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万見
- EMDB-39231: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39231
タイトルCryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1
キーワードphosphate channel / membrane protein / phosphate homeostasis / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / inositol hexakisphosphate binding / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EXS, C-terminal / EXS family / EXS domain profile. / SPX domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 53 member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Lu Y / Yue C / Zhang L / Yao D / Yu Y / Cao Y
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82072468 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82272519 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371289 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82072468 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Structural basis for inositol pyrophosphate gating of the phosphate channel XPR1.
著者: Yi Lu / Chen-Xi Yue / Li Zhang / Deqiang Yao / Ying Xia / Qing Zhang / Xinchen Zhang / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / Chang-Run Guo / An Qin / Jie Zhao / Lu Zhou / Ye Yu / Yu Cao /
要旨: Precise regulation of intracellular phosphate (Pi) is critical for cellular function, with xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1 (XPR1) serving as the sole Pi exporter in humans. The ...Precise regulation of intracellular phosphate (Pi) is critical for cellular function, with xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1 (XPR1) serving as the sole Pi exporter in humans. The mechanism of Pi efflux, activated by inositol pyrophosphates (PP-IPs), has remained unclear. This study presents cryo-electron microscopy structures of XPR1 in multiple conformations, revealing a transmembrane pathway for Pi export and a dual-binding activation pattern for PP-IPs. A canonical binding site is located at the dimeric interface of Syg1/Pho81/XPR1 (SPX) domains, and a second site, biased toward PP-IPs, is found between the transmembrane and SPX domains. By integrating structural studies with electrophysiological analyses, we characterized XPR1 as an inositol phosphates (IPs)/PP-IPs-activated phosphate channel. The interplay among its transmembrane domains, SPX domains, and IPs/PP-IPs orchestrates the conformational transition between its closed and open states.
履歴
登録2024年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39231.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.5117409 - 2.5530996
平均 (標準偏差)-0.001279609 (±0.056148995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39231_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39231_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate...

全体名称: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state
要素
  • 複合体: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 53 member 1

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超分子 #1: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate...

超分子名称: Cryo EM structure of human phosphate channel XPR1 at intermediate state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 53 member 1

分子名称: Solute carrier family 53 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.388328 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QYEAFKDMLY SAQDQAPSVE VTDEDTVKRY FAKFEEKFFQ TCEKELAKIN TFYSEKLAEA QRRFATLQNE LQSSLDAQKE STGVTTLRQ RRKPVFHLSH EERVQHRNIK DLKLAFSEFY LSLILLQNYQ NLNFTGFRKI LKKHDKILET SRGADWRVAH V EVAPFYTC ...文字列:
QYEAFKDMLY SAQDQAPSVE VTDEDTVKRY FAKFEEKFFQ TCEKELAKIN TFYSEKLAEA QRRFATLQNE LQSSLDAQKE STGVTTLRQ RRKPVFHLSH EERVQHRNIK DLKLAFSEFY LSLILLQNYQ NLNFTGFRKI LKKHDKILET SRGADWRVAH V EVAPFYTC KKINQLISET EAVVTNELED GDRQKAMKRL RVPPLGAAQP APAWTTFRVG LFCGIFIVLN ITLVLAAVFK LE TDRSIWP LIRIYRGGFL LIEFLFLLGI NTYGWRQAGV NHVLIFELNP RSNLSHQHLF EIAGFLGILW CLSLLACFFA PIS VIPTYV YPLALYGFMV FFLINPTKTF YYKSRFWLLK LLFRVFTAPF HKVGFADFWL ADQLNSLSVI LMDLEYMICF YSLE LKWDE SKGLLPNNSE ESGICHKYTY GVRAIVQCIP AWLRFIQCLR RYRDTKRAFP HLVNAGKYST TFFMVTFAAL YSTHK ERGH SDTMVFFYLW IVFYIISSCY TLIWDLKMDW GLFDKNAGEN TFLREEIVYP QKAYYYCAII EDVILRFAWT IQISIT STT LLPHSGDIIA TVFAPLEVFR RFVWNFFRLE NEHLNNC

UniProtKB: Solute carrier family 53 member 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162694
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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