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- PDB-9qcy: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9qcy | ||||||
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Title | Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant | ||||||
![]() | L-asparaginase II | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / L-asparaginases / site-directed mutagenesis | ||||||
Function / homology | L-asparaginase II / L-asparaginase II / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase II![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant Authors: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #1: Journal: IUCrJ / Year: 2021 Title: Structural and biophysical aspects of l-asparaginases: a growing family with amazing diversity. Authors: Loch, J.I. / Jaskolski, M. #2: ![]() Title: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site. Authors: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #3: ![]() Title: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center. Authors: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. #4: ![]() Title: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV. Authors: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 515 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 525.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 70.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 95 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 39570.867 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: S80A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 952 molecules 










#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 / Details: 22% PEG 4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 12, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→75.18 Å / Num. obs: 154207 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.25 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.94 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.8 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.007 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 24585 / CC1/2: 0.522 / Rrim(I) all: 1.219 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→53.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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