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万見
- PDB-7kod: Cryo-EM structure of heavy chain mouse apoferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kod
タイトルCryo-EM structure of heavy chain mouse apoferritin
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / iron ion sequestering activity / negative regulation of ferroptosis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / Neutrophil degranulation / endocytic vesicle lumen / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.655 Å
データ登録者Sun, M. / Azumaya, C. / Tse, E. / Frost, A. / Southworth, D. / Verba, K.A. / Cheng, Y. / Agard, D.A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118099 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01HL134183 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50AI150476 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021741 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD026881 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Practical considerations for using K3 cameras in CDS mode for high-resolution and high-throughput single particle cryo-EM.
著者: Ming Sun / Caleigh M Azumaya / Eric Tse / David P Bulkley / Matthew B Harrington / Glenn Gilbert / Adam Frost / Daniel Southworth / Kliment A Verba / Yifan Cheng / David A Agard /
要旨: Detector technology plays a pivotal role in high-resolution and high-throughput cryo-EM structure determination. Compared with the first-generation, single-electron counting direct detection camera ...Detector technology plays a pivotal role in high-resolution and high-throughput cryo-EM structure determination. Compared with the first-generation, single-electron counting direct detection camera (Gatan K2), the latest K3 camera is faster, larger, and now offers a correlated-double sampling mode (CDS). Importantly this results in a higher DQE and improved throughput compared to its predecessor. In this study, we focused on optimizing camera data collection parameters for daily use within a cryo-EM facility and explored the balance between throughput and resolution. In total, eight data sets of murine heavy-chain apoferritin were collected at different dose rates and magnifications, using 9-hole image shift data collection strategies. The performance of the camera was characterized by the quality of the resultant 3D reconstructions. Our results demonstrated that the Gatan K3 operating in CDS mode outperformed standard (nonCDS) mode in terms of reconstruction resolution in all tested conditions with 8 electrons per pixel per second being the optimal dose rate. At low magnification (64kx) we were able to achieve reconstruction resolutions of 149% of the physical Nyquist limit (1.8 Å with a 1.346 Å physical pixel size). Low magnification allows more particles to be collected per image, aiding analysis of heterogeneous samples requiring large data sets. At moderate magnification (105kx, 0.834 Å physical pixel size) we achieved a resolution of 1.65 Å within 8-h of data collection, a condition optimal for achieving high-resolution on well behaved samples. Our results also show that for an optimal sample like apoferritin, one can achieve better than 2.5 Å resolution with 5 min of data collection. Together, our studies validate the most efficient ways of imaging protein complexes using the K3 direct detector and will greatly benefit the cryo-EM community.
履歴
登録2020年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22972
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22972
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
B: Ferritin heavy chain
C: Ferritin heavy chain
D: Ferritin heavy chain
E: Ferritin heavy chain
F: Ferritin heavy chain
G: Ferritin heavy chain
H: Ferritin heavy chain
I: Ferritin heavy chain
J: Ferritin heavy chain
K: Ferritin heavy chain
L: Ferritin heavy chain
M: Ferritin heavy chain
N: Ferritin heavy chain
O: Ferritin heavy chain
P: Ferritin heavy chain
Q: Ferritin heavy chain
R: Ferritin heavy chain
S: Ferritin heavy chain
T: Ferritin heavy chain
U: Ferritin heavy chain
V: Ferritin heavy chain
W: Ferritin heavy chain
X: Ferritin heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)506,34324
ポリマ－506,34324
非ポリマー00
水31,1121727
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit


分子量: 21097.631 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fth1, Fth / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09528, ferroxidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Heavy chain mouse apoferritin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 69 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 詳細: 9-hole image-shift data collection strategy

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8PHENIXモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11Cootモデル精密化
12RELION初期オイラー角割当
13RELION最終オイラー角割当
14RELION分類
15RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.655 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 571000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 5OBA

5oba


Accession code: 5OBA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 21.44 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00134516
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3346421
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.83613081
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0294848
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0026097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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