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- PDB-3erz: Directing Noble Metal Ion Chemistry within a Designed Ferritin Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3erz
タイトルDirecting Noble Metal Ion Chemistry within a Designed Ferritin Protein. Mercury Ions on the Three-Fold Channel
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferritin mutant / nanoparticle / 3-fold channel / mercury ions / Iron / Iron storage / Metal-binding / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.056 Å
データ登録者Di Costanzo, L. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Directing noble metal ion chemistry within a designed ferritin protein.
著者: Butts, C.A. / Swift, J. / Kang, S.G. / Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. / Saven, J.G. / Dmochowski, I.J.
履歴
登録2008年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,84243
ポリマ－253,68712
非ポリマー4,15431
水3,729207
1
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,70984
ポリマ－507,37524
非ポリマー8,33460
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area98620 Å2
ΔGint-1292 kcal/mol
Surface area134470 Å2
手法PISA
2
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子

G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,65888
ポリマ－507,37524
非ポリマー8,28364
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area103410 Å2
ΔGint-1430 kcal/mol
Surface area131930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.941, 170.941, 190.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

ZN

21B-630-

MPD

31E-631-

MPD

41H-709-

ZN

51I-710-

ZN

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要素

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21140.615 Da / 分子数: 12 / 変異: H13D, E64C, C90R, C102A, H105Q, E140C, K143C, E147C / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: protein solution (11.0 mg/mL H8 in unbuffered 3.0MM NAN3), 2.5mL of precipitant buffer (0.1M sodium acetate (PH 4.6), 20%(v/v) isopropanol, 0.2M CaCl2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, ...詳細: protein solution (11.0 mg/mL H8 in unbuffered 3.0MM NAN3), 2.5mL of precipitant buffer (0.1M sodium acetate (PH 4.6), 20%(v/v) isopropanol, 0.2M CaCl2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K. Soaking experiment performed with mercury ions using the mother liquor without calcium ions.

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98066 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→29 Å / Num. all: 47331 / Num. obs: 47331 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 3.06→3.16 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 4847 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.056→28.799 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 3.27 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1895 4.1 %
Rwork0.199 44281 -
obs0.202 46176 85.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.445 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 73.36 Å2 / Biso mean: 36.198 Å2 / Biso min: 10.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.344 Å20 Å20 Å2
2--0.344 Å20 Å2
3----0.688 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.056→28.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16836 0 20 295 17151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23323222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0862448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073060
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6366393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.056-3.1320.3321380.2653049318785
3.132-3.2170.2541470.2333108325586
3.217-3.3120.3351520.2443108326086
3.312-3.4180.2981290.2283176330587
3.418-3.540.2961490.2043160330988
3.54-3.6820.2731100.1993215332588
3.682-3.8490.261310.1933233336488
3.849-4.0510.2251300.1673211334187
4.051-4.3040.2121340.1533176331087
4.304-4.6350.1781400.1573202334287
4.635-5.10.2211280.1673180330886
5.1-5.8320.2671580.1973118327684
5.832-7.3280.2961420.2113147328983
7.328-28.80.2061070.2083198330580

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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