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- PDB-4gzz: Crystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gzz
タイトルCrystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation complexes
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA transcript
  • non-template DNA
  • template DNA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID / RNA Polymerase / transcription / paused transcription elongation complex / transcriptional pausing / DNA directed RNA transcription' / TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2927 Å
データ登録者Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structural basis of transcriptional pausing in bacteria.
著者: Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
N: non-template DNA
R: RNA transcript
T: template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)395,44411
ポリマ－395,2898
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37460 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area128850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)286.549, 286.549, 199.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rpoA, TTHA1664 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rpoB, TTHA1813 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 172378.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: genomic copy of rpoC replaced by a C-terminal 10His tagged version
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rpoC, TTHA1812 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rpoZ, TTHA1561 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#5: DNA鎖 non-template DNA


分子量: 4000.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#7: DNA鎖 template DNA


分子量: 6696.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#6: RNA鎖 RNA transcript


分子量: 5131.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.14 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 5-7% PEG 3000, 0.1M MES pH 6.1-6.3, 0.3M LiCl, 10mM MgCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91956 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→45 Å / Num. all: 52138 / Num. obs: 51877 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
4-4.074.8197.7
4.07-4.145.9199.7
4.14-4.226199.5
4.22-4.316199.4
4.31-4.46199.5
4.4-4.56199.5
4.5-4.626199.6
4.62-4.746199.4
4.74-4.886199.4
4.88-5.046199.70.947
5.04-5.226199.70.859
5.22-5.436199.50.806
5.43-5.676199.80.751
5.67-5.976199.70.663
5.97-6.355.9199.70.565
6.35-6.835.9199.80.495
6.83-7.525.8199.70.451
7.52-8.65.7199.80.43
8.6-10.815.6199.70.887
10.81-455.9199.80.719

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O5I

2o5i


解像度: 4.2927→38.785 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 2070 5.02 %
Rwork0.2345 --
obs0.237 41266 99.01 %
all-41681 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 125.9191 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2927→38.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23534 863 3 0 24400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00524969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93433909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3439678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2927-4.39250.3641500.34632516X-RAY DIFFRACTION95
4.3925-4.50220.32911530.33172579X-RAY DIFFRACTION99
4.5022-4.62370.3351170.30422639X-RAY DIFFRACTION99
4.6237-4.75950.37251640.28612585X-RAY DIFFRACTION99
4.7595-4.91290.29511460.28452624X-RAY DIFFRACTION99
4.9129-5.08810.29781350.27362641X-RAY DIFFRACTION100
5.0881-5.29130.28881240.27612622X-RAY DIFFRACTION99
5.2913-5.53150.33721350.27462626X-RAY DIFFRACTION100
5.5315-5.82220.36691330.27162639X-RAY DIFFRACTION99
5.8222-6.18560.30491460.26032624X-RAY DIFFRACTION100
6.1856-6.6610.30881510.24182618X-RAY DIFFRACTION100
6.661-7.32730.27441430.21452649X-RAY DIFFRACTION100
7.3273-8.37820.25511260.18932598X-RAY DIFFRACTION99
8.3782-10.52070.23511240.18022648X-RAY DIFFRACTION99
10.5207-38.78670.25131230.21422588X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5699-0.44810.2751.2443-0.52461.6987-0.760.5218-0.81940.05550.17040.79520.2705-0.728-1.74980.3774-0.13410.12190.10510.70280.4208-166.498418.021868.3318
21.2254-0.19070.42921.95270.25611.3096-0.5483-0.19680.64320.08930.5629-0.6373-0.59280.43811.63371.17160.0973-0.61490.46520.40430.2829-131.819141.220282.4732
30.35120.13620.03220.5329-0.16910.1259-0.2261-0.38080.43090.45470.11790.079-0.5406-0.0105-0.02481.3647-0.0659-0.86551.05610.16990.9259-107.393328.5831111.8765
40.0384-0.0512-0.03910.12060.030.1118-0.496-0.02210.36980.67680.1451-0.33940.18160.2937-0.00191.0678-0.3482-0.291.40490.5921.6286-56.84386.1731116.7528
50.15320.1539-0.03480.21150.08960.4770.1954-0.4296-0.49340.4087-0.3011-0.20630.43490.42850.42641.33950.37910.63990.80270.7271.218-127.1923-22.065493.1461
60.1325-0.01270.02080.1764-0.11630.28090.2923-0.3412-0.22280.1371-0.0550.2532-0.02190.11540.41691.1220.0470.78530.95260.67881.1638-106.1131-17.358467.0582
70.15380.083-0.23950.1541-0.00770.4308-0.0759-0.4762-0.11180.27740.0517-0.21530.28170.34870.45151.32270.03810.56871.18350.54490.9278-150.07283.6108113.0662
80.03870.02740.00550.0390.02070.0391-0.05540.0735-0.15610.0436-0.06480.04350.00760.0201-0.01760.95170.13770.23350.83260.37860.4972-130.612216.910471.9573
90.02820.00970.00680.00410.00180.00190.0106-0.00780.00130.00240.0106-0.0043-0.0006-0.01760.00020.50530.06650.13170.3258-0.00190.5549-149.766634.749969.9858
100.0002-0.0008-0.0010.0054-0.00040.0039-0.03270.0659-0.0132-0.0244-0.0366-0.0008-0.0038-0.011801.01480.249-0.02520.8152-0.06290.646-113.951330.254293.4614
110.0014-00.00140.00110.00170.00260.01280.04560.017-0.06340.0028-0.0180.0068-0.038-01.03830.1894-0.33680.9217-0.03060.81-122.011525.631198.8068
120.0002-0.0019-0.00080.00350.00270.00150.014-0.02810.01020.0344-0.02860.0019-0.0206-0.0042-00.77920.3013-0.09131.10190.05890.8833-151.259412.802290.9153
130.0062-0.0014-0.00070.00030.00180.00360.02390.02020.01010.02590.04670.0087-0.01690.029501.14440.1688-0.16241.1616-0.22430.9612-138.324342.8575108.1553
140.0174-0.00580.01860.002-0.00640.01960.0144-0.0073-0.0102-0.01220.02140.0006-0.0113-0.0107-0.00010.78760.0677-0.02410.70490.13560.6429-126.766142.282998.0821
150.0166-0.00410.00970.0103-0.00760.0249-0.16450.1217-0.0011-0.0845-0.1465-0.34280.18770.3544-0.00044.2683-0.11040.29844.51090.03954.4632-100.065213.327482.1262
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精密化 TLSグループ
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12X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resseq 1083:1112) or (chain 'D' and resseq 2:131) or (chain 'D' and resseq 455:605) or (chain 'D' and resseq 1444:1468)C1083 - 1112
13X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resseq 1083:1112) or (chain 'D' and resseq 2:131) or (chain 'D' and resseq 455:605) or (chain 'D' and resseq 1444:1468)D2 - 131
14X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resseq 1083:1112) or (chain 'D' and resseq 2:131) or (chain 'D' and resseq 455:605) or (chain 'D' and resseq 1444:1468)D455 - 605
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17X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resseq 18:142) or (chain 'C' and resseq 332:393)C18 - 142
18X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resseq 18:142) or (chain 'C' and resseq 332:393)C332 - 393
19X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resseq 143:331)C143 - 331
20X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and resseq 701:832)C701 - 832
21X-RAY DIFFRACTION8(chain 'D' and resseq 1070:1102)D0
22X-RAY DIFFRACTION9(chain 'D' and resseq 779:782)D779 - 782
23X-RAY DIFFRACTION10(chain 'D' and resseq 1433:1443)D0
24X-RAY DIFFRACTION11(chain 'D' and resseq 606:620)D606 - 620
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29X-RAY DIFFRACTION16chain 'R'R21 - 29
30X-RAY DIFFRACTION17chain 'T' and resseq 14:22T14 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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