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Yorodumi- PDB-4gzz: Crystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gzz | ||||||
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Title | Crystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation complexes | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID / RNA Polymerase / transcription / paused transcription elongation complex / transcriptional pausing / DNA directed RNA transcription' / TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) synthetic (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 4.2927 Å | ||||||
Authors | Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2013 Title: Structural basis of transcriptional pausing in bacteria. Authors: Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gzz.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gzz.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gzz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/4gzz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4gzyC 2o5iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rpoA, TTHA1664 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / Strain (production host): HB8 / References: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase #2: Protein | | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rpoB, TTHA1813 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / Strain (production host): HB8 / References: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase #3: Protein | | Mass: 172378.812 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: genomic copy of rpoC replaced by a C-terminal 10His tagged version Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rpoC, TTHA1812 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / Strain (production host): HB8 / References: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase #4: Protein | | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / Gene: rpoZ, TTHA1561 / Production host: Thermus thermophilus (bacteria) / Strain (production host): HB8 / References: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules NT
#5: DNA chain | Mass: 4000.624 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
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#7: DNA chain | Mass: 6696.343 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules R
#6: RNA chain | Mass: 5131.063 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 3 molecules
#8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MG / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.99 Å3/Da / Density % sol: 69.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 5-7% PEG 3000, 0.1M MES pH 6.1-6.3, 0.3M LiCl, 10mM MgCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.91956 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91956 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4→45 Å / Num. all: 52138 / Num. obs: 51877 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Net I/σ(I): 4.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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Phasing MR | Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2O5I Resolution: 4.2927→38.785 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 125.9191 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.2927→38.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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