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- EMDB-0954: Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0954
タイトルCryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1)
マップデータ
試料90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)
  • (nucleic-acid核酸) x 3
  • (40S ribosomal protein ...) x 16
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • (Nucleolar protein ...核小体) x 2
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
  • NET1-associated nuclear protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Bud site selection protein 21
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • Something about silencing protein 10
  • Protein SOF1
  • (rRNA-processing protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 3
  • KRR1 small subunit processome component
  • rRNA biogenesis protein RRP5
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1リボソームRNA
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • Essential nuclear protein 1
  • Pno1
  • Protein FAF1
  • Regulator of rDNA transcription protein 14
  • Protein BFR2
  • Unassigned helices
  • (ligandリガンド) x 3
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA processing / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome ...rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / sno(s)RNA processing / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / RNA fragment catabolic process / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / mRNA modification / histone-glutamine methyltransferase activity / box C/D RNA binding / box C/D RNA 3'-end processing / Mpp10 complex / box H/ACA snoRNA binding / rRNA methyltransferase activity / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA 2'-O-methylation / septum digestion after cytokinesis / rRNA modification / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of RNA binding / rDNA heterochromatin / nuclear microtubule / 90S preribosome assembly / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex / rRNA primary transcript binding / snRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / rRNA base methylation / single-stranded telomeric DNA binding / protein localization to nucleolus / small nuclear ribonucleoprotein complex / histone glutamine methylation / U4 snRNA binding / U3 snoRNA binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / rRNA export from nucleus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / tRNA export from nucleus / precatalytic spliceosome / 90S preribosome / preribosome, small subunit precursor / O-methyltransferase activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / rRNA methylation / snoRNA binding / poly(U) RNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / regulation of translational fidelity / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear periphery / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / maturation of LSU-rRNA / カハール体 / establishment of cell polarity / endoribonuclease activity / vesicle-mediated transport / maintenance of translational fidelity / positive regulation of translational fidelity / enzyme activator activity / ribosomal small subunit assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic translation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / protein transport / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / ATPアーゼ / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核
BING4, C-terminal domain / NOP5, N-terminal / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Down-regulated-in-metastasis protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Nucleic acid-binding, OB-fold / NUC153 / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal ...BING4, C-terminal domain / NOP5, N-terminal / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Down-regulated-in-metastasis protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Nucleic acid-binding, OB-fold / NUC153 / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / AARP2CN / BP28, C-terminal domain / NOSIC / S15/NS1, RNA-binding / U3 snoRNA associated / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central region / Small-subunit processome, Utp13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Bystin / Armadillo-type fold / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / PIN domain / RNA-binding S4 domain / S1 domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / K Homology domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / NOL6/Upt22 / CCAAT-binding factor / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Helicase domain / KOW / Ribosomal protein S12/S23 / Small-subunit processome, Utp14 / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / Brix domain / Small-subunit processome, Utp11 / Sas10/Utp3/C1D / Small-subunit processome, Utp12 / Nucleolar protein 14 / Sof1-like protein / Small-subunit processome, Utp21 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2, eukaryote / Alpha/beta knot methyltransferases / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / AATF leucine zipper-containing domain / Periodic tryptophan protein 2 / Nucleolar complex protein 4 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S28e conserved site / Helix hairpin bin domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / PIN-like domain superfamily / Ribosomal RNA assembly KRR1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / 50S ribosomal protein L30e-like / Bms1/Tsr1-type G domain / Regulator of rDNA transcription 14 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal protein S7 domain / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S6e, conserved site / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family
U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 ...U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / Nucleolar protein 56 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / Protein BFR2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Bud site selection protein 21 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Nucleolar protein 58 / 40S ribosomal protein S28-A / 40S ribosomal protein S22-B / 40S ribosomal protein S12 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / KRR1 small subunit processome component / 40S ribosomal protein S9-A / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S14-A / 40S ribosomal protein S23-A / 40S ribosomal protein S24-A / 40S ribosomal protein S4-A / 40S ribosomal protein S6-A / 40S ribosomal protein S8-A / 40S ribosomal protein S11-A / 40S ribosomal protein S16-A / 40S ribosomal protein S18-A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Periodic tryptophan protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S7-A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Regulator of rDNA transcription protein 14 / Protein FAF1 / Nucleolar complex protein 14
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Du Y / Ye K
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91940302, 91540201, 31430024, 31325007 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08010203 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of 90 small ribosomal subunit precursors in transition states.
著者: Yifei Du / Weidong An / Xing Zhu / Qi Sun / Jia Qi / Keqiong Ye /
要旨: The 90 preribosome is a large, early assembly intermediate of small ribosomal subunits that undergoes structural changes to give a pre-40 ribosome. Here, we gained insight into this transition by ...The 90 preribosome is a large, early assembly intermediate of small ribosomal subunits that undergoes structural changes to give a pre-40 ribosome. Here, we gained insight into this transition by determining cryo-electron microscopy structures of intermediates in the path from the 90 to the pre-40 The full transition is blocked by deletion of RNA helicase Dhr1. A series of structural snapshots revealed that the excised 5' external transcribed spacer (5' ETS) is degraded within 90, driving stepwise disassembly of assembly factors and ribosome maturation. The nuclear exosome, an RNA degradation machine, docks on the 90 through helicase Mtr4 and is primed to digest the 3' end of the 5' ETS. The structures resolved between 3.2- and 8.6-angstrom resolution reveal key intermediates and the critical role of 5' ETS degradation in 90 progression.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月16日-
マップ公開2020年9月16日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.018
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lqu
  • 表面レベル: 0.018
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0954.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0954.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 448 pix.
= 597.632 Å		1.33 Å/pix.
x 448 pix.
= 597.632 Å		1.33 Å/pix.
x 448 pix.
= 597.632 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.334 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.08180235 - 0.1688727
平均 (標準偏差)0.00045614777 (±0.0041431948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 597.632 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3341.3341.334
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z597.632597.632597.632
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.0820.1690.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)

全体名称: 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1) / 構成要素数: 72

+
構成要素 #1: タンパク質, 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1)

タンパク質名称: 90S pre-ribosome (Dhr1-depleted, state A1) / 組換発現: No
分子量理論値: 5 MDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #2: nucleic-acid, U3 snoRNA

核酸名称: U3 snoRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: GUCGACGUAC UUCAUAGGAU CAUUUCUAUA GGAAUCGUCA CUCUUUGACU CUUCAAAAGA GCCACUGAAU CCAACUUGGU UGAUGAGUCC CAUAACCUUU GUACCCCAGA GUGAGAAACC GAAAUUGAAU CUAAAUUAGC UUGGUCCGCA AUCCUUAGCG GUUCGGCCAU ...配列:
GUCGACGUAC UUCAUAGGAU CAUUUCUAUA GGAAUCGUCA CUCUUUGACU CUUCAAAAGA GCCACUGAAU CCAACUUGGU UGAUGAGUCC CAUAACCUUU GUACCCCAGA GUGAGAAACC GAAAUUGAAU CUAAAUUAGC UUGGUCCGCA AUCCUUAGCG GUUCGGCCAU CUAUAAUUUU GAAUAAAAAU UUUGCUUUGC CGUUGCAUUU GUAGUUUUUU CCUUUGGAAG UAAUUACAAU AUUUUAUGGC GCGAUGAUCU UGACCCAUCC UAUGUACUUC UUUUUUGAAG GGAUAGGGCU CUAUGGGUGG GUACAAAUGG CAGUCUGACA AGU
分子量理論値: 106.503258 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #3: nucleic-acid, 5' ETS

核酸名称: 5' ETS / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AUGCGAAAGC AGUUGAAGAC AAGUUCGAAA AGAGUUUGGA AACGAAUUCG AGUAGGCUUG UCGUUCGUUA UGUUUUUGUA AAUGGCCUCG UCAAACGGUG GAGAGAGUCG CUAGGUGAUC GUCAGAUCUG CCUAGUCUCU AUACAGCGUG UUUAAUUGAC AUGGGUUGAU ...配列:
AUGCGAAAGC AGUUGAAGAC AAGUUCGAAA AGAGUUUGGA AACGAAUUCG AGUAGGCUUG UCGUUCGUUA UGUUUUUGUA AAUGGCCUCG UCAAACGGUG GAGAGAGUCG CUAGGUGAUC GUCAGAUCUG CCUAGUCUCU AUACAGCGUG UUUAAUUGAC AUGGGUUGAU GCGUAUUGAG AGAUACAAUU UGGGAAGAAA UUCCCAGAGU GUGUUUCUUU UGCGUUUAAC CUGAACAGUC UCAUCGUGGG CAUCUUGCGA UUCCAUUGGU GAGCAGCGAA GGAUUUGGUG GAUUACUAGC UAAUAGCAAU CUAUUUCAAA GAAUUCAAAC UUGGGGGAAU GCCUUGUUGA AUAGCCGGUC GCAAGACUGU GAUUCUUCAA GUGUAACCUC CUCUCAAAUC AGCGAUAUCA AACGUACCAU UCCGUGAAAC ACCGGGGUAU CUGUUUGGUG GAACCUGAUU AGAGGAAACU CAAAGAGUGC UAUGGUAUGG UGACGGAGUG CGCUGGUCAA GAGUGUAAAA GCUUUUUGAA CAGAGAGCAU UUCCGGCAGC AGAGAGACCU GAAAAAGCAA UUUUUCUGGA AUUUCAGCUG UUUCCAAACU CAAUAAGUAU CUUCUAGCAA GAGGGAAUAG GUGGGAAAAA AAAAAAGAGA UUUCGGUUUC UUUCUUUUUU ACUGCUUGUU GCUUCUUCUU UUAAGAUAGU
分子量理論値: 225.543094 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #4: nucleic-acid, 18S pre-rRNA

核酸名称: 18S pre-rRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AAGAUAGUUA UCUGGUUGAU CCUGCCAGUA GUCAUAUGCU UGUCUCAAAG AUUAAGCCAU GCAUGUCUAA GUAUAAGCAA UUUAUACAGU GAAACUGCGA AUGGCUCAUU AAAUCAGUUA UCGUUUAUUU GAUAGUUCCU UUACUACAUG GUAUAACUGU GGUAAUUCUA ...配列:
AAGAUAGUUA UCUGGUUGAU CCUGCCAGUA GUCAUAUGCU UGUCUCAAAG AUUAAGCCAU GCAUGUCUAA GUAUAAGCAA UUUAUACAGU GAAACUGCGA AUGGCUCAUU AAAUCAGUUA UCGUUUAUUU GAUAGUUCCU UUACUACAUG GUAUAACUGU GGUAAUUCUA GAGCUAAUAC AUGCUUAAAA UCUCGACCCU UUGGAAGAGA UGUAUUUAUU AGAUAAAAAA UCAAUGUCUU CGGACUCUUU GAUGAUUCAU AAUAACUUUU CGAAUCGCAU GGCCUUGUGC UGGCGAUGGU UCAUUCAAAU UUCUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGUGGCCUAC CAUGGUUUCA ACGGGUAACG GGGAAUAAGG GUUCGAUUCC GGAGAGGGAG CCUGAGAAAC GGCUACCACA UCCAAGGAAG GCAGCAGGCG CGCAAAUUAC CCAAUCCUAA UUCAGGGAGG UAGUGACAAU AAAUAACGAU ACAGGGCCCA UUCGGGUCUU GUAAUUGGAA UGAGUACAAU GUAAAUACCU UAACGAGGAA CAAUUGGAGG GCAAGUCUGG UGCCAGCAGC CGCGGUAAUU CCAGCUCCAA UAGCGUAUAU UAAAGUUGUU GCAGUUAAAA AGCUCGUAGU UGAACUUUGG GCCCGGUUGG CCGGUCCGAU UUUUUCGUGU ACUGGAUUUC CAACGGGGCC UUUCCUUCUG GCUAACCUUG AGUCCUUGUG GCUCUUGGCG AACCAGGACU UUUACUUUGA AAAAAUUAGA GUGUUCAAAG CAGGCGUAUU GCUCGAAUAU AUUAGCAUGG AAUAAUAGAA UAGGACGUUU GGUUCUAUUU UGUUGGUUUC UAGGACCAUC GUAAUGAUUA AUAGGGACGG UCGGGGGCAU CAGUAUUCAA UUGUCAGAGG UGAAAUUCUU GGAUUUAUUG AAGACUAACU ACUGCGAAAG CAUUUGCCAA GGACGUUUUC AUUAAUCAAG AACGAAAGUU AGGGGAUCGA AGAUGAUCAG AUACCGUCGU AGUCUUAACC AUAAACUAUG CCGACUAGGG AUCGGGUGGU GUUUUUUUAA UGACCCACUC GGCACCUUAC GAGAAAUCAA AGUCUUUGGG UUCUGGGGGG AGUAUGGUCG CAAGGCUGAA ACUUAAAGGA AUUGACGGAA GGGCACCACC AGGAGUGGAG CCUGCGGCUU AAUUUGACUC AACACGGGGA AACUCACCAG GUCCAGACAC AAUAAGGAUU GACAGAUUGA GAGCUCUUUC UUGAUUUUGU GGGUGGUGGU GCAUGGCCGU UCUUAGUUGG UGGAGUGAUU UGUCUGCUUA AUUGCGAUAA CGAACGAGAC CUUAACCUAC UAAAUAGUGG UGCUAGCAUU UGCUGGUUAU CCACUUCUUA GAGGGACUAU CGGUUUCAAG CCGAUGGAAG UUUGAGGCAA UAACAGGUCU GUGAUGCCCU UAGACGUUCU GGGCCGCACG CGCGCUACAC UGACGGAGCC AGCGAGUCUA ACCUUGGCCG AGAGGUCUUG GUAAUCUUGU GAAACUCCGU CGUGCUGGGG AUAGAGCAUU GUAAUUAUUG CUCUUCAACG AGGAAUUCCU AGUAAGCGCA AGUCAUCAGC UUGCGUUGAU UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUAGUAC CGAUUGAAUG GCUUAGUGAG GCCUCAGGAU CUGCUUAGAG AAGGGGGCAA CUCCAUCUCA GAGCGGAGAA UUUGGACAAA CUUGGUCAUU UAGAGGAACU AAAAGUCGUA ACAAGGUUUC CGUAGGUGAA CCUGCGGAAG GAUCAUUA
分子量理論値: 582.381688 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #5: タンパク質, 40S ribosomal protein S4-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.46933 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #6: タンパク質, 40S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.0726 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #7: タンパク質, 40S ribosomal protein S6-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.054486 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #8: タンパク質, 40S ribosomal protein S7-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.658209 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #9: タンパク質, 40S ribosomal protein S8-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.537803 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #10: タンパク質, 40S ribosomal protein S9-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S9-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.487893 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #11: タンパク質, 40S ribosomal protein S11-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S11-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.785934 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #12: タンパク質, 40S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.488631 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #13: タンパク質, 40S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.059945 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #14: タンパク質, 40S ribosomal protein S14-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S14-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.562655 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #15: タンパク質, 40S ribosomal protein S16-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.87749 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #16: タンパク質, 40S ribosomal protein S18-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S18-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.071641 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #17: タンパク質, 40S ribosomal protein S22-B

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S22-Bリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.650062 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #18: タンパク質, 40S ribosomal protein S23-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S23-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.073896 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #19: タンパク質, 40S ribosomal protein S24-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S24-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.362848 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #20: タンパク質, 40S ribosomal protein S28-A

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S28-Aリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.605847 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #21: タンパク質, rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin

タンパク質名称: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.525418 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #22: タンパク質, Nucleolar protein 56

タンパク質名称: Nucleolar protein 56核小体 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 56.961152 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #23: タンパク質, Nucleolar protein 58

タンパク質名称: Nucleolar protein 58核小体 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.060344 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #24: タンパク質, Ribosomal RNA-processing protein 9

タンパク質名称: Ribosomal RNA-processing protein 9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 65.146969 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #25: タンパク質, 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

タンパク質名称: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.582855 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #26: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 4

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 87.909242 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #27: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 5

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 72.079445 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #28: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 8

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 80.269648 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #29: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 9

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 65.347254 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #30: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 10

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 200.298984 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #31: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 15

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.765289 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #32: タンパク質, NET1-associated nuclear protein 1

タンパク質名称: NET1-associated nuclear protein 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 101.341734 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #33: タンパク質, Periodic tryptophan protein 2

タンパク質名称: Periodic tryptophan protein 2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.097039 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #34: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 12

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 106.481133 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #35: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 13

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 91.132562 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #36: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 18

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 66.49425 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #37: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 21

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.927844 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #38: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 6

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 52.495277 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #39: タンパク質, Bud site selection protein 21

タンパク質名称: Bud site selection protein 21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.431016 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #40: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 7

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 62.41857 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #41: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 11

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.806348 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #42: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 67.042492 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #43: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3

タンパク質名称: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.928529 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #44: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4

タンパク質名称: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.536168 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #45: タンパク質, Something about silencing protein 10

タンパク質名称: Something about silencing protein 10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 70.364398 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #46: タンパク質, Protein SOF1

タンパク質名称: Protein SOF1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 56.888918 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #47: タンパク質, rRNA-processing protein FCF2

タンパク質名称: rRNA-processing protein FCF2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.68924 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #48: タンパク質, rRNA-processing protein FCF1

タンパク質名称: rRNA-processing protein FCF1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.650729 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #49: タンパク質, Ribosome biogenesis protein ENP2

タンパク質名称: Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 81.864172 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #50: タンパク質, U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5

タンパク質名称: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.864391 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #51: タンパク質, KRR1 small subunit processome component

タンパク質名称: KRR1 small subunit processome component / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.226254 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #52: タンパク質, rRNA biogenesis protein RRP5

タンパク質名称: rRNA biogenesis protein RRP5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 193.411422 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #53: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 22

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 140.660141 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #54: タンパク質, Ribosomal RNA-processing protein 7

タンパク質名称: Ribosomal RNA-processing protein 7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.526441 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #55: タンパク質, Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1

タンパク質名称: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1リボソームRNA
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.936461 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #56: タンパク質, Ribosome biogenesis protein UTP30

タンパク質名称: Ribosome biogenesis protein UTP30リボソーム生合成
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.668939 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #57: タンパク質, Ribosome biogenesis protein BMS1

タンパク質名称: Ribosome biogenesis protein BMS1リボソーム生合成
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 135.792281 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #58: タンパク質, RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein

タンパク質名称: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 40.220559 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #59: タンパク質, RNA cytidine acetyltransferase

タンパク質名称: RNA cytidine acetyltransferase / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 119.509445 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #60: タンパク質, Nucleolar complex protein 14

タンパク質名称: Nucleolar complex protein 14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 94.463195 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #61: タンパク質, Nucleolar complex protein 4

タンパク質名称: Nucleolar complex protein 4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.707844 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #62: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 20

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 287.9155 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #63: タンパク質, U3 small nucleolar RNA-associated protein 14

タンパク質名称: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 103.18975 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #64: タンパク質, Essential nuclear protein 1

タンパク質名称: Essential nuclear protein 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 55.207422 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #65: タンパク質, Pno1

タンパク質名称: Pno1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 36.356477 kDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
構成要素 #66: タンパク質, Protein FAF1

タンパク質名称: Protein FAF1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 38.961512 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #67: タンパク質, Regulator of rDNA transcription protein 14

タンパク質名称: Regulator of rDNA transcription protein 14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.898289 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #68: タンパク質, Protein BFR2

タンパク質名称: Protein BFR2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 61.285039 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #69: タンパク質, Unassigned helices

タンパク質名称: Unassigned helices / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.549291 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #70: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

+
構成要素 #71: リガンド, GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

リガンド名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.52318 kDa

+
構成要素 #72: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 2 mg/mL / pH: 7.4
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 50 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1500.0 - 2500.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 18028

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 26582
３次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

-
原子モデル構築

モデリング #1利用したPDBモデル: 6LQP

6lqp

得られたモデル

6lqu

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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