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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e0g | ||||||
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タイトル | Mitochondrial peroxiredoxin from Leishmania infantum after heat stress without unfolding client protein | ||||||
要素 | mitochondrial 2-cys-peroxiredoxin | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / heat-shock / client-binding / holdase / unfolding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Teixeira, F. / Tse, E. / Makepeace, K.A.T. / Borchers, C.H. / Castro, H. / Tomas, A.M. / Poole, L.B. / Southworth, D.R. / Jakob, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Chaperone activation and client binding of a 2-cysteine peroxiredoxin. 著者: Filipa Teixeira / Eric Tse / Helena Castro / Karl A T Makepeace / Ben A Meinen / Christoph H Borchers / Leslie B Poole / James C Bardwell / Ana M Tomás / Daniel R Southworth / Ursula Jakob / 要旨: Many 2-Cys-peroxiredoxins (2-Cys-Prxs) are dual-function proteins, either acting as peroxidases under non-stress conditions or as chaperones during stress. The mechanism by which 2-Cys-Prxs switch ...Many 2-Cys-peroxiredoxins (2-Cys-Prxs) are dual-function proteins, either acting as peroxidases under non-stress conditions or as chaperones during stress. The mechanism by which 2-Cys-Prxs switch functions remains to be defined. Our work focuses on Leishmania infantum mitochondrial 2-Cys-Prx, whose reduced, decameric subpopulation adopts chaperone function during heat shock, an activity that facilitates the transition from insects to warm-blooded host environments. Here, we have solved the cryo-EM structure of mTXNPx in complex with a thermally unfolded client protein, and revealed that the flexible N-termini of mTXNPx form a well-resolved central belt that contacts and encapsulates the unstructured client protein in the center of the decamer ring. In vivo and in vitro cross-linking studies provide further support for these interactions, and demonstrate that mTXNPx decamers undergo temperature-dependent structural rearrangements specifically at the dimer-dimer interfaces. These structural changes appear crucial for exposing chaperone-client binding sites that are buried in the peroxidase-active protein. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e0g.cif.gz | 290.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e0g.ent.gz | 234.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e0g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/6e0g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25400.131 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: mTXNPx, LINJ_23_0050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q95U89, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: reduced decamer form of a 2-cys peroxiredoxin after heat stress タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 48450 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2368 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 386653 / 対称性のタイプ: POINT |