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- PDB-9g67: Crystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138H mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g67
タイトルCrystal structure of Rhizobium etli L-asparaginase ReAV K138H mutant in complex with L-Asn
要素L-asparaginase II protein
キーワードHYDROLASE / Rhizobium etli / amidohydrolases / L-asparaginases / site-directed mutagenesis
機能・相同性L-asparaginase II / L-asparaginase II / metal ion binding / ASPARAGINE / : / L-asparaginase II protein
機能・相同性情報
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/37/B/NZ1/03250 ポーランド
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2025
タイトル: Controlling enzyme activity by mutagenesis and metal exchange to obtain crystal structures of stable substrate complexes of Class 3 l-asparaginase.
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Structural and biophysical aspects of l-asparaginases: a growing family with amazing diversity.
著者: Loch, J.I. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of the elusive Rhizobium etli L-asparaginase reveal a peculiar active site.
著者: Loch, J.I. / Imiolczyk, B. / Sliwiak, J. / Wantuch, A. / Bejger, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Rhizobium etli has two L-asparaginases with low sequence identity but similar structure and catalytic center.
著者: Loch, J.I. / Worsztynowicz, P. / Sliwiak, J. / Grzechowiak, M. / Imiolczyk, B. / Pokrywka, K. / Chwastyk, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
#4: ジャーナル: Front Chem / 年: 2024
タイトル: Probing the active site of Class 3 L-asparaginase by mutagenesis. I. Tinkering with the zinc coordination site of ReAV.
著者: Pokrywka, K. / Grzechowiak, M. / Sliwiak, J. / Worsztynowicz, P. / Loch, J.I. / Ruszkowski, M. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2024年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase II protein
B: L-asparaginase II protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,55722
ポリマ－79,1282
非ポリマー1,42920
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.233, 91.687, 106.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-asparaginase II protein


分子量: 39563.836 Da / 分子数: 2 / 変異: K138H / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: point mutation K138H / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 遺伝子: ansA, RHE_PE00350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2K0Z2

-
非ポリマー , 5種, 463分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 22% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Bicine pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→69.42 Å / Num. obs: 55231 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 22.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 1.781 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2762 / CC1/2: 0.582 / Rrim(I) all: 1.854

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→63 Å / SU ML: 0.1641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8062
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 999 1.81 %
Rwork0.1754 54197 -
obs0.1761 55196 64.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5317 0 78 443 5838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01045558
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07977507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0625836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11452056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.790.4785180.31940X-RAY DIFFRACTION8
1.79-1.90.2526790.2623177X-RAY DIFFRACTION27.16
1.9-2.050.25261030.23355891X-RAY DIFFRACTION49.9
2.05-2.250.2491400.21258607X-RAY DIFFRACTION72.58
2.25-2.580.23912060.200711317X-RAY DIFFRACTION94.97
2.58-3.250.23032170.177711975X-RAY DIFFRACTION99.88
3.25-630.18712360.146212290X-RAY DIFFRACTION99.69
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.510779126334.891346548231.708745186014.068315151650.8305140878071.2204613485-0.1362055484230.2686789210360.0509876853964-0.3385156732470.0272165516380.0923639376063-0.0767406835879-0.008584547970040.0660313078580.09136665242420.008164818879590.0114877549850.125302808061-0.01903016111950.18475005764313.2696.24519.075
20.9271692069830.324241762411-0.4438109327361.7945581514-0.2903954110910.3718201477580.0724527852663-0.122857901277-0.120294181550.299511275902-0.09473256360650.2568798356850.130296602482-0.137610127282-0.02018029936070.156365287515-0.0799691041740.04811815958280.214735610181-0.05193634679710.238741408314-0.486-12.42135.307
33.125731632210.8659672525181.410365467741.73929584041.88722659582.700693339030.192393244054-0.178048597456-0.1071413581970.37186363386-0.0473247050213-0.2343312274510.1738517714280.115445405357-0.1185098260350.250629078687-0.0859795780651-0.001607681384530.2198529596840.03786270158930.2094924814078.442-15.99645.698
41.907852863320.1173658682720.5536850354590.731630065793-0.641423437570.858623775330.0181553714810.0991498571803-0.110477406162-0.042849748241-0.1410276223940.1137968582940.239510341142-0.2909284647450.02269666841260.128085242219-0.1039991380440.02186673370460.177083224732-0.08413748372380.2732616795071.181-17.17525.567
52.89406436629-0.0957253927259-1.32176699216.98001715999-0.5821058814050.659301459104-0.01858506206220.559714145519-0.227504588644-0.189046920112-0.04951269993790.9240420128160.259503010967-0.740932594498-0.04879774503050.190725106994-0.1338939982240.0685764218720.479379998183-0.05816842365310.387203548316-13.06-12.59731.668
61.077744546550.181663680895-0.3921064633961.09470668636-0.1571756068631.149940583060.109001351554-0.1244471605010.2415372381730.169777793086-0.08854064281770.27972058043-0.081355145423-0.253264214509-0.007148094106240.04661309771070.006977389107830.03548822034980.142181796605-0.06478454881690.2697128039661.6185.00528.276
73.818777945-1.348069274390.8648899127848.32560309395-6.329323389661.999980285610.1474333648030.6042695432882.28108119331-0.92958993254-0.444271416763-0.8074564937520.330290929258-0.0458918446380.2372412182640.398591769146-0.1505419456710.0609779994730.3796994754070.1452220903750.50353407619910.35-10.60635.286
82.415461675420.975016500286-0.8664687100182.16291771181-0.4987223293841.52623611942-0.1333227621670.172931632636-0.140433882864-0.2307225977770.00653773304898-0.1420368518260.05784953659470.02317807501760.0978539212810.08848124785890.0105670764848-0.005816363368790.1177454475730.005780669499690.17721209654829.8610.58516.857
91.294262776570.544569464944-0.3129361986321.24543827907-0.2185365444330.7308206793630.225966976424-0.3386180831220.1974057392450.466932930302-0.2145252469880.203538705444-0.109944314113-0.107113106454-0.01921542197710.242896140162-0.1270667596490.03638713262910.203259486734-0.05228800662390.22837148789334.91720.85441.706
101.462962918480.5997058425920.0003601809498511.298564181920.2121765432020.9419270499530.085757067051-0.0946866733632-0.0528939724360.102346863301-0.064860955363-0.27424712036-0.0130328728410.184157679536-0.01885386347190.0789051196711-0.027938918632-0.007716189091270.1346690974880.01975180126170.20902762700740.8489.26128.085
112.52817014480.819927306387-0.40563819511.58895446791-0.6438201996122.79777433739-0.1115763667930.092444311707-0.334516516722-0.143959655235-0.0326248676227-0.2549441018510.07295045040390.02563477078150.1314221934230.1588049567220.01136689671460.01205210255470.0880416378999-0.0100216275990.24613013655632.294-7.41223.643
127.65541164439-5.198398471370.1966540674484.89251105243.022954356077.31724691861-0.08500196752090.720630804287-2.31716620623-0.5465818366250.3823649095540.2603489238790.3579813007270.315192067772-0.338783578290.287009071549-0.0924781827362-0.05934584868340.526193896821-0.1829429067270.72836152591628.38514.55835.015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:28 )A2 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 29:97 )A29 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 98:161 )A98 - 161
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 162:216 )A162 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 217:237 )A217 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 238:352 )A238 - 352
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 505:505 )A505
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID -3:46 )B-3 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 47:175 )B47 - 175
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 176:314 )B176 - 314
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 315:367 )B315 - 367
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 408:408 )B408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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