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万見
- PDB-4ml5: one minute iron loaded frog M ferritin mutant H54Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ml5
タイトルone minute iron loaded frog M ferritin mutant H54Q
要素Ferritin, middle subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / one minute iron soaking / four helix bundle / ferroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rana catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Mangani, S. / Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Turano, P. / Lalli, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Time-lapse anomalous X-ray diffraction shows how Fe(2+) substrate ions move through ferritin protein nanocages to oxidoreductase sites.
著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Lalli, D. / Rosa, C. / Theil, E. / Turano, P. / Mangani, S.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Non-polymer description
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,62330
ポリマ－20,6131
非ポリマー1,00929
水6,882382
1
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,941720
ポリマ－494,71624
非ポリマー24,225696
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_455-x-1,z,y1
crystal symmetry operation19_455-x-1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation57_455y-1/2,z,x+1/21
crystal symmetry operation58_454-y-1/2,z,-x-1/21
crystal symmetry operation59_454y-1/2,-z,-x-1/21
crystal symmetry operation60_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation69_454z-1/2,y,-x-1/21
crystal symmetry operation70_455z-1/2,-y,x+1/21
crystal symmetry operation71_455-z-1/2,y,x+1/21
crystal symmetry operation72_454-z-1/2,-y,-x-1/21
crystal symmetry operation77_455z-1/2,x+1/2,y1
crystal symmetry operation78_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation79_445-z-1/2,-x-1/2,y1
crystal symmetry operation80_455-z-1/2,x+1/2,-y1
crystal symmetry operation85_455y-1/2,x+1/2,-z1
crystal symmetry operation86_445-y-1/2,-x-1/2,-z1
crystal symmetry operation87_445y-1/2,-x-1/2,z1
crystal symmetry operation88_455-y-1/2,x+1/2,z1
Buried area108140 Å2
ΔGint-1591 kcal/mol
Surface area136750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.230, 184.230, 184.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

MG

21A-207-

MG

31A-209-

MG

41A-220-

CL

51A-221-

CL

61A-413-

HOH

71A-670-

HOH

81A-680-

HOH

91A-681-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ferritin, middle subunit / Ferritin M / Ferritin H' / Ferritin X


分子量: 20613.162 Da / 分子数: 1 / 変異: H54Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.6-2M magnesium chloride, 0.1M bicine, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.954
シンクロトロンELETTRA 5.2R21.751, 1.739
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年10月8日mirror
DECTRIS PILATUS 2M2PIXEL2012年10月29日mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9541
21.7511
31.7391
反射解像度: 1.22→22.51 Å / Num. all: 1071136 / Num. obs: 79449 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 8.162 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.22-1.298.60.3755.1113911,2100
3.86-22.5113.30.03538.3371691,299.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3KA3

3ka3


解像度: 1.22→21.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 0.731 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15352 3987 5 %RANDOM
Rwork0.13904 ---
obs0.13976 75437 99.96 %-
all-75437 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.357 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→21.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1429 0 29 382 1840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0191567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.9522132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84133440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5465205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.16925.27591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49215308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.699159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.20231567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.237570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.59451862
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 305 -
Rwork0.169 5450 -
obs-75437 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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