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Yorodumi- PDB-7oz6: Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oz6 | ||||||
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Title | Crystal structure of Rhizobium etli inducible L-asparaginase ReAV (monoclinic form MC) | ||||||
Components | L-asparaginaseAsparaginase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / L-asparaginase / amidohydrolase / Rhizobium etli | ||||||
Function / homology | L-asparaginase II / L-asparaginase II / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase II protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhizobium etli (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.757 Å | ||||||
Authors | Gilski, M. / Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | Poland, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site. Authors: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #1: Journal: Acta Biochim Pol / Year: 2001 Title: Sequence analysis of enzymes with asparaginase activity Authors: Borek, D. / Jaskolski, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7oz6.cif.gz | 261.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7oz6.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7oz6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7os3SC 7os5C 7os6C 7ou1C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18150/6W9HGI / Data set type: diffraction image data / Metadata reference: 10.18150/6W9HGI |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39570.867 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Class 3 (R. etli) type L-asparaginase Source: (gene. exp.) Rhizobium etli (strain CFN 42 / ATCC 51251) (bacteria) Strain: CFN 42 / ATCC 51251 / Gene: ansA, RHE_PE00350 / Plasmid: pET151D-TOPO / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q2K0Z2 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 25% PEG3350, 0.2 M Li2SO4, 0.01% (w/v) heptane-1,2,3-triol, 0.1 M Tris pH 8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.757→46.732 Å / Num. obs: 78980 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 36.405 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 22.04 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.86 Å / Redundancy: 6.59 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 12374 / CC1/2: 0.925 / % possible all: 95.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7OS3 Resolution: 1.757→46.732 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.692 / SU ML: 0.088 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.109 / Details: Hydrogen atoms were added at riding positions.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.962 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.757→46.732 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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