PDB-8vzi: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase CcHACS from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzi

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase CcHACS from Conidiobolus coronatus in the Complex with THDP and ADP

要素

2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / eBERlight

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxyacyl-CoA lyase / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / peroxisome / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Conidiobolus coronatus NRRL 28638 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kim, Y. / Gade, P. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzi.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzi.ent.gz	710.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vzi_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzi_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8vzi_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	8vzi_validation.cif.gz	72.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vzhC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (11)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1

C: 2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1

D: 2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.742, 179.286, 96.826
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1 分子量: 61565.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Conidiobolus coronatus NRRL 28638 (菌類) 遺伝子: CONCODRAFT_4597 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A137PC97

-
非ポリマー , 10種, 1444分子

#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ALA / ALANINE / アラニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#10: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M amino acid (20 mM DL-glutamic acid, 20 mM DL-alanine, 20 mM glycine, 20 mM DL-lysine), 0.1 M Imidazole; MES pH 6.5, 20 % (v/v) Ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 167273 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.44 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 6685 / CC_1/2: 0.791 / R_pim(I) all: 0.343 / R_rim(I) all: 0.89 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→44.82 Å / SU ML: 0.1918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.9332
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	8345	4.99 %
R_work	0.1557	158800	-
obs	0.1578	167145	93.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16507	0	317	1405	18229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	17495
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8604	23756
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527	2680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	3069
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9221	6527

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.3193	235	0.281	4081	X-RAY DIFFRACTION	73.63
1.87-1.89	0.3035	235	0.2655	4445	X-RAY DIFFRACTION	78.84
1.89-1.92	0.2885	255	0.2463	4633	X-RAY DIFFRACTION	82.71
1.92-1.94	0.2856	246	0.2336	4849	X-RAY DIFFRACTION	86.05
1.94-1.97	0.2834	281	0.2229	4991	X-RAY DIFFRACTION	88.26
1.97-1.99	0.2692	256	0.2163	5090	X-RAY DIFFRACTION	91.51
1.99-2.02	0.2569	280	0.2073	5206	X-RAY DIFFRACTION	91.63
2.02-2.05	0.2628	259	0.2065	5217	X-RAY DIFFRACTION	93.34
2.05-2.08	0.2504	288	0.2003	5293	X-RAY DIFFRACTION	93.99
2.08-2.12	0.2275	309	0.1819	5275	X-RAY DIFFRACTION	94.85
2.12-2.15	0.2297	278	0.1819	5257	X-RAY DIFFRACTION	92.79
2.15-2.19	0.2256	271	0.1664	5344	X-RAY DIFFRACTION	95.09
2.19-2.24	0.2245	296	0.1653	5448	X-RAY DIFFRACTION	96.25
2.24-2.28	0.2269	283	0.1576	5411	X-RAY DIFFRACTION	96.94
2.28-2.33	0.2222	252	0.1536	5505	X-RAY DIFFRACTION	96.9
2.33-2.38	0.2095	279	0.1527	5499	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.38-2.44	0.2191	281	0.154	5481	X-RAY DIFFRACTION	97.56
2.44-2.51	0.1946	294	0.148	5514	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.51-2.58	0.2102	269	0.1475	5497	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.58-2.67	0.1887	293	0.1467	5325	X-RAY DIFFRACTION	95.35
2.67-2.76	0.1823	301	0.1485	5565	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.76-2.87	0.1996	307	0.1449	5504	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.87-3	0.1853	280	0.1499	5557	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3-3.16	0.2088	284	0.1582	5544	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.16-3.36	0.1811	292	0.1538	5536	X-RAY DIFFRACTION	97.9
3.36-3.62	0.1744	295	0.1435	5449	X-RAY DIFFRACTION	96.28
3.62-3.98	0.1565	274	0.1341	5604	X-RAY DIFFRACTION	99.02
3.98-4.56	0.1412	290	0.1168	5597	X-RAY DIFFRACTION	98.78
4.56-5.74	0.1582	308	0.1308	5483	X-RAY DIFFRACTION	96.92
5.74-44.82	0.1763	274	0.1501	5600	X-RAY DIFFRACTION	97.49

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.59632511053	0.530010446563	-0.42076979546	0.653809343664	-0.507762695354	0.58260974029	0.00504138492073	0.0633525898542	0.083527054931	0.0250174763404	0.00754934877859	0.0507206049242	-0.0622695068394	-0.14632866253	-0.00131854194581	0.369540609434	0.0192076258617	0.0705410127098	0.165714391905	-0.00803947653444	0.21506223991	-4.74727060521	-5.06427151719	21.5860881246
2	0.684500552134	0.22083152697	0.474821808168	0.563613772708	0.152496606395	0.65172652353	0.00797886931862	-0.106694230461	0.0066623458949	0.138581893882	-0.0269131712495	-0.010544525844	-0.0530284894466	-0.0504720077658	0.0211726295251	0.441701028109	-0.00236435613283	0.0716501618269	0.160327419669	-0.00302419952423	0.166483466488	9.31109612975	-9.05529702924	33.8522013164
3	7.97169535112	0.221581646419	0.316470188508	1.7452271029	1.66128568725	1.87182290532	0.064813981593	0.0984952972168	-0.0216989690173	0.131061404954	-0.0445286522515	-0.166220109312	-0.0798602936857	0.109437577701	-0.0196707050142	0.507892178964	-0.0139817565667	0.02477833293	0.169039193597	0.0503100203034	0.14598497577	24.7682985547	-12.8353804034	43.9324370298
4	1.87236684333	0.601486448616	-1.14975271539	0.827231374513	-0.686984916831	3.27566604922	0.146023430836	-0.399348752419	-0.0653912767435	0.644130309427	-0.18892676056	-0.240193670926	-0.454210242112	0.316247495993	-0.0318248190181	0.663042797477	-0.00941715812865	-0.0486055366431	0.169225450967	-0.0415891241508	0.282170073574	28.3429594232	6.29873841414	46.3948215203
5	1.19824936939	0.862621769237	-0.399359399833	1.13867212748	-0.450945711134	0.484531764679	0.0491957713781	-0.087989371849	0.15716479645	0.131250994425	-0.0463421592977	-0.0733268828973	-0.163472975981	0.0344159066961	-0.00937543848364	0.415331904464	-0.023012668038	0.0518234879846	0.155867385321	-0.0101833141346	0.200136595533	18.6800945809	10.3816611771	24.7866890459
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27	4.59451715866	0.918739809785	0.0573822795998	1.38465712417	-0.137323495531	1.59035813246	0.0846965757606	0.0588677314026	-0.0273272916048	0.125189896406	-0.0405371424601	0.128833897971	-0.0266741226567	-0.115941514161	-0.0301981358803	0.470542796535	0.0340587224318	0.0832531787337	0.156092174126	-0.00577481132731	0.166327662632	-5.5399609178	-19.7073397431	46.0854781222
28	0.771823766244	-0.483468217245	-0.703614968052	0.431450888078	0.816415224841	2.07968477559	0.217563224667	-0.208842415231	0.0815627309631	0.454993401108	-0.189673884089	0.210941086993	-0.0386016826317	-0.134043240869	0.0730646227306	0.594788100137	0.0517102220791	0.134224711731	0.240930759425	0.0187152324342	0.131562224509	-9.89999116545	-30.8531940654	61.81841228
29	3.62226800343	1.18331870404	0.775185143652	1.37883637347	0.11295824269	1.58680193177	-0.0563681174256	-0.188842016595	-0.0594046274298	0.219018003883	0.0502034105919	0.130174825121	0.0457524580154	-0.141318447391	0.0124168028603	0.497423677246	0.00987124900791	0.12689648442	0.179742484259	0.00741500063695	0.208347188125	-4.24454945695	-52.8416449164	52.1132699056
30	0.759023516262	-0.0317395262737	-0.0862420701116	0.382266721151	-0.163818635613	0.144802486087	0.0223861625779	-0.0971181038447	-0.00590321791887	0.149538787967	-0.00595264361445	0.0117782036138	0.0755849780446	0.0478456927344	-0.00678791848825	0.525618941243	-0.00203758782219	0.0838735298446	0.190877041631	0.00138695327178	0.178264060753	8.66508008282	-48.0794077401	46.1588330233
31	0.733197509833	-0.255949870325	0.0572508712362	0.477481210529	-0.228077349034	1.0990550139	-0.0487337188797	-0.113422005682	-0.129873062149	0.146873893709	0.0419964592493	0.101614309318	0.142945358144	-0.096117257645	-0.0200676972708	0.473155716668	-0.0230164397197	0.0937560034871	0.16197833567	0.0102449096678	0.203537412104	0.558906345162	-61.9990266956	42.4691251002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 77 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 78 through 280 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 281 through 312 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 313 through 355 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 356 through 436 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 437 through 515 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 516 through 543 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 6 through 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 280 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 281 through 312 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 313 through 355 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 356 through 458 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 459 through 543 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 5 through 31 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 32 through 167 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 168 through 280 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 281 through 312 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 313 through 355 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 356 through 410 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 411 through 469 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 470 through 543 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 5 through 32 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 33 through 118 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 119 through 168 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 169 through 252 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 253 through 280 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 281 through 312 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 313 through 355 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 356 through 400 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 401 through 458 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 459 through 544 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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