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- PDB-4gzy: Crystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gzy | ||||||
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Title | Crystal structures of bacterial RNA Polymerase paused elongation complexes | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / RNA Polymerase / transcription / paused transcription elongation complex / transcriptional pausing / DNA directed RNA transcription / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of transcriptional pausing in bacteria. Authors: Weixlbaumer, A. / Leon, K. / Landick, R. / Darst, S.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 529.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 621 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 109.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 148.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4gzzC ![]() 2o5iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4 types, 5 molecules ABCDE
#1: Protein | Mass: 35056.164 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | | Mass: 125436.539 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 172378.812 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: genomic copy of rpoC replaced by a C-terminal 10His tagged version Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 11533.316 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules NT
#5: DNA chain | Mass: 4000.624 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
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#7: DNA chain | Mass: 6696.343 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
-RNA chain , 1 types, 1 molecules R
#6: RNA chain | Mass: 9216.427 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic (others) |
---|
-Non-polymers , 2 types, 3 molecules 


#8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MG / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 61 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 3.5-6% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.1-6.3, 0.3M LiCl, 10mM MgCl2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 30, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. all: 63554 / Num. obs: 63554 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Phasing MR | Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2O5I Resolution: 3.5054→49.77 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.33 / Phase error: 36.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 117.3666 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.5054→49.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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