PDB-8cly: Crystal structure of Rhizobium etli constitutive L-asparaginase R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cly

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli constitutive L-asparaginase ReAIV (tetragonal form R4tP)

要素

Putative L-asparaginase II protein

キーワード

HYDROLASE / amidohydrolase / zinc binding protein / structural homology / enzymatic mechanism / enzyme kinetics / occluded water molecules

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / L-asparaginase II protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.503 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Imiolczyk, B. / Grzechowiak, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center.
著者: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2023年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cly.cif.gz	233 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cly.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cly.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cly_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cly_full_validation.pdf.gz	437.2 KB	表示
XML形式データ	8cly_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	8cly_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8cly ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8cly	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8clzC 8colC 8oriC 8oswC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative L-asparaginase II protein

BBB: Putative L-asparaginase II protein

ヘテロ分子

72.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.344, 125.344, 115.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-548- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 2 - 335 / Label seq-ID: 8 - 341

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Putative L-asparaginase II protein 分子量: 36100.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: RHE_CH01144 / プラスミド: pET-151D-topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 Gold / 参照: UniProt: Q2KB35
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium formate, 20 % (w/v) PEG 3350, and 0.2% lauryldimethylamine oxide (LDAO)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→88.63 Å / Num. obs: 32235 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.82 % / B_iso Wilson estimate: 44.99 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.176 / R_rim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 11.41
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / R_merge(I) obs: 1.016 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 5074 / CC_1/2: 0.739 / R_rim(I) all: 1.079

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.503→88.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.712 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.222

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	1000	3.104 %
R_work	0.1721	31215	-
all	0.173	-	-
obs	-	32215	99.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.493 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.276 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.276 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.551 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.503→88.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4930	0	8	160	5098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.635	6808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	1.572	10980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.79	20.688	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.916	15	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.714	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.153	0.2	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.163	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.302	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.813	3.89	2674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.802	3.89	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.72	5.832	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.72	5.833	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.474	4.194	2360
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.474	4.195	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.962	6.173	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.962	6.174	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.936	46.46	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.927	46.449	5412
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.065	0.05	10278

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06483	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06483	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.503-2.568	0.287	72	0.274	2234	X-RAY DIFFRACTION	99.3966
2.568-2.638	0.286	70	0.242	2188	X-RAY DIFFRACTION	99.9557
2.638-2.714	0.283	69	0.235	2169	X-RAY DIFFRACTION	99.8216
2.714-2.798	0.289	67	0.218	2088	X-RAY DIFFRACTION	99.9536
2.798-2.889	0.225	65	0.199	2044	X-RAY DIFFRACTION	99.9526
2.889-2.991	0.192	63	0.184	1958	X-RAY DIFFRACTION	99.8518
2.991-3.103	0.233	61	0.188	1897	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.23	0.23	59	0.179	1842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.373	0.201	56	0.164	1757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.373-3.538	0.212	54	0.155	1693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.538-3.729	0.192	52	0.144	1609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.729-3.955	0.182	49	0.143	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.955-4.227	0.164	46	0.129	1444	X-RAY DIFFRACTION	100
4.227-4.565	0.168	43	0.123	1340	X-RAY DIFFRACTION	100
4.565-4.999	0.182	40	0.148	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.7692
4.999-5.587	0.225	37	0.182	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
5.587-6.447	0.273	32	0.195	1014	X-RAY DIFFRACTION	99.8092
6.447-7.886	0.168	28	0.165	874	X-RAY DIFFRACTION	100
7.886-11.108	0.147	23	0.128	702	X-RAY DIFFRACTION	100
11.108-88.63	0.606	14	0.294	429	X-RAY DIFFRACTION	99.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3234	0.0876	-0.1947	0.1652	-0.0803	0.1944	0.0014	-0.0207	0.003	0.0101	0.0037	0.0205	-0.019	0.0091	-0.0051	0.0199	-0.014	-0.0078	0.0162	0.0097	0.008	7.2578	26.934	47.2532
2	0.4159	-0.089	-0.1522	0.1008	-0.0459	0.3103	-0.0563	0.0233	-0.0411	-0.0275	-0.003	-0.024	0.012	0.0154	0.0593	0.0374	-0.0124	0.017	0.0189	0.006	0.0227	29.4591	19.203	20.9415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	chain 'A' and (resid 2 through 335 )
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	chain 'A' and (resid 336 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	chain 'A' and (resid 337 through 337 )
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	chain 'A' and (resid 338 through 338 )
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	chain 'A' and (resid 339 through 344 )
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	chain 'B' and (resid 2 through 335 )
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	chain 'B' and (resid 336 through 336 )
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	chain 'B' and (resid 339 through 341 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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