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Yorodumi- PDB-5v6d: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from Neisseria... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5v6d | ||||||
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Title | Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from Neisseria gonorrhoeae in complex with citrate | ||||||
Components | Nucleoside diphosphate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / nucleoside diphosphate kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from Neisseria gonorrhoeae in complex with citrate Authors: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5v6d.cif.gz | 944.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5v6d.ent.gz | 789.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5v6d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5v6d_validation.pdf.gz | 587.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5v6d_full_validation.pdf.gz | 609.2 KB | Display | |
Data in XML | 5v6d_validation.xml.gz | 109.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5v6d_validation.cif.gz | 151 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/5v6d | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vgsS S: Starting model for refinement |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16488.852 Da / Num. of mol.: 16 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 (bacteria) Gene: ndk, NGK_1320 / Plasmid: NegoA.00438.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B4RMG0, nucleoside-diphosphate kinase #2: Chemical | ChemComp-CIT / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 17.1 mg/mL NegoA.00438.a.B1.PW37901 + JCSG+ screen B9: 20% PEG6000, 100 mM sodium citrate tribasic, pH 5.0, cryoprotectant: 20% ethylene glycol in two steps, tray 2273617b9, puck mrl5-6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 26, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 212120 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.972 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 11.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3VGS Resolution: 1.85→44.089 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 22.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 112.95 Å2 / Biso mean: 33.5398 Å2 / Biso min: 11.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→44.089 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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