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万見
- EMDB-4706: Cryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4706
タイトルCryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex
マップデータBacteriophage ejection complex
試料
  • 複合体: Bacteriophage tail complex
    • 複合体: Portal protein
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • 複合体: Adaptor protein
      • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp11
    • 複合体: Nozzle protein
      • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging
類似検索 - 分子機能
Tail tubular protein Gp11 / Tail tubular protein / Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Tail tubular protein gp11 / Tail tubular protein gp12
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Cuervo A / Fabrega-Ferrer M / Machon C / Conesa JJ / Perez-Ruiz M / Coll M / Carrascosa JL
資金援助 スペイン, 7件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2014-54181 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-83720-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2014-53550-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEV-2013-0347 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMDM-2014-0435 スペイン
European Commission653706
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2011-09071 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of T7 bacteriophage portal and tail suggest a viral DNA retention and ejection mechanism.
著者: Ana Cuervo / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Cristina Machón / José Javier Conesa / Francisco J Fernández / Rosa Pérez-Luque / Mar Pérez-Ruiz / Joan Pous / M Cristina Vega / José L Carrascosa / Miquel Coll /
要旨: Double-stranded DNA bacteriophages package their genome at high pressure inside a procapsid through the portal, an oligomeric ring protein located at a unique capsid vertex. Once the DNA has been ...Double-stranded DNA bacteriophages package their genome at high pressure inside a procapsid through the portal, an oligomeric ring protein located at a unique capsid vertex. Once the DNA has been packaged, the tail components assemble on the portal to render the mature infective virion. The tail tightly seals the ejection conduit until infection, when its interaction with the host membrane triggers the opening of the channel and the viral genome is delivered to the host cell. Using high-resolution cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, here we describe various structures of the T7 bacteriophage portal and fiber-less tail complex, which suggest a possible mechanism for DNA retention and ejection: a portal closed conformation temporarily retains the genome before the tail is assembled, whereas an open portal is found in the tail. Moreover, a fold including a seven-bladed β-propeller domain is described for the nozzle tail protein.
履歴
登録2019年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月24日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2019年9月4日-
現状2019年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0113
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r21
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage ejection complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.048 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0113 / ムービー #1: 0.0113
最小 - 最大-0.002652 - 0.255892
平均 (標準偏差)0.00077379897 (±0.006800785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 366.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0481.0481.048
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.800366.800366.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-39-149-104
NX/NY/NZ201201211
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0030.2560.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage tail complex

全体名称: Bacteriophage tail complex
要素
  • 複合体: Bacteriophage tail complex
    • 複合体: Portal protein
      • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • 複合体: Adaptor protein
      • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp11
    • 複合体: Nozzle protein
      • タンパク質・ペプチド: Tail tubular protein gp12

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超分子 #1: Bacteriophage tail complex

超分子名称: Bacteriophage tail complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 534 KDa

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超分子 #2: Portal protein

超分子名称: Portal protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Adaptor protein

超分子名称: Adaptor protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: Nozzle protein

超分子名称: Nozzle protein / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 59.173984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV ...文字列:
MAEKRTGLAE DGAKSVYERL KNDRAPYETR AQNCAQYTIP SLFPKDSDNA STDYQTPWQA VGARGLNNLA SKLMLALFPM QTWMRLTIS EYEAKQLLSD PDGLAKVDEG LSMVERIIMN YIESNSYRVT LFEALKQLVV AGNVLLYLPE PEGSNYNPMK L YRLSSYVV QRDAFGNVLQ MVTRDQIAFG ALPEDIRKAV EGQGGEKKAD ETIDVYTHIY LDEDSGEYLR YEEVEGMEVQ GS DGTYPKE ACPYIPIRMV RLDGESYGRS YIEEYLGDLR SLENLQEAIV KMSMISSKVI GLVNPAGITQ PRRLTKAQTG DFV TGRPED ISFLQLEKQA DFTVAKAVSD AIEARLSFAF MLNSAVQRTG ERVTAEEIRY VASELEDTLG GVYSILSQEL QLPL VRVLL KQLQATQQIP ELPKEAVEPT ISTGLEAIGR GQDLDKLERC VTAWAALAPM RDDPDINLAM IKLRIANAIG IDTSG ILLT EEQKQQKMAQ QSMQMGMDNG AAALAQGMAA QATASPEAMA AAADSVGLQP GI

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分子 #2: Tail tubular protein gp11

分子名称: Tail tubular protein gp11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 26.20282 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GMASMTGGNN MGRDLYDDDD KDPSSMRSYD MNVETAAELS AVNDILASIG EPPVSTLEGD ANADAANARR ILNKINRQI QSRGWTFNIE EGITLLPDVY SNLIVYSDDY LSLMSTSGQS IYVNRGGYVY DRTSQSDRFD SGITVNIIRL R DYDEMPEC ...文字列:
MRGSHHHHHH GMASMTGGNN MGRDLYDDDD KDPSSMRSYD MNVETAAELS AVNDILASIG EPPVSTLEGD ANADAANARR ILNKINRQI QSRGWTFNIE EGITLLPDVY SNLIVYSDDY LSLMSTSGQS IYVNRGGYVY DRTSQSDRFD SGITVNIIRL R DYDEMPEC FRYWIVTKAS RQFNNRFFGA PEVEGVLQEE EDEARRLCME YEMDYGGYNM LDGDAFTSGL LTR

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分子 #3: Tail tubular protein gp12

分子名称: Tail tubular protein gp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 89.480594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH ...文字列:
MALISQSIKN LKGGISQQPD ILRYPDQGSR QVNGWSSETE GLQKRPPLVF LNTLGDNGAL GQAPYIHLIN RDEHEQYYAV FTGSGIRVF DLSGNEKQVR YPNGSNYIKT ANPRNDLRMV TVADYTFIVN RNVVAQKNTK SVNLPNYNPN QDGLINVRGG Q YGRELIVH INGKDVAKYK IPDGSQPEHV NNTDAQWLAE ELAKQMRTNL SDWTVNVGQG FIHVTAPSGQ QIDSFTTKDG YA DQLINPV THYAQSFSKL PPNAPNGYMV KIVGDASKSA DQYYVRYDAE RKVWTETLGW NTEDQVLWET MPHALVRAAD GNF DFKWLE WSPKSCGDVD TNPWPSFVGS SINDVFFFRN RLGFLSGENI ILSRTAKYFN FYPASIANLS DDDPIDVAVS TNRI AILKY AVPFSEELLI WSDEAQFVLT ASGTLTSKSV ELNLTTQFDV QDRARPFGIG RNVYFASPRS SFTSIHRYYA VQDVS SVKN AEDITSHVPN YIPNGVFSIC GSGTENFCSV LSHGDPSKIF MYKFLYLNEE LRQQSWSHWD FGENVQVLAC QSISSD MYV ILRNEFNTFL ARISFTKNAI DLQGEPYRAF MDMKIRYTIP SGTYNDDTFT TSIHIPTIYG ANFGRGKITV LEPDGKI TV FEQPTAGWNS DPWLRLSGNL EGRMVYIGFN INFVYEFSKF LIKQTADDGS TSTEDIGRLQ LRRAWVNYEN SGTFDIYV E NQSSNWKYTM AGARLGSNTL RAGRLNLGTG QYRFPVVGNA KFNTVYILSD ETTPLNIIGC GWEGNYLRRS SGI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式
100.0 mMNaCl塩化ナトリウム
10.0 mMMgCl2
50.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン

詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
詳細: acetone and treated with 0.1% w/v poly-L-Lysine (Sigma) for 1 min in water
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.84 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 92382
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6qwp

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6r21:
Cryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

5mu4

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6r21:
Cryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex

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原子モデル構築 3

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6r21:
Cryo-EM structure of T7 bacteriophage fiberless tail complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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