J. RUNSWICK, BIOCHEMISTRY,VOL 28,PP REMARK 999 4702-4708, 1989. REMARK 999 REMARK 999 SER 481 GLY IN CHAINS A, B AND C REMARK 999 WAS IDENTIFIED AS A GLY FROM THE PROTEIN REMARK 999 SEQUENCE. IN THE CDNA SEQUENCE, THE CODON FOR THIS REMARK 999 RESIDUE WAS AGC SER IN THREE CLONES WHILE IN TWO REMARK 999 OTHERS IT WAS GGC GLY. THE DIFFERENCE WAS THOUGHT TO REMARK 999 BE DUE TO A MUTATION OCCURRING DURING EITHER PROPAGATION REMARK 999 OF THE CLONES IN THE LIBRARY OR SUBCLONING INTO M13 REMARK 999 VECTORS. THE ELECTRON DENSITY SUGGESTS A GLY IN REMARK 999 THIS POSITION.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 55.302191 KDa
配列文字列: EKTGTAEVSS ILEERILGAD TSVDLEETGR VLSIGDGIAR VHGLRNVQAE EMVEFSSGLK GMSLNLEPDN VGVVVFGNDK LIKEGDIVK RTGAIVDVPV GEELLGRVVD ALGNAIDGKG PIGSKARRRV GLKAPGIIPR ISVREPMQTG IKAVDSLVPI G RGQRELII ...文字列:
EKTGTAEVSS ILEERILGAD TSVDLEETGR VLSIGDGIAR VHGLRNVQAE EMVEFSSGLK GMSLNLEPDN VGVVVFGNDK LIKEGDIVK RTGAIVDVPV GEELLGRVVD ALGNAIDGKG PIGSKARRRV GLKAPGIIPR ISVREPMQTG IKAVDSLVPI G RGQRELII GDRQTGKTSI AIDTIINQKR FNDGTDEKKK LYCIYVAIGQ KRSTVAQLVK RLTDADAMKY TIVVSATASD AA PLQYLAP YSGCSMGEYF RDNGKHALII YDDLSKQAVA YRQMSLLLRR PPGREAYPGD VFYLHSRLLE RAAKMNDAFG GGS LTALPV IETQAGDVSA YIPTNVISIT DGQIFLETEL FYKGIRPAIN VGLSVSRVGS AAQTRAMKQV AGTMKLELAQ YREV AAFAQ FGSDLDAATQ QLLSRGVRLT ELLKQGQYSP MAIEEQVAVI YAGVRGYLDK LEPSKITKFE NAFLSHVISQ HQALL GKIR TDGKISEESD AKLKEIVTNF LAGFEA

+
分子 #2: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit beta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: The mature protein starts AAQA. UNIPROT are updating P00829 accordingly.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP合成酵素
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 51.757836 KDa
配列文字列: AAQASPSPKA GATTGRIVAV IGAVVDVQFD EGLPPILNAL EVQGRETRLV LEVAQHLGES TVRTIAMDGT EGLVRGQKVL DSGAPIRIP VGPETLGRIM NVIGEPIDER GPIKTKQFAA IHAEAPEFVE MSVEQEILVT GIKVVDLLAP YAKGGKIGLF G GAGVGKTV ...文字列:
AAQASPSPKA GATTGRIVAV IGAVVDVQFD EGLPPILNAL EVQGRETRLV LEVAQHLGES TVRTIAMDGT EGLVRGQKVL DSGAPIRIP VGPETLGRIM NVIGEPIDER GPIKTKQFAA IHAEAPEFVE MSVEQEILVT GIKVVDLLAP YAKGGKIGLF G GAGVGKTV LIMELINNVA KAHGGYSVFA GVGERTREGN DLYHEMIESG VINLKDATSK VALVYGQMNE PPGARARVAL TG LTVAEYF RDQEGQDVLL FIDNIFRFTQ AGSEVSALLG RIPSAVGYQP TLATDMGTMQ ERITTTKKGS ITSVQAIYVP ADD LTDPAP ATTFAHLDAT TVLSRAIAEL GIYPAVDPLD STSRIMDPNI VGSEHYDVAR GVQKILQDYK SLQDIIAILG MDEL SEEDK LTVSRARKIQ RFLSQPFQVA EVFTGHLGKL VPLKETIKGF QQILAGEYDH LPEQAFYMVG PIEEAVAKAD KLAEE HS

+
分子 #3: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 30.30076 KDa
配列文字列: ATLKDITRRL KSIKNIQKIT KSMKMVAAAK YARAERELKP ARVYGVGSLA LYEKADIKTP EDKKKHLIIG VSSDRGLCGA IHSSVAKQM KSEAANLAAA GKEVKIIGVG DKIRSILHRT HSDQFLVTFK EVGRRPPTFG DASVIALELL NSGYEFDEGS I IFNRFRSV ...文字列:
ATLKDITRRL KSIKNIQKIT KSMKMVAAAK YARAERELKP ARVYGVGSLA LYEKADIKTP EDKKKHLIIG VSSDRGLCGA IHSSVAKQM KSEAANLAAA GKEVKIIGVG DKIRSILHRT HSDQFLVTFK EVGRRPPTFG DASVIALELL NSGYEFDEGS I IFNRFRSV ISYKTEEKPI FSLDTISSAE SMSIYDDIDA DVLRNYQEYS LANIIYYSLK ESTTSEQSAR MTAMDNASKN AS EMIDKLT LTFNRTRQAV ITKELIEIIS GAAALD

+
分子 #4: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit delta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 15.074813 KDa
配列文字列:
AEAAAAQAPA AGPGQMSFTF ASPTQVFFNS ANVRQVDVPT QTGAFGILAA HVPTLQVLRP GLVVVHAEDG TTSKYFVSSG SVTVNADSS VQLLAEEAVT LDMLDLGAAK ANLEKAQSEL LGAADEATRA EIQIRIEANE ALVKALE

+
分子 #5: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 5.662693 KDa
配列文字列:
VAYWRQAGLS YIRYSQICAK AVRDALKTEF KANAMKTSGS TIKIVKVKKE

+
分子 #6: ATPase inhibitor, mitochondrial

分子名称: ATPase inhibitor, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: ATP synthase inhibitor protein IF1 Residues 1-60 with 6His affinity tag.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.462098 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSESGDNVRS SAGAVRDAGG AFGKREQAEE ERYFRARAKE QLAALKKHHE NEISHHAKEI HHHHHH

+
分子 #7: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial

分子名称: ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: Trimethyl-lysine at position 43 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 7.653034 KDa
配列文字列:
DIDTAAKFIG AGAATVGVAG SGAGIGTVFG SLIIGYARNP SL(M3L)QQLFSYA ILGFALSEAM GLFCLMVAFL ILFAM

+
分子 #8: ATP synthase subunit O, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit O, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 20.959777 KDa
配列文字列: FAKLVRPPVQ IYGIEGRYAT ALYSAASKQN KLEQVEKELL RVGQILKEPK MAASLLNPYV KRSVKVKSLS DMTAKEKFSP LTSNLINLL AENGRLTNTP AVISAFSTMM SVHRGEVPCT VTTASALDEA TLTELKTVLK SFLSKGQVLK LEVKIDPSIM G GMIVRIGE ...文字列:
FAKLVRPPVQ IYGIEGRYAT ALYSAASKQN KLEQVEKELL RVGQILKEPK MAASLLNPYV KRSVKVKSLS DMTAKEKFSP LTSNLINLL AENGRLTNTP AVISAFSTMM SVHRGEVPCT VTTASALDEA TLTELKTVLK SFLSKGQVLK LEVKIDPSIM G GMIVRIGE KYVDMSAKTK IQKLSRAMRE IL

+
分子 #9: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial

分子名称: ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 24.702709 KDa
配列文字列: PVPPLPEHGG KVRFGLIPEE FFQFLYPKTG VTGPYVLGTG LILYLLSKEI YVITPETFSA ISTIGFLVYI VKKYGASVGE FADKLNEQK IAQLEEVKQA SIKQIQDAID MEKSQQALVQ KRHYLFDVQR NNIAMALEVT YRERLHRVYR EVKNRLDYHI S VQNMMRQK ...文字列:
PVPPLPEHGG KVRFGLIPEE FFQFLYPKTG VTGPYVLGTG LILYLLSKEI YVITPETFSA ISTIGFLVYI VKKYGASVGE FADKLNEQK IAQLEEVKQA SIKQIQDAID MEKSQQALVQ KRHYLFDVQR NNIAMALEVT YRERLHRVYR EVKNRLDYHI S VQNMMRQK EQEHMINWVE KRVVQSISAQ QEKETIAKCI ADLKLLSKKA QAQPVM

+
分子 #10: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial

分子名称: ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: cattle (ウシ)
分子量理論値: 8.971079 KDa
配列文字列:
NKELDPVQKL FVDKIREYRT KRQTSGGPVD AGPEYQQDLD RELFKLKQMY GKADMNTFPN FTFEDPKFEV VEKPQS

+
分子 #11: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

+
分子 #14: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 17 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 294 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was allowed to penetrate through the holey support and to distribute to both sides of the grid surface for ca. 15 sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting..
詳細Nickel affinity purified filled by gel filtration

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 4.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.1), CTFFIND (ver. 4.1))
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2v7q

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 90850
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2v7q

chain_id: A

2v7q

chain_id: B

2v7q

chain_id: C

2v7q

chain_id: D

2v7q

chain_id: E

2v7q

chain_id: F

2v7q

chain_id: G

2v7q

chain_id: H

2v7q

chain_id: I

2v7q

chain_id: J

2cly

chain_id: A

2cly

chain_id: B

2cly

chain_id: C
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6z1r:
bovine ATP synthase F1-peripheral stalk domain, state 2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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