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Yorodumi- PDB-8ruf: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV D187A mutant -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8ruf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV D187A mutant | ||||||
Components | L-asparaginase II protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / l-asparaginases / zinc-binding proteins / site-directed mutagenesis | ||||||
| Function / homology | L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase II protein Function and homology information | ||||||
| Biological species | Rhizobium etli (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
| Funding support | Poland, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Front Chem / Year: 2024Title: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV. Authors: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #1: Journal: IUCrJ / Year: 2021 Title: Structural and biophysical aspects of l-asparaginases: a growing family with amazing diversity. Authors: Loch, J.I. / Jaskolski, M. #2: Journal: Nat Commun / Year: 2021Title: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site. Authors: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #3: Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2023Title: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center. Authors: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8ruf.cif.gz | 577.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8ruf.ent.gz | 469.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8ruf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8ruf_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8ruf_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | |
| Data in XML | 8ruf_validation.xml.gz | 66.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 8ruf_validation.cif.gz | 101.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ruf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ruf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8ruaC ![]() 8rudC ![]() 8rueC ![]() 8rugC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18150/BWIJSJ / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/BWIJSJ |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 39510.859 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: D187A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: point mutation D187A / Source: (gene. exp.) Rhizobium etli (bacteria) / Gene: ansA, RHE_PE00350 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 1576 molecules 














| #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 / Details: 22% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 0.8265 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.8265 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.6→113.36 Å / Num. obs: 208980 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 12.66 |
| Reflection shell | Resolution: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 1.286 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 33605 / CC1/2: 0.675 / Rrim(I) all: 1.388 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6→48.57 Å / SU ML: 0.1642 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.0335 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 Details: Hydrogen atoms were added at riding position.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 24.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→48.57 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Rhizobium etli (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Poland, 1items
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