PDB-9qcz: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K263A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qcz

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K263A mutant

要素

L-asparaginase II

キーワード

HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / L-asparaginases / site-directed mutagenesis

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / L-asparaginase II

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K263A mutant
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qcz.cif.gz	576.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qcz.ent.gz	466.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9qcz_validation.pdf.gz	538.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qcz_full_validation.pdf.gz	551.8 KB	表示
XML形式データ	9qcz_validation.xml.gz	79.8 KB	表示
CIF形式データ	9qcz_validation.cif.gz	111.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qcz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7os3 7os5 7os6 7ou1 7oz6 8cly 8clz 8col 8ori 8osw 8rua 8rud 8rue 8ruf 8rug 9g66 9g67 9g68
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.60884/NYTYTH / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

C: L-asparaginase II

D: L-asparaginase II

ヘテロ分子

162 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
80.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: L-asparaginase II

D: L-asparaginase II

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.887, 91.507, 114.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-asparaginase II 分子量: 39512.766 Da / 分子数: 4 / 変異: K263A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFN5

-
非ポリマー , 9種, 1598分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→91.51 Å / Num. obs: 207205 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.78 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 7.98
反射シェル	解像度: 1.6→1.7 Å / R_merge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 32544 / CC_1/2: 0.629 / R_rim(I) all: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.69 Å / SU ML: 0.1732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.4469
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	1034	0.5 %
R_work	0.1604	206066	-
obs	0.1605	207100	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10348	0	224	1549	12121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0122	11092
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0506	15020
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0711	1657
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1980
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.9925	4173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.69	0.288	143	0.2621	28427	X-RAY DIFFRACTION	96.22
1.69-1.79	0.2553	148	0.2261	29547	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.79-1.93	0.2531	148	0.1926	29470	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.93-2.12	0.2037	149	0.1575	29548	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.12-2.43	0.1791	148	0.1486	29572	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.43-3.06	0.2169	149	0.1539	29658	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.06-48.69	0.1488	149	0.1385	29844	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.07978304744	-6.30752736366	-2.44718193923	5.76660453148	1.92860289627	1.35141559242	-0.282192103723	-0.364251068456	-0.129264649429	0.301947013103	0.259217163213	0.107427538591	0.109631859145	0.140585760095	0.0393089020659	0.15358023202	-0.00703417622535	0.0403132548816	0.140739856613	0.00425482389481	0.166119796504	6.24489053529	41.3460444609	63.2144188382
2	1.67590156229	-0.973692943897	0.825937159671	2.38068635838	0.536617137013	1.93860770412	0.00248841188977	-0.183468940956	-0.0299487054065	0.248457269905	0.0347067405483	0.218848365648	-0.113566316881	-0.23119707965	-0.0325860003791	0.137844278142	0.0218343424762	0.0387285652163	0.107366364183	0.000729987778727	0.137049545241	-3.84865543779	54.4783860239	67.1973268617
3	1.06698961071	-0.196629990546	-0.289952274292	0.54693117955	0.483244798053	1.64587378717	0.0420171990202	0.0652649845186	0.0377702695202	-0.074482709314	-0.0632317649969	-0.011528426933	-0.0646211612226	-0.046149670494	0.0246222110704	0.131961088704	0.0177635554716	0.0226352034209	0.0811907068522	0.00921030683859	0.121536180993	-5.30874749005	64.8684518159	40.3563945407
4	2.58387175608	-1.03385375883	-1.07846971839	2.45062969022	1.13891772873	2.59375784627	0.0984064118838	0.089487992469	-0.163029026233	-0.16822485758	-0.0661149739431	-0.192129850432	0.136407169063	0.215505056712	-0.065107614312	0.173027072507	0.0336443625195	0.0221442003983	0.135686912604	0.00474987541603	0.14952474716	2.85073578336	60.8744934431	36.7843413209
5	0.441128616697	-0.00418296461887	-0.074100122549	1.1154845901	0.0649953902183	0.687729648697	-0.000899786515533	0.0179805758347	0.0615873540068	-0.0222036947793	-0.0104758229189	0.0913321193571	-0.0431344158973	-0.074221028911	0.0117575642443	0.142581764419	0.0195027554498	0.0295091499759	0.131957963101	0.00775191882403	0.175539833449	-8.22136281991	62.2179197073	52.7227285835
6	1.39374202778	-0.775323163564	-0.156969797995	1.45119462179	0.114109724543	0.453740315752	-0.0221175809915	0.025485926948	-0.105831739371	0.0223197619158	0.0221527340667	0.154340947587	0.0542267807074	-0.0713495136295	0.0116709983555	0.141368545446	-0.0107731959783	0.0349776479041	0.121460690234	0.0144663307014	0.164745030152	-3.83758860208	42.0137824411	56.817233482
7	6.43052830531	-6.08774483135	0.976789936724	6.30110555266	-1.16318423944	0.561164288224	-0.320831915033	-0.277995657708	-0.0135388754771	0.386091805556	0.295359572866	0.0310012589816	-0.084985908666	0.0501207666943	0.0118979639002	0.152679843587	0.00250522545188	0.0153717046028	0.135407996845	-0.000248268538953	0.163473702892	18.445875179	51.58238543	63.7472506513
8	0.497385666423	-0.314797902484	-0.762678342634	0.895350223002	0.792548939446	1.52933402046	-0.0338634216423	-0.0169698234756	-0.0177555826596	-0.0531219830808	0.0276664380418	-0.101237624121	0.0531307730281	0.107154907396	-0.00862376996507	0.132537007924	0.0233416962926	0.0247189789004	0.14043074948	0.0138983396945	0.15713489846	32.6420811949	32.731326518	48.1931164634
9	3.0073402605	-1.32134597854	0.41282545441	4.19275906935	-0.736463765968	2.03904645506	0.0813889275063	0.10887566242	0.0422160802618	-0.120780425812	-0.0823334712871	0.219634679952	-0.015315536063	-0.120760580116	-0.0105602649158	0.14103120655	0.0143576605761	0.0332136840703	0.13890093299	-0.00945090149578	0.119802378602	23.869770288	29.5851344829	37.5970838164
10	0.687096937026	-0.150483477748	-0.357267481641	1.25751614107	0.273188003944	1.00663959576	-0.0268051077533	-0.104077039858	-0.00381994626382	0.0280760495898	0.0670298533729	-0.148827564676	0.0866892808031	0.255091215872	-0.0259955687117	0.114195183753	0.033906873371	0.0111007172832	0.165445823258	-0.00355523531972	0.150593138055	33.6941746025	37.7101804035	55.6587307336
11	3.31144397233	-1.18803321866	1.29967516364	0.671841244367	0.0235562085246	1.48039486523	0.0230934691539	0.154450975731	0.0959700921223	0.0568053860194	0.0382599251695	-0.0631711586501	0.0302756124798	0.068790093908	-0.0400361394031	0.184631697178	-0.0320995311619	0.0315363446198	0.121492168152	0.000567190429406	0.228925561315	25.7344924936	58.1215210818	56.0057935892
12	6.68569865242	5.3535360566	-1.91387993279	4.46649492804	-1.3847703296	0.738557168756	-0.278484494979	0.352771628954	0.0184083031362	-0.273364827559	0.253749657235	0.00498360186983	0.0672476643442	-0.0986176865345	0.0417255957419	0.159399253408	0.00335976841576	0.0395178549641	0.133595375876	0.00337449681599	0.154503713377	-13.2271768805	38.8129588726	-6.36117157539
13	0.368287115295	0.148346096215	1.04611286515	2.06885835095	0.381737936335	2.97320217815	-0.00286975093899	0.164819084479	0.00862055024491	-0.20040999268	0.000520402106787	-0.328528131012	-0.0706489877111	0.165999900627	0.00249490490423	0.170950835873	-0.0175566110747	0.0604415475974	0.122512064019	0.0154612851056	0.183690013523	-3.35418189325	52.0956749992	-10.3285348287
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17	0.456834432514	0.366054429904	0.0985433768824	0.974402041845	0.000675328472864	0.297814955073	-0.00893385017163	-0.00965766307318	-0.0470368908674	0.00703820012556	0.00243075900714	-0.0863291919843	0.0237669407902	0.0504333238012	0.0125196075657	0.166539771572	0.011654826466	0.0372740782371	0.141282667424	0.00241392263418	0.188492819173	-1.95833886077	41.4723056033	2.98634164346
18	7.46038258806	5.98508134416	0.792273009238	4.80136649598	0.646139316175	0.133436769954	-0.263589574915	0.385078385485	-0.142576736435	-0.299985158311	0.267380415915	-0.142569739972	-0.126123889468	-0.0212035060855	-0.0124089192088	0.165814512751	0.0131757410211	0.0120489503675	0.133398101985	-0.00101537706289	0.158779330963	-25.6765751855	48.745707858	-6.96921067638
19	0.619413328889	0.25671571457	-0.551582480302	0.678533283344	-0.557081937688	1.91987978941	-0.0361649146694	-0.00766175276191	-0.015869843499	0.0657683900297	-0.0229642815703	0.0625477169806	0.0200373867403	-0.109860635804	0.0454394369884	0.135251233254	-0.00451867695776	0.0283339506383	0.130507283935	-0.0198956774096	0.164679869122	-39.3684029921	29.4152762669	8.78183404903
20	2.75418790948	1.05351403742	0.365575471678	3.96723866705	0.570596717155	2.07662540457	0.144090949142	-0.136929672791	0.106799949057	0.254620576873	-0.141264856336	-0.148864812737	0.0114409468183	0.0698446653748	-0.00706209431037	0.164454008825	-0.0103918080223	0.0371464027329	0.15334138799	0.00661592665405	0.126018002148	-30.5545140345	26.3215677391	19.0134012738
21	0.554123587609	-0.0187524680097	-0.129593541711	0.826127687699	-0.173140633189	0.515153688013	0.0175893914638	0.0535101148462	0.0227846324906	0.0167403758579	0.00182823024313	0.127504490222	-0.000446648873558	-0.110487295489	-0.0185458265896	0.162098151702	-0.00371936778565	0.0238420087135	0.17659516231	-0.00457771537838	0.190312851115	-40.636805768	34.3467699699	1.25717818022
22	2.35451009039	2.14655429309	1.78289147449	2.2478472755	1.3509261591	2.01268404285	0.0292754312552	-0.101739320315	0.116953456022	-0.0421432924573	0.0435469852494	0.117748297581	-0.102525026904	-0.00340395324831	-0.0616126101506	0.214382046378	0.044849073429	0.033396854947	0.152380624796	0.00575274012178	0.253170933122	-32.9846518665	55.4925388203	1.2267727165

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 28 )	A	A	3 - 28	1 - 26
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 46 )	A	A	29 - 46	27 - 44
3	3	chain 'A' and (resid 47 through 114 )	A	A	47 - 114	45 - 112
4	4	chain 'A' and (resid 115 through 149 )	A	A	115 - 149	113 - 147
5	5	chain 'A' and (resid 150 through 265 )	A	A	150 - 265	148 - 263
6	6	chain 'A' and (resid 266 through 352 )	A	A	266 - 352	264 - 350
7	7	chain 'B' and (resid 4 through 28 )	B	L	4 - 28	1 - 25
8	8	chain 'B' and (resid 29 through 98 )	B	L	29 - 98	26 - 95
9	9	chain 'B' and (resid 99 through 161 )	B	L	99 - 161	96 - 158
10	10	chain 'B' and (resid 162 through 314 )	B	L	162 - 314	159 - 311
11	11	chain 'B' and (resid 315 through 353 )	B	L	315 - 353	312 - 350
12	12	chain 'C' and (resid 3 through 28 )	C	V	3 - 28	1 - 26
13	13	chain 'C' and (resid 29 through 46 )	C	V	29 - 46	27 - 44
14	14	chain 'C' and (resid 47 through 114 )	C	V	47 - 114	45 - 112
15	15	chain 'C' and (resid 115 through 149 )	C	V	115 - 149	113 - 147
16	16	chain 'C' and (resid 150 through 237 )	C	V	150 - 237	148 - 235
17	17	chain 'C' and (resid 238 through 352 )	C	V	238 - 352	236 - 350
18	18	chain 'D' and (resid 4 through 28 )	D	D	4 - 28	1 - 25
19	19	chain 'D' and (resid 29 through 98 )	D	D	29 - 98	26 - 95
20	20	chain 'D' and (resid 99 through 161 )	D	D	99 - 161	96 - 158
21	21	chain 'D' and (resid 162 through 314 )	D	D	162 - 314	159 - 311
22	22	chain 'D' and (resid 315 through 352 )	D	D	315 - 352	312 - 349

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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