PDB-9qcy: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9qcy

タイトル

Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant

要素

L-asparaginase II

キーワード

HYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / L-asparaginases / site-directed mutagenesis

機能・相同性

L-asparaginase II / L-asparaginase II / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-asparaginase II

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV S80A mutant
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2025年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9qcy.cif.gz	554 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9qcy.ent.gz	450.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9qcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9qcy_validation.pdf.gz	515 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9qcy_full_validation.pdf.gz	525.6 KB	表示
XML形式データ	9qcy_validation.xml.gz	70.2 KB	表示
CIF形式データ	9qcy_validation.cif.gz	95 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/9qcy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7os3 7os5 7os6 7ou1 7oz6 8cly 8clz 8col 8ori 8osw 8rua 8rud 8rue 8ruf 8rug 9g66 9g67 9g68
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.60884/WKWVVZ / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

C: L-asparaginase II

D: L-asparaginase II

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
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1

A: L-asparaginase II

B: L-asparaginase II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-asparaginase II

D: L-asparaginase II

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.056, 91.482, 104.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	L-asparaginase II 分子量: 39570.867 Da / 分子数: 4 / 変異: S80A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RFN5

-
非ポリマー , 6種, 952分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22% PEG 4000, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→75.18 Å / Num. obs: 154207 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 21.25 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.94
反射シェル	解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 1.007 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 24585 / CC_1/2: 0.522 / R_rim(I) all: 1.219

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→53.66 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.2434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	1997	1.3 %
R_work	0.2053	152087	-
obs	0.2059	154084	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→53.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10332	0	159	911	11402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	10856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1162	14658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0776	1626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0115	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1205	4025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3295	138	0.3271	10512	X-RAY DIFFRACTION	96.72
1.74-1.79	0.3869	142	0.3079	10870	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.79-1.84	0.344	142	0.2852	10831	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.84-1.9	0.2859	144	0.2594	10929	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.9-1.97	0.2802	143	0.2342	10855	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.97-2.05	0.2798	142	0.2153	10869	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.05-2.14	0.2544	144	0.2072	10862	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.26	0.2369	142	0.1966	10861	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.26-2.4	0.2556	144	0.189	10930	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.4-2.58	0.2135	142	0.1992	10852	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.58-2.84	0.3079	144	0.2027	10915	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.84-3.25	0.2213	144	0.2023	10934	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.25-4.1	0.2255	143	0.1766	10892	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.1-53.66	0.2096	143	0.1897	10975	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.42769586966	-3.82328183841	-0.21505307109	5.77342183853	0.720168425663	0.183602862075	-0.0540968341728	-0.068758084681	0.168879996639	0.12442849409	0.0840381034503	-0.390576971685	0.122660405037	-0.0588018318938	-0.0707615367007	0.113719825718	0.00792344930124	-0.0328921089214	0.206578544924	-0.0330575356627	0.310482357749	13.4119261877	40.6814808506	6.05415643748
2	0.390127642835	-0.598085357586	0.563143634082	1.8071072079	-1.2083792006	1.46252859874	0.0131419095637	-0.00946021570617	0.034850173269	0.0299538287279	-0.0164573545729	0.298486174278	-0.115652053277	-0.162565360641	-0.0269936609898	0.163227508842	0.0518264674123	-0.0393377510407	0.239692666303	-0.0662069105939	0.322931946894	-0.563822005879	61.0464810042	-1.34327374883
3	0.970477085447	-0.583982078038	-0.97414066863	2.74891412917	1.0165346639	1.49352665618	0.10190637541	0.116557837579	0.0515488286829	-0.271574236112	-0.0832289006085	-0.157598710218	-0.11796573483	-0.0733764180415	-0.0237590515588	0.211327557584	0.0761975730088	-0.0648673038895	0.243683978299	-0.017294017748	0.290980958789	5.56405516825	62.1101114769	-19.684145519
4	1.03511279151	0.127075905504	-0.817566312225	0.963492083867	-0.066404750521	0.564194331769	0.00102028070072	0.0984663574054	0.00463923231171	0.0570488414907	-0.0359310599742	0.0854056677851	-0.162532727441	-0.154045525499	0.0234351397841	0.190870530144	0.0786979561074	-0.0460736425254	0.273197172103	-0.0190411218309	0.344807603917	0.937726810756	64.6779174136	0.677527781101
5	2.93929249941	-1.09930680006	-0.602457415919	1.34736608107	-0.189894455861	0.532721697136	0.0471971348916	0.0609141705981	0.112861998888	-0.213314080673	-0.222964430214	0.32148514389	-0.1032859441	-0.422936776245	0.162618997648	0.179978389035	0.0206931993428	-0.0806831376106	0.364376348444	-0.0808909638115	0.424535303356	-6.65375478818	53.0065406381	-8.326028031
6	3.59693525483	-0.0150704072234	-0.346501100462	0.363682497157	-0.259030920655	1.28435639596	-0.0387713437371	-0.0822709709082	-0.209992912559	-0.0574565154719	-0.0249197265055	0.400574710735	0.05294269886	-0.24932872413	-0.0209452397994	0.113853540943	0.0149477348219	-0.0142300585432	0.257526410025	-0.0468272540995	0.400922875738	0.415177497003	46.0381417313	2.62065009116
7	1.26304323119	-0.444184900984	-0.525525268426	0.0796689060421	0.177368137599	0.898034987408	0.0135035799936	0.168381091135	-0.114988329157	-0.0770424543181	-0.13155041492	0.25093275317	0.0301429353264	-0.27622380661	0.0878670601381	0.187533253279	-0.01524914818	-0.0202609802591	0.266593671793	-0.0819709485875	0.515666609633	6.27627095985	34.5802552694	-1.1622721529
8	5.77960350149	-5.02657676704	2.06379102793	6.47962979836	-1.73055685549	1.52828224351	-0.0969741780914	0.233332543487	0.156089005763	0.166455276321	-0.0788597273163	-0.0108834506768	-0.152108579511	-0.00953107268623	0.150355003479	0.123687711918	0.00207961548481	-0.00827098338336	0.135320128347	-0.00787895330205	0.270347001801	25.4965670827	51.1924218708	5.69281718671
9	3.17307420415	-2.40248961833	-1.08117587692	3.56670142552	1.42916787781	2.28535526242	0.000255921633922	-0.414947658614	0.122427800824	0.179887106406	-0.07340693301	-0.0999946737343	0.110445942547	0.0973769080826	0.0312279884404	0.13583623845	0.0106452109684	-0.0190888882773	0.15083990961	0.0793883058548	0.264255337791	35.9962328204	38.3095759838	10.4105343188
10	1.15098974957	-0.355576037009	0.920935910519	1.48853523489	-0.326673420129	1.93620455499	0.072400191524	0.167986863653	-0.0210972165619	-0.145983937559	-0.0662764229399	-0.095229539889	0.0377011763723	0.0785180676916	-0.000157788807178	0.146645666121	0.0156948506731	-0.0135764938647	0.189423386506	0.00244745157866	0.294350966327	37.4619590743	27.3851581745	-16.6818722686
11	3.87010913815	-4.29556271417	3.39037313704	8.01228035457	-4.57593576441	3.67744045606	0.0649375086903	0.0247453070569	0.228426500459	-0.326476317512	-0.0674265084027	0.0316626794126	0.0585784805536	-0.0866459133948	-0.0102739038539	0.1668725862	0.00397434853882	-0.0195751138864	0.2064459244	0.0095876988384	0.278558204329	29.3309881754	30.9855537662	-19.7963754939
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 5 through 28 )	A	A	5 - 28	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 70 )	A	A	29 - 70	25 - 66
3	3	chain 'A' and (resid 71 through 161 )	A	A	71 - 161	67 - 157
4	4	chain 'A' and (resid 162 through 217 )	A	A	162 - 217	158 - 213
5	5	chain 'A' and (resid 218 through 265 )	A	A	218 - 265	214 - 261
6	6	chain 'A' and (resid 266 through 314 )	A	A	266 - 314	262 - 310
7	7	chain 'A' and (resid 315 through 353 )	A	A	315 - 353	311 - 349
8	8	chain 'B' and (resid 5 through 28 )	B	H	5 - 28	1 - 24
9	9	chain 'B' and (resid 29 through 46 )	B	H	29 - 46	25 - 42
10	10	chain 'B' and (resid 47 through 114 )	B	H	47 - 114	43 - 110
11	11	chain 'B' and (resid 115 through 149 )	B	H	115 - 149	111 - 145
12	12	chain 'B' and (resid 150 through 237 )	B	H	150 - 237	146 - 233
13	13	chain 'B' and (resid 238 through 352 )	B	H	238 - 352	234 - 348
14	14	chain 'C' and (resid 5 through 28 )	C	V	5 - 28	1 - 24
15	15	chain 'C' and (resid 29 through 70 )	C	V	29 - 70	25 - 66
16	16	chain 'C' and (resid 71 through 149 )	C	V	71 - 149	67 - 145
17	17	chain 'C' and (resid 150 through 216 )	C	V	150 - 216	146 - 212
18	18	chain 'C' and (resid 217 through 265 )	C	V	217 - 265	213 - 261
19	19	chain 'C' and (resid 266 through 288 )	C	V	266 - 288	262 - 284
20	20	chain 'C' and (resid 289 through 329 )	C	V	289 - 329	285 - 325
21	21	chain 'C' and (resid 330 through 352 )	C	V	330 - 352	326 - 348
22	22	chain 'D' and (resid 4 through 28 )	D	D	4 - 28	1 - 25
23	23	chain 'D' and (resid 29 through 70 )	D	D	29 - 70	26 - 67
24	24	chain 'D' and (resid 71 through 161 )	D	D	71 - 161	68 - 158
25	25	chain 'D' and (resid 162 through 314 )	D	D	162 - 314	159 - 311
26	26	chain 'D' and (resid 315 through 352 )	D	D	315 - 352	312 - 349

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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