PDB-8ruf: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV D187A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ruf

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV D187A mutant

要素

L-asparaginase II protein

アスパラギナーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Rhizobium etli /

amidohydrolases (アミド加水分解酵素) / l-asparaginases / zinc-binding proteins /

site-directed mutagenesis

機能・相同性

アスパラギナーゼ /

metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER /

L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV.
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2024年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ruf.cif.gz	577.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ruf.ent.gz	469.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ruf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ruf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8ruf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ruaC 8rudC 8rueC 8rugC 7os3 7os5 7os6 7ou1 7oz6 8cly 8clz 8col 8ori 8osw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18150/BWIJSJ / データの種類: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/BWIJSJ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase II protein

B: L-asparaginase II protein

C: L-asparaginase II protein

D: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-asparaginase II protein

B: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: L-asparaginase II protein

D: L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.715, 91.260, 114.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.950, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-asparaginase II protein / アスパラギナーゼ分子量: 39510.859 Da / 分子数: 4 / 変異: D187A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: point mutation D187A / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2

-
非ポリマー , 8種, 1576分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8265 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8265 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→113.36 Å / Num. obs: 208980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 18.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.119 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 12.66
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / R_merge(I) obs: 1.286 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique obs: 33605 / CC_1/2: 0.675 / R_rim(I) all: 1.388

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→48.57 Å / SU ML: 0.1642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.0335
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Hydrogen atoms were added at riding position.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1841	2087	1 %
R_work	0.1576	206802	-
obs	0.1578	208889	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10340	0	172	1534	12046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0099	11145
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0823	15118
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0674	1681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	2000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.2792	4236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.2526	137	0.264	13585	X-RAY DIFFRACTION	98.73
1.63-1.68	0.28	139	0.2471	13723	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.68-1.72	0.2599	139	0.2326	13799	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.72-1.77	0.3	139	0.2182	13730	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.77-1.83	0.2409	139	0.2011	13776	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.83-1.89	0.2088	139	0.1869	13785	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.89-1.97	0.2122	139	0.1718	13745	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.06	0.1883	139	0.1533	13771	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.17	0.2014	138	0.1517	13774	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.3	0.1871	140	0.148	13779	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.3-2.48	0.1769	139	0.1483	13803	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.48-2.73	0.1854	139	0.1479	13809	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.73-3.13	0.1674	140	0.1504	13858	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.13-3.94	0.1533	141	0.1352	13873	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.94-48.57	0.1511	140	0.1385	13992	X-RAY DIFFRACTION	99.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.338175643423	-0.711445251689	-0.263933542648	2.77158197336	-0.0830315141003	0.779045549093	-0.0678861306677	-0.0834632466202	0.0112124857303	0.211110692345	0.0545410085533	0.0327035692414	0.0587204668893	0.209625115945	0.022179707437	0.117136579787	0.0188209389692	-0.0178147495149	0.175037628323	0.000871061181562	0.170238730604	22.614	45.937	65.172
2	1.83961175448	-0.326404421493	-0.16672377834	1.59079269346	0.379601161559	1.53144243357	-0.00105973639522	0.0534190900724	0.0171659693039	-0.114745444743	-0.029065582905	0.0735205201554	0.00364698997335	-0.0455967989198	0.018414292409	0.136717352375	0.0339493373257	-0.00135045627769	0.133270931654	0.0028544944686	0.140583507431	28.556	29.948	39.112
3	0.537723768417	-0.0104685062843	-0.302071866439	1.23414206666	0.314785278459	1.40831749927	-0.0645691459949	-0.142782243589	-0.023292715719	0.0280583892177	0.0557255771597	-0.192392932615	0.198691431661	0.38330518962	0.0275801049851	0.134751858502	0.0912818071577	-0.0138068111746	0.236814934655	0.00293957758409	0.186790488597	34.831	33.315	53.496
4	1.45237524242	-0.671847862611	-0.0414574080776	1.21504865458	-0.150335119867	0.968529327468	-0.0512681178647	-0.0465308485007	0.129402508166	0.0542960139844	0.0987969861603	-0.150340925044	-0.0778113895515	0.264186859917	-0.00042587915909	0.104442425754	-0.0147133451751	-0.0147537925269	0.196949206239	-0.0233632283726	0.189145846705	29.086	51.8	57.821
5	5.48621853109	-6.41604621259	-2.32339277681	7.60459673781	2.37621927223	1.39434506026	-0.244624364592	-0.247882540887	-0.13662840096	0.289673022095	0.221109793045	-0.0715145371681	0.152241008424	0.125079739357	-0.0322893684219	0.123767291275	0.000103212679312	-0.00505764593978	0.133243997352	0.00962698605423	0.169239651693	6.576	41.101	62.753
6	0.723821596917	-1.05191551463	1.06211864386	3.94736162605	-0.174076236108	2.49129930633	-0.0614833638733	-0.148227695832	-0.10151693026	0.226118418344	0.0581325976209	0.22088941173	-0.100602715637	-0.255530532331	-0.00193569693362	0.132837198021	0.0220670935343	0.00244238360459	0.134152188489	-0.0149532232468	0.153639444869	-3.717	54.24	67.073
7	0.671853866093	-0.240137394898	-0.22003747194	0.748414474212	0.0745606887035	1.54820043836	0.0459016136849	0.0650085171325	0.0404838679614	-0.0927924924786	-0.0688742168168	-0.017869967164	-0.0437653127479	-0.0207168152378	0.0219686775409	0.130587527301	0.0127820454067	-0.0109678770532	0.0991959267782	0.00419503028018	0.161685077409	-5.208	64.641	40.22
8	3.66814388969	-2.34627908015	-1.68379629585	4.61052380349	2.04363057493	3.42154096718	0.18834519281	0.181409486754	-0.134766677113	-0.293842849926	-0.165139191752	-0.171066496155	0.0437165501479	0.160288938404	-0.0321871953347	0.143116524173	0.0148612519795	-0.0108180338835	0.131632174532	0.00450450233843	0.154762993807	2.666	61.296	36.81
9	1.23018174581	0.137033743796	-0.253520858535	1.44964594544	-0.460678065489	1.17107065374	-0.0053100945626	-0.00616077237119	0.066048389998	0.0224484730517	-0.0213845376134	0.0142491336481	-0.102891884526	0.00823774215682	0.0187553198871	0.125487243175	0.0212676669074	-0.00848018426983	0.102671845319	-0.012650034691	0.167108287439	-4.362	67.736	56.223
10	4.84240758783	-1.61125481387	-1.75620618854	4.35244950141	1.23336768362	1.47636271634	0.0468192680944	0.148128826859	-0.21008660365	-0.00174983905949	-0.211839059604	0.519589024232	-0.0937361292759	-0.449277547505	0.147191623012	0.137348427457	0.0236589464744	-0.0329471258501	0.191845217927	0.00157627663664	0.245022084345	-19.592	61.275	51.196
11	0.696995534444	-0.560146788288	0.086674278599	1.02166231041	0.0251153406612	0.463810024434	-0.0232769826837	0.00228197122619	-0.140858085205	-0.0534742616317	0.0236279719699	0.117503561412	0.0786492771533	-0.0536651057501	0.0044715619798	0.1449669775	-0.0169575060908	-0.000578658757714	0.128672195534	0.00349241889305	0.21095961329	-5.058	43.578	53.931
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24	4.08402532618	3.30874357054	-4.24326306007	3.46692719426	-3.70781014777	4.79849843369	0.0877625091492	-0.193626842197	-0.0647905517531	0.0233764181185	-0.0467706097871	0.00623478783718	-0.0886540540053	0.187512819432	-0.00284526090314	0.179568746184	0.0150257995428	0.00768473910546	0.151927517998	0.0102788607019	0.230277416709	-11.54	32.188	0.877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 4:46 )	A	4 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 47:161 )	A	47 - 161
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 162:265 )	A	162 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 266:352 )	A	266 - 352
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 4:28 )	B	4 - 28
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 29:46 )	B	29 - 46
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 47:114 )	B	47 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 115:149 )	B	115 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 150:216 )	B	150 - 216
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 217:237 )	B	217 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 238:352 )	B	238 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 4:28 )	C	4 - 28
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 29:98 )	C	29 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 99:161 )	C	99 - 161
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 162:313 )	C	162 - 313
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 314:353 )	C	314 - 353
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 4:28 )	D	4 - 28
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 29:70 )	D	29 - 70
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 71:114 )	D	71 - 114
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 115:149 )	D	115 - 149
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 150:216 )	D	150 - 216
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 217:237 )	D	217 - 237
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 238:329 )	D	238 - 329
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 330:353 )	D	330 - 353

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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