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万見
- SASDDD6: Human Guanylate-binding protein (hGBP1) (Guanylate-binding protein 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDD6
試料Human Guanylate-binding protein (hGBP1)
  • Guanylate-binding protein 1 (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP phosphatase activity / non-canonical inflammasome complex assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein localization to vacuole / symbiont cell surface / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / vesicle membrane / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway ...GDP phosphatase activity / non-canonical inflammasome complex assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / protein localization to vacuole / symbiont cell surface / cytolysis in another organism / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / vesicle membrane / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / spectrin binding / defense response to protozoan / cytokine binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic vesicle membrane / lipopolysaccharide binding / Hsp90 protein binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to type II interferon / Interferon gamma signaling / GDP binding / cellular response to tumor necrosis factor / actin cytoskeleton / actin binding / G protein activity / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / defense response to bacterium / Golgi membrane / innate immune response / GTPase activity / GTP binding / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guanylate-binding protein, C-terminal / Guanylate-binding protein/Atlastin, C-terminal / Guanylate-binding protein, C-terminal domain / Guanylate-binding protein, C-terminal domain superfamily / Guanylate-binding protein, N-terminal / Guanylate-binding protein, N-terminal domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylate-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Andreas Stadler (Forschungszentrum Jülich)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1969
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.7.1) / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 2.950
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1995
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.8.3) / ダミー原子の半径: 1.50 A / カイ2乗値: 2.950
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Human Guanylate-binding protein (hGBP1) / 試料濃度: 16.1 mg/ml
バッファ名称: 50 mM TRIS, 5 mM MgCl2, 150 mM NaCl / pH: 7.9
要素 #1063タイプ: protein / 記述: Guanylate-binding protein 1 / 分子量: 67.629 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P32455
配列: MASEIHMTGP MCLIENTNGR LMANPEALKI LSAITQPMVV VAIVGLYRTG KSYLMNKLAG KKKGFSLGST VQSHTKGIWM WCVPHPKKPG HILVLLDTEG LGDVEKGDNQ NDSWIFALAV LLSSTFVYNS IGTINQQAMD QLYYVTELTH RIRSKSSPDE NENEVEDSAD ...配列:
MASEIHMTGP MCLIENTNGR LMANPEALKI LSAITQPMVV VAIVGLYRTG KSYLMNKLAG KKKGFSLGST VQSHTKGIWM WCVPHPKKPG HILVLLDTEG LGDVEKGDNQ NDSWIFALAV LLSSTFVYNS IGTINQQAMD QLYYVTELTH RIRSKSSPDE NENEVEDSAD FVSFFPDFVW TLRDFSLDLE ADGQPLTPDE YLTYSLKLKK GTSQKDETFN LPRLCIRKFF PKKKCFVFDR PVHRRKLAQL EKLQDEELDP EFVQQVADFC SYIFSNSKTK TLSGGIQVNG PRLESLVLTY VNAISSGDLP CMENAVLALA QIENSAAVQK AIAHYEQQMG QKVQLPTETL QELLDLHRDS EREAIEVFIR SSFKDVDHLF QKELAAQLEK KRDDFCKQNQ EASSDRCSAL LQVIFSPLEE EVKAGIYSKP GGYRLFVQKL QDLKKKYYEE PRKGIQAEEI LQTYLKSKES MTDAILQTDQ TLTEKEKEIE VERVKAESAQ ASAKMLQEMQ RKNEQMMEQK ERSYQEHLKQ LTEKMENDRV QLLKEQERTL ALKLQEQEQL LKEGFQKESR IMKNEIQDLQ TKMRRRKAC

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.876 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Human Guanylate-binding protein (hGBP1) / 測定日: 2018年4月30日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 114 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0606 4.9445
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 413 /
MinMax
Q0.173204 2.08788
P(R) point1 413
R0 14.4
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: Column type: Size exclusion chromatography (Superdex 200 10/300 GL, GE Healthcare) flow rate: 0.5 ml/min.
実験値Porod
分子量65.3 kDa66.1 kDa
体積-104.9 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I066.1 65.9 0.06
慣性半径, Rg 4.018 nm3.89 nm0.06

MinMax
D-14.4
Guinier point31 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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