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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0954 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) | |||||||||
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![]() | 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)
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機能・相同性 | ![]() rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA processing / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome ...rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA processing / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / RNA fragment catabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Du Y / Ye K | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of 90 small ribosomal subunit precursors in transition states. 著者: Yifei Du / Weidong An / Xing Zhu / Qi Sun / Jia Qi / Keqiong Ye / ![]() 要旨: The 90 preribosome is a large, early assembly intermediate of small ribosomal subunits that undergoes structural changes to give a pre-40 ribosome. Here, we gained insight into this transition by ...The 90 preribosome is a large, early assembly intermediate of small ribosomal subunits that undergoes structural changes to give a pre-40 ribosome. Here, we gained insight into this transition by determining cryo-electron microscopy structures of intermediates in the path from the 90 to the pre-40 The full transition is blocked by deletion of RNA helicase Dhr1. A series of structural snapshots revealed that the excised 5' external transcribed spacer (5' ETS) is degraded within 90, driving stepwise disassembly of assembly factors and ribosome maturation. The nuclear exosome, an RNA degradation machine, docks on the 90 through helicase Mtr4 and is primed to digest the 3' end of the 5' ETS. The structures resolved between 3.2- and 8.6-angstrom resolution reveal key intermediates and the critical role of 5' ETS degradation in 90 progression. | |||||||||
構造検証レポート | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
ヘッダ(付随情報, XML型式) |
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画像 |
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マップデータ |
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アーカイブディレクトリ |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6lquCM ![]() 0949C ![]() 0950C ![]() 0951C ![]() 0952C ![]() 0953C ![]() 0955C ![]() 6lqpC ![]() 6lqqC ![]() 6lqrC ![]() 6lqsC ![]() 6lqtC ![]() 6lqvC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似形状データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.334 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)
+構成要素 #1: タンパク質, 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)
+構成要素 #2: nucleic-acid, U3 snoRNA
+構成要素 #3: nucleic-acid, 5' ETS
+構成要素 #4: nucleic-acid, 18S pre-rRNA
+構成要素 #5: タンパク質, 40S ribosomal protein S4-A
+構成要素 #6: タンパク質, 40S ribosomal protein S5
+構成要素 #7: タンパク質, 40S ribosomal protein S6-A
+構成要素 #8: タンパク質, 40S ribosomal protein S7-A
+構成要素 #9: タンパク質, 40S ribosomal protein S8-A
+構成要素 #10: タンパク質, 40S ribosomal protein S9-A
+構成要素 #11: タンパク質, 40S ribosomal protein S11-A
+構成要素 #12: タンパク質, 40S ribosomal protein S12
+構成要素 #13: タンパク質, 40S ribosomal protein S13
+構成要素 #14: タンパク質, 40S ribosomal protein S14-A
+構成要素 #15: タンパク質, 40S ribosomal protein S16-A
+構成要素 #16: タンパク質, 40S ribosomal protein S18-A
+構成要素 #17: タンパク質, 40S ribosomal protein S22-B
+構成要素 #18: タンパク質, 40S ribosomal protein S23-A
+構成要素 #19: タンパク質, 40S ribosomal protein S24-A
+構成要素 #20: タンパク質, 40S ribosomal protein S28-A
+構成要素 #21: タンパク質, rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
+構成要素 #22: タンパク質, Nucleolar protein 56
+構成要素 #23: タンパク質, Nucleolar protein 58
+構成要素 #24: タンパク質, Ribosomal RNA-processing protein 9
+構成要素 #25: タンパク質, 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
+構成要素 #26: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 4
+構成要素 #27: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 5
+構成要素 #28: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 8
+構成要素 #29: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 9
+構成要素 #30: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
+構成要素 #31: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 15
+構成要素 #32: タンパク質, NET1-associated nuclear protein 1
+構成要素 #33: タンパク質, Periodic tryptophan protein 2
+構成要素 #34: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
+構成要素 #35: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
+構成要素 #36: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
+構成要素 #37: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
+構成要素 #38: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 6
+構成要素 #39: タンパク質, Bud site selection protein 21
+構成要素 #40: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
+構成要素 #41: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
+構成要素 #42: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
+構成要素 #43: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
+構成要素 #44: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
+構成要素 #45: タンパク質, Something about silencing protein 10
+構成要素 #46: タンパク質, Protein SOF1
+構成要素 #47: タンパク質, rRNA-processing protein FCF2
+構成要素 #48: タンパク質, rRNA-processing protein FCF1
+構成要素 #49: タンパク質, Ribosome biogenesis protein ENP2
+構成要素 #50: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5
+構成要素 #51: タンパク質, KRR1 small subunit processome component
+構成要素 #52: タンパク質, rRNA biogenesis protein RRP5
+構成要素 #53: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
+構成要素 #54: タンパク質, Ribosomal RNA-processing protein 7
+構成要素 #55: タンパク質, Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
+構成要素 #56: タンパク質, Ribosome biogenesis protein UTP30
+構成要素 #57: タンパク質, Ribosome biogenesis protein BMS1
+構成要素 #58: タンパク質, RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
+構成要素 #59: タンパク質, RNA cytidine acetyltransferase
+構成要素 #60: タンパク質, Nucleolar complex protein 14
+構成要素 #61: タンパク質, Nucleolar complex protein 4
+構成要素 #62: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 20
+構成要素 #63: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
+構成要素 #64: タンパク質, Essential nuclear protein 1
+構成要素 #65: タンパク質, Pno1
+構成要素 #66: タンパク質, Protein FAF1
+構成要素 #67: タンパク質, Regulator of rDNA transcription protein 14
+構成要素 #68: タンパク質, Protein BFR2
+構成要素 #69: タンパク質, Unassigned helices
+構成要素 #70: リガンド, ZINC ION
+構成要素 #71: リガンド, GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+構成要素 #72: リガンド, MAGNESIUM ION
-実験情報
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試料調製
試料 | 試料の状態: 粒子 / 手法: ![]() |
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試料溶液 | 試料濃度: 2 mg/mL / pH: 7.4 |
凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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![]() | 顕微鏡: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN![]() |
レンズ | Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
カメラ | 検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-画像取得
画像取得 | デジタル画像の数: 18028 |
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画像解析
![]() | 手法: ![]() |
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3次元再構成 | ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF |