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Yorodumi- PDB-6wyh: Crystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wyh | ||||||
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Title | Crystal structure of Human H-chain Ferritin variant 157C Delta C-star Modified with a RAFT Agent Soaked in an Acrylate Solution | ||||||
Components | Ferritin heavy chain | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Ferritin / Polymer / Hydrogel / Polymer Integrated Crystals / Crystal Hydrogel Hybrids / RAFT Polymerization | ||||||
Function / homology | Function and homology information iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / : / negative regulation of ferroptosis / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.22 Å | ||||||
Authors | Bailey, J.B. / Zhang, L. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Anisotropic Dynamics and Mechanics of Macromolecular Crystals Containing Lattice-Patterned Polymer Networks. Authors: Han, K. / Bailey, J.B. / Zhang, L. / Tezcan, F.A. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wyh.cif.gz | 375 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wyh.ent.gz | 253.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wyh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wyh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6wyfC 6wygC 7k26C 6b8fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21059.211 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: K86Q, C90E, C102A, C130A, K157C Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P02794, ferroxidase #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-RFT / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M ...Details: 5 uL reservoir + 5 uL of 25 uM 157C delta C-star Human H-chain Ferritin in 15 mM HEPES, pH 7.0 against reservoir of 500 uL 50 mM MES, pH 6.5, 6 mM calcium chloride; crystals soaked in 1 M sodium acrylate, 50 mM calcium chloride, 25 mM MES, pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 24, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.22→97.27 Å / Num. obs: 46081 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 20.66 Å2 / CC1/2: 0.972 / Net I/σ(I): 4.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.22→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4179 / CC1/2: 0.571 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 6B8F Resolution: 2.22→97.27 Å / SU ML: 0.2767 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.0813 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.22→97.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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