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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mku | ||||||
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タイトル | Frog M ferritin mutant H54Q | ||||||
![]() | Ferritin, middle subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / four helix bundle / ferroxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rana catesbeiana (カエル) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mangani, S. / Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Turano, P. / Lalli, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Time-lapse anomalous X-ray diffraction shows how Fe(2+) substrate ions move through ferritin protein nanocages to oxidoreductase sites. 著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Lalli, D. / Rosa, C. / Theil, E. / Turano, P. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 414.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4lpjC ![]() 4lqhC ![]() 4lqjC ![]() 4lqvC ![]() 4lyuC ![]() 4lyxC ![]() 4mjyC ![]() 4ml5C ![]() 4mn9C ![]() 4my7C ![]() 6i36C ![]() 3ka3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 24||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20613.162 Da / 分子数: 1 / 変異: H54Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.6-2M magnesium chloride, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月8日 / 詳細: mirror | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.885 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→21.17 Å / Num. all: 946871 / Num. obs: 66237 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 9.014 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3KA3 解像度: 1.3→20.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.812 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.539 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→20.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.301→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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