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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xt0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human 55S mitoribosome with 5um Tigecycline | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Tigecycline / antibiotic | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation ...mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / cytosolic small ribosomal subunit / endonuclease activity / cell population proliferation / cell cycle / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / tRNA binding / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / synapse / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Li, X. / Wang, M. / Cheng, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline. 著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng / ![]() ![]() 要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in addition to blocking the A-site, both human and yeast 80S ribosomes bind tigecycline at another conserved binding site restricting the movement of the L1 stalk. In conclusion, the observed distinct binding properties of tigecycline may guide new pathways for drug design and therapy. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 343.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 588.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38632MC ![]() 8k2aC ![]() 8k2bC ![]() 8k2cC ![]() 8k2dC ![]() 8k82C ![]() 8xsxC ![]() 8xsyC ![]() 8xszC ![]() 8xt1C ![]() 8xt2C ![]() 8xt3C ![]() 8yooC ![]() 8yopC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 L1L2S1
#1: RNA鎖 | 分子量: 500019.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 22022.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#83: RNA鎖 | 分子量: 306135.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+Large ribosomal subunit protein ... , 47種, 47分子 LBLCLDLILJLKLMLNLOLPLQLSLTLULWLXLaLbLuLdLfLgLhLiLjLkLlLmLnLo...
-タンパク質 , 1種, 1分子 LR
#14: タンパク質 | 分子量: 20465.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LVLz
#18: タンパク質 | 分子量: 24369.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#44: タンパク質 | 分子量: 13696.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+Small ribosomal subunit protein ... , 30種, 30分子 SBSZSESFSGSISJSKSLSNSOSPSQSSSTSWSXSYSaSbScSdSeSgSiSjSkSmSnSo
-非ポリマー , 4種, 156分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/T1C.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/T1C.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
#84: 化合物 | ChemComp-MG / #85: 化合物 | #86: 化合物 | ChemComp-ZN / #87: 化合物 | ChemComp-GDP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 55S ribosome with tigecycline / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112982 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7A5I Accession code: 7A5I / Source name: PDB / タイプ: experimental model |