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万見
- PDB-6asg: Crystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase core enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6asg
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase core enzyme
要素(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
キーワードTRANSCRIPTION / Thermus thermophilus / RNA polymerase core enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Beta Complex / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu, Y. / Lin, W. / Ying, R. / Ebright, R.H.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Transcription Inhibition by Fidaxomicin (Lipiarmycin A3).
著者: Wei Lin / Kalyan Das / David Degen / Abhishek Mazumder / Diego Duchi / Dongye Wang / Yon W Ebright / Richard Y Ebright / Elena Sineva / Matthew Gigliotti / Aashish Srivastava / Sukhendu ...著者: Wei Lin / Kalyan Das / David Degen / Abhishek Mazumder / Diego Duchi / Dongye Wang / Yon W Ebright / Richard Y Ebright / Elena Sineva / Matthew Gigliotti / Aashish Srivastava / Sukhendu Mandal / Yi Jiang / Yu Liu / Ruiheng Yin / Zhening Zhang / Edward T Eng / Dennis Thomas / Stefano Donadio / Haibo Zhang / Changsheng Zhang / Achillefs N Kapanidis / Richard H Ebright /
要旨: Fidaxomicin is an antibacterial drug in clinical use for treatment of Clostridium difficile diarrhea. The active ingredient of fidaxomicin, lipiarmycin A3 (Lpm), functions by inhibiting bacterial ...Fidaxomicin is an antibacterial drug in clinical use for treatment of Clostridium difficile diarrhea. The active ingredient of fidaxomicin, lipiarmycin A3 (Lpm), functions by inhibiting bacterial RNA polymerase (RNAP). Here we report a cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNAP holoenzyme in complex with Lpm at 3.5-Å resolution. The structure shows that Lpm binds at the base of the RNAP "clamp." The structure exhibits an open conformation of the RNAP clamp, suggesting that Lpm traps an open-clamp state. Single-molecule fluorescence resonance energy transfer experiments confirm that Lpm traps an open-clamp state and define effects of Lpm on clamp dynamics. We suggest that Lpm inhibits transcription by trapping an open-clamp state, preventing simultaneous interaction with promoter -10 and -35 elements. The results account for the absence of cross-resistance between Lpm and other RNAP inhibitors, account for structure-activity relationships of Lpm derivatives, and enable structure-based design of improved Lpm derivatives.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,2358
ポリマ－378,0805
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33240 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area110530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)280.694, 280.694, 184.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 CDABE

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpoB, TTHA1813 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE9, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpoC, TTHA1812 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE8, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpoA, TTHA1664 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHR6, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 11533.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rpoZ, TTHA1561 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8RQE7, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% Poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 61395 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 25.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.275 / Χ2: 0.832 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 295018
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.8-3.873.20.70428580.4180.430.830.64392.3
3.87-3.943.50.6629580.5040.3840.7670.68795.2
3.94-4.0140.61630330.630.3350.7040.65997.7
4.01-4.094.20.56130590.6660.3010.6390.70798.9
4.09-4.184.40.50730690.7650.2660.5740.71999.7
4.18-4.284.50.47430990.7870.2450.5350.75599.8
4.28-4.394.70.40630910.8570.2060.4560.791100
4.39-4.54.80.35831080.8840.1790.4020.83499.9
4.5-4.644.90.3230810.9140.1570.3580.867100
4.64-4.794.90.28730810.940.1410.320.886100
4.79-4.9650.27330840.9470.1310.3030.928100
4.96-5.165.10.26931330.9470.130.30.865100
5.16-5.395.10.26630670.9490.1270.2950.881100
5.39-5.675.20.25231140.9570.1190.280.874100
5.67-6.035.20.23630880.9670.1110.2610.844100
6.03-6.495.30.21130920.9710.0980.2330.86100
6.49-7.155.40.1731080.9720.0780.1880.893100
7.15-8.185.50.12330930.9910.0550.1350.924100
8.18-10.295.50.0830860.9930.0370.0880.931100
10.29-505.50.06530930.9890.030.0720.80699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GZY

4gzy


解像度: 3.8→42.492 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 2611 3.86 %
Rwork0.2293 --
obs0.2312 67584 63.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 231.4 Å2 / Biso mean: 82.6876 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.8→42.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23551 0 3 0 23554
Biso mean--127.61 --
残基数----2983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65832438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0253662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2049251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.8002-3.86930.3286460.27761225127123
3.8693-3.94370.3274840.26621943202736
3.9437-4.02410.3015990.27452310240943
4.0241-4.11150.2949990.26582588268748
4.1115-4.20710.27421250.26662650277549
4.2071-4.31220.35421190.26482665278450
4.3122-4.42870.27371120.25382714282650
4.4287-4.55890.3276990.25332705280450
4.5589-4.70580.29241140.23962713282750
4.7058-4.87380.3464960.24792695279150
4.8738-5.06860.3281220.24172715283750
5.0686-5.29890.30771220.23082935305754
5.2989-5.57770.26881250.21643628375367
5.5777-5.92630.28852090.22754727493688
5.9263-6.38240.27792120.22975321553398
6.3824-7.02210.27612310.220854015632100
7.0221-8.03230.24561940.20065375556999
8.0323-10.09740.18922000.17425401560199
10.0974-42.49480.22882030.19775262546597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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