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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8yfw | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state | |||||||||||||||
要素 | Solute carrier family 53 member 1 | |||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / phosphate channel / membrane protein / phosphate homeostasis | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / Golgi apparatus ...phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lu, Y. / Yue, C. / Zhang, L. / Yao, D. / Yu, Y. / Cao, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Structural basis for inositol pyrophosphate gating of the phosphate channel XPR1. 著者: Yi Lu / Chen-Xi Yue / Li Zhang / Deqiang Yao / Ying Xia / Qing Zhang / Xinchen Zhang / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / Chang-Run Guo / An Qin / Jie Zhao / Lu Zhou / Ye Yu / Yu Cao / 要旨: Precise regulation of intracellular phosphate (Pi) is critical for cellular function, with XPR1 serving as the sole Pi exporter in humans. The mechanism of Pi efflux, activated by inositol ...Precise regulation of intracellular phosphate (Pi) is critical for cellular function, with XPR1 serving as the sole Pi exporter in humans. The mechanism of Pi efflux, activated by inositol pyrophosphates (PP-IPs), has remained unclear. This study presents cryo-electron microscopy structures of XPR1 in multiple conformations, revealing a transmembrane pathway for Pi export and a dual-binding activation pattern by PP-IPs. A canonical binding site is located at the dimeric interface of SPX domains, and a second site, biased toward PP-IPs, is found between the transmembrane and SPX domains. By integrating structural studies with electrophysiological analyses, we characterize XPR1 as an IPs/PP-IPs-activated phosphate channel. The interplay among its TMDs, SPX domains, and IPs/PP-IPs orchestrates the conformational transition between its closed and open states. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8yfw.cif.gz | 202.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8yfw.ent.gz | 155.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8yfw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8yfw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8yfw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8yfw_validation.xml.gz | 44.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8yfw_validation.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/8yfw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 39231MC 8yetC 8yexC 8yf4C 8yfdC 8yfuC 8yfxC 9iwsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70388.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPR1, SLC53A1, SYG1, X3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBH6 Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162694 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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