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Yorodumi- PDB-8vzb: Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vzb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, D-Lactyl-CoA, and ADP | ||||||
Components | Oxalyl-CoA decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationoxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Alphaproteobacteria bacterium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vzb.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vzb.ent.gz | 707.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vzb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vzb_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vzb_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
| Data in XML | 8vzb_validation.xml.gz | 104.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vzb_validation.cif.gz | 144.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vzaC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 59951.207 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alphaproteobacteria bacterium (bacteria)Gene: DCO82_10540 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 11 types, 1518 molecules 


















| #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-8FL / #4: Chemical | ChemComp-UQ3 / Mass: 839.597 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H40N7O18P3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-ADP / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-ACY / | #8: Chemical | ChemComp-PO4 / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-PEG / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 20 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.0328 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 14, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0328 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.98→131.81 Å / Num. obs: 165964 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 12 % / Biso Wilson estimate: 25.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rpim(I) all: 0.118 / Rrim(I) all: 0.3 / Net I/σ(I): 7.8 |
| Reflection shell | Resolution: 1.98→2.03 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 2.039 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 9734 / CC1/2: 0.435 / Rpim(I) all: 1.185 / Rrim(I) all: 2.374 / % possible all: 83.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98→47.27 Å / SU ML: 0.2509 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.4233 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→47.27 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Alphaproteobacteria bacterium (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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