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万見
- PDB-5up9: Crystal Structure of Zn-bound Human Heavy-Chain ferritin variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5up9
タイトルCrystal Structure of Zn-bound Human Heavy-Chain ferritin variant 122H-delta C-star with para-xylenedihydroxamate
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxidoreductase self-assembly Protein-MOF Protein-Metal-Organic Framework
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,2'-(1,4-phenylene)bis(N-hydroxyacetamide) / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Bailey, J.B. / Zhang, L. / Chiong, J.A. / Ahn, S. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Synthetic Modularity of Protein-Metal-Organic Frameworks.
著者: Bailey, J.B. / Zhang, L. / Chiong, J.A. / Ahn, S. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,96850
ポリマ－126,7346
非ポリマー4,23444
水19,7081094
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)523,872200
ポリマ－506,93524
非ポリマー16,937176
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_755-y+2,x,z1
crystal symmetry operation4_575y,-x+2,z1
Buried area91710 Å2
ΔGint-295 kcal/mol
Surface area141640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.883, 149.883, 162.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

ZN

21C-204-

ZN

31B-456-

HOH

41C-435-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域: (Selection details: (chain F and (resseq 5:48 or (resid 49 and (name...)

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21122.291 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 1138分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-BYX / 2,2'-(1,4-phenylene)bis(N-hydroxyacetamide)


分子量: 224.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1094 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir: 500 uL total volume: 50 mM CHES (pH 8.5), 150 mM NaCl, 0.474 mM ZnCl2, 3% PEG 300 Sitting Drop: 7.6 uL reservoir, 2 uL of 12.5 uM ferritin, 2.4 uL of 5 mM p-H2xdh in 50 mM CHES (pH ...詳細: Reservoir: 500 uL total volume: 50 mM CHES (pH 8.5), 150 mM NaCl, 0.474 mM ZnCl2, 3% PEG 300 Sitting Drop: 7.6 uL reservoir, 2 uL of 12.5 uM ferritin, 2.4 uL of 5 mM p-H2xdh in 50 mM CHES (pH 9.5) with 150 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.397 Å / Num. obs: 64992 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6201 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CMQ

5cmq


解像度: 2.45→47.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数
Rfree0.289 3190
Rwork0.241 -
obs0.243 64929
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8475 0 218 1094 9787
LS精密化 シェル解像度: 2.4507→2.4873 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3423 128 5.03 %
Rwork0.2745 --
obs-2416 91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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