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- PDB-8vze: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vze | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from Thermoflexaceae bacterium in the Complex with THDP, 2-Hydroxyisobutyryl-CoA and ADP | ||||||
![]() | Oxalyl-CoA decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Oxalyly-CoA decarboxylase / acyloin condensation / SBC / eBERlight | ||||||
Function / homology | : / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / COENZYME A![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Maltseva, M. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 497.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 78.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8vzaC ![]() 8vzbC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 59059.953 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 950 molecules 








#2: Chemical | Mass: 455.340 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C13H21N4O8P2S |
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#3: Chemical | |
#4: Chemical | |
#5: Chemical | |
#6: Chemical | ChemComp-EDO / |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES pH 6.5, 20 % (w/v) PEG 10000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 15, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→50 Å / Num. obs: 123996 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 14.91 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.201 / Net I/σ(I): 14.06 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.73 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 5095 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 0.465 / Rrim(I) all: 0.977 / % possible all: 81.4 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→48.04 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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