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- PDB-8vzb: Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vzb | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, D-Lactyl-CoA, and ADP | ||||||
![]() | Oxalyl-CoA decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight | ||||||
Function / homology | ![]() oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 707.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8vzaC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59951.207 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: DCO82_10540 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 11 types, 1518 molecules 


















#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-8FL / #4: Chemical | ChemComp-UQ3 / Mass: 839.597 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H40N7O18P3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-ADP / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-ACY / | #8: Chemical | ChemComp-PO4 / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-PEG / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0328 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→131.81 Å / Num. obs: 165964 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 25.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.03 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.039 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 9734 / CC1/2: 0.435 / Rpim(I) all: 1.185 / Rrim(I) all: 2.374 / % possible all: 83.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→47.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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