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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0144 | |||||||||
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タイトル | Human apo-ferritin reconstructed in RELION-3.0 | |||||||||
マップデータ | Human apo-ferritin reconstructed in RELION-3.0 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Zivanov J / Nakane T / Hagen WJH / Scheres SHW | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: New tools for automated high-resolution cryo-EM structure determination in RELION-3. 著者: Jasenko Zivanov / Takanori Nakane / Björn O Forsberg / Dari Kimanius / Wim Jh Hagen / Erik Lindahl / Sjors Hw Scheres / 要旨: Here, we describe the third major release of RELION. CPU-based vector acceleration has been added in addition to GPU support, which provides flexibility in use of resources and avoids memory ...Here, we describe the third major release of RELION. CPU-based vector acceleration has been added in addition to GPU support, which provides flexibility in use of resources and avoids memory limitations. Reference-free autopicking with Laplacian-of-Gaussian filtering and execution of jobs from python allows non-interactive processing during acquisition, including 2D-classification, model generation and 3D-classification. Per-particle refinement of CTF parameters and correction of estimated beam tilt provides higher resolution reconstructions when particles are at different heights in the ice, and/or coma-free alignment has not been optimal. Ewald sphere curvature correction improves resolution for large particles. We illustrate these developments with publicly available data sets: together with a Bayesian approach to beam-induced motion correction it leads to resolution improvements of 0.2-0.7 Å compared to previous RELION versions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0144.map.gz | 166.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0144-v30.xml emd-0144.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0144_fsc.xml | 12.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0144.png | 219.6 KB | ||
マスクデータ | emd_0144_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0144_half_map_1.map.gz emd_0144_half_map_2.map.gz | 135.7 MB 135.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0144 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0144_validation.pdf.gz | 326.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0144_full_validation.pdf.gz | 325.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0144_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0144 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0152C 0153C 0263C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10200 (タイトル: Human apo-ferritin reconstructed in RELION-3.0 Data size: 191.5 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs (in non-gain-corrected TIFF) of human apo-ferritin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human apo-ferritin reconstructed in RELION-3.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.814 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0144_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half-map 1
ファイル | emd_0144_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently refined half-map 2
ファイル | emd_0144_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently refined half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human apo-ferritin
全体 | 名称: human apo-ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: human apo-ferritin
超分子 | 名称: human apo-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 440 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.05 mrad |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Used beam shift to collect seven images within one 1.2um Quantifoil hole. Used active beamtilt compensation in TEM microscope software. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1255 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |