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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xia | ||||||
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タイトル | X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR | ||||||
![]() | XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Carrell, H.L. / Glusker, J.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray analysis of D-xylose isomerase at 1.9 A: native enzyme in complex with substrate and with a mechanism-designed inactivator. 著者: Carrell, H.L. / Glusker, J.P. / Burger, V. / Manfre, F. / Tritsch, D. / Biellmann, J.F. #1: ![]() タイトル: Comparison of Backbone Structures of Glucose Isomerase from Streptomyces and Arthrobacter 著者: Henrick, K. / Blow, D.M. / Carrell, H.L. / Glusker, J.P. #2: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure of D-Xylose Isomerase at 4-Angstroms Resolution 著者: Carrell, H.L. / Rubin, B.H. / Hurley, T.J. / Glusker, J.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL ...SHEET THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL LOOP WHICH FACILITATES AGGREGATION OF MONOMERS TO TETRAMERS. TETRAMERS ARE POSITIONED ON THE 222 SYMMETRY SITE AT THE ORIGIN OF THE CELL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 187 IS A CIS PROLINE. | |||||||||
Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43254.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P24300, xylose isomerase | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-XLS / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE SUBSTRATE D-XYLOSE IS IN AN EXTENDED CONFORMATION AND APPEARS TO BE A MIXTURE OF D-XYLULOSE AND ...THE SUBSTRATE D-XYLOSE IS IN AN EXTENDED CONFORMATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 38364 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.141 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(I): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 30656 / σ(I): 1.5 / Rfactor obs: 0.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |