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- EMDB-0070: Structure of the type IV pilus from enterohemorrhagic Escherichia... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0070
タイトルStructure of the type IV pilus from enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC)
マップデータ
試料
  • 複合体: EHEC type IV pili
    • タンパク質・ペプチド: Prepilin peptidase-dependent protein D
機能・相同性Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 生体膜 / Prepilin peptidase-dependent pilin
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å
データ登録者Zheng W / Egelman E / Bardiaux B / Luna-Rico A / Izadi-Pruneyre N / Francetic O
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure and Assembly of the Enterohemorrhagic Escherichia coli Type 4 Pilus.
著者: Benjamin Bardiaux / Gisele Cardoso de Amorim / Areli Luna Rico / Weili Zheng / Ingrid Guilvout / Camille Jollivet / Michael Nilges / Edward H Egelman / Nadia Izadi-Pruneyre / Olivera Francetic /
要旨: Bacterial type 4a pili are dynamic surface filaments that promote bacterial adherence, motility, and macromolecular transport. Their genes are highly conserved among enterobacteria and their ...Bacterial type 4a pili are dynamic surface filaments that promote bacterial adherence, motility, and macromolecular transport. Their genes are highly conserved among enterobacteria and their expression in enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) promotes adhesion to intestinal epithelia and pro-inflammatory signaling. To define the molecular basis of EHEC pilus assembly, we determined the structure of the periplasmic domain of its major subunit PpdD (PpdDp), a prototype of an enterobacterial pilin subfamily containing two disulfide bonds. The structure of PpdDp, determined by NMR, was then docked into the density envelope of purified EHEC pili obtained by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Cryo-EM reconstruction of EHEC pili at ∼8 Å resolution revealed extremely high pilus flexibility correlating with a large extended region of the pilin stem. Systematic mutagenesis combined with functional and interaction analyses identified charged residues essential for pilus assembly. Structural information on exposed regions and interfaces between EHEC pilins is relevant for vaccine and drug discovery.
履歴
登録2018年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月4日-
マップ公開2019年5月15日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.282
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.282
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gv9
  • 表面レベル: 0.282
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6gv9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0070.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.282 / ムービー #1: 0.282
最小 - 最大-0.18283634 - 0.584637
平均 (標準偏差)0.013271507 (±0.06553787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 209.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.280209.280209.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1830.5850.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EHEC type IV pili

全体名称: EHEC type IV pili
要素
  • 複合体: EHEC type IV pili
    • タンパク質・ペプチド: Prepilin peptidase-dependent protein D

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超分子 #1: EHEC type IV pili

超分子名称: EHEC type IV pili / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: Prepilin peptidase-dependent protein D

分子名称: Prepilin peptidase-dependent protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
分子量理論値: 14.883821 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
FTLIELMVVI GIIAILSAIG IPAYQNYLRK AALTDMLQTF VPYRTAVELC ALEHGGLDTC DGGSNGIPSP TTTRYVSAMS VAKGVVSLT GQESLNGLSV VMTPGWDNAN GVTGWARNCN IQSDSALQQA CEDVFRFDDA N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 11.2 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 96 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 25669

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原子モデル構築 1

詳細Soluble domain structure and homology model of TM segment fitted as rigid-bodies. Linker region built ab initio. Real-space refinement after symmetrization.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6gv9:
Structure of the type IV pilus from enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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