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Yorodumi- PDB-8rud: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138A mutant -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8rud | ||||||
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Title | Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138A mutant | ||||||
Components | L-asparaginase II proteinAsparaginase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / l-asparaginases / zinc-binding proteins / site-directed mutagenesis | ||||||
Function / homology | L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhizobium etli (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Front Chem / Year: 2024 Title: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV. Authors: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #1: Journal: IUCrJ / Year: 2021 Title: Structural and biophysical aspects of l-asparaginases: a growing family with amazing diversity. Authors: Loch, J.I. / Jaskolski, M. #2: Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site. Authors: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #3: Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023 Title: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center. Authors: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8rud.cif.gz | 544.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8rud.ent.gz | 442.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8rud.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rud | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8ruaC 8rueC 8rufC 8rugC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18150/RBG2F9 / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/RBG2F9 |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39496.770 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: K138A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: point mutation K138A / Source: (gene. exp.) Rhizobium etli (bacteria) / Gene: ansA, RHE_PE00350 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q2K0Z2 |
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-Non-polymers , 5 types, 748 molecules
#2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-SO4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 / Details: 22% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→113.73 Å / Num. obs: 91345 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 23.13 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 7.72 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 14875 / CC1/2: 0.571 / Rrim(I) all: 1.046 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→56.86 Å / SU ML: 0.3468 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.6946 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 Details: Hydrogen atoms were added at riding position.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→56.86 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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