PDB-8vzh: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzh

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from Thermoflexaceae bacterium in the Complex with THDP and ADP

要素

Oxalyl-CoA decarboxylase

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Oxalyly-CoA decarboxylase / acyloin condensation / SBC / eBERlight

機能・相同性

ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Thermoflexaceae bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, M. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzh.cif.gz	988.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzh.ent.gz	678.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxalyl-CoA decarboxylase

B: Oxalyl-CoA decarboxylase

C: Oxalyl-CoA decarboxylase

D: Oxalyl-CoA decarboxylase

ヘテロ分子

241 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.591, 134.013, 173.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Oxalyl-CoA decarboxylase 分子量: 59059.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoflexaceae bacterium (バクテリア) プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold

-
非ポリマー , 8種, 854分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5 20 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 133571 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.57 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.196 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6589 / CC_1/2: 0.659 / R_pim(I) all: 0.593 / R_rim(I) all: 1.338 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→43.39 Å / SU ML: 0.222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.2194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1949	6701	5.04 %
R_work	0.1596	126194	-
obs	0.1614	132895	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16212	0	297	820	17329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	16979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6903	23151
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	2505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	3049
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4917	6194

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.27	0.2566	207	0.227	3715	X-RAY DIFFRACTION	88.47
2.27-2.3	0.2606	223	0.2113	4086	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.3-2.33	0.2492	192	0.2151	4070	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.33-2.36	0.2732	218	0.2179	4115	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.36-2.39	0.2882	192	0.2089	4182	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.39-2.42	0.2327	230	0.1972	4178	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.42-2.46	0.2354	222	0.1968	4211	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.46-2.49	0.259	223	0.1975	4190	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.49-2.53	0.2535	240	0.188	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.57	0.2287	221	0.1858	4204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.62	0.2306	209	0.1939	4195	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.62-2.66	0.2588	245	0.1981	4190	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.66-2.72	0.2498	206	0.1935	4220	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.72-2.77	0.238	209	0.1784	4233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.83	0.2175	236	0.176	4186	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.83-2.9	0.2117	248	0.1817	4212	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.9-2.97	0.2174	205	0.1765	4239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3.05	0.2235	233	0.1818	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.05-3.14	0.2216	211	0.183	4209	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.14-3.24	0.2171	223	0.179	4232	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.24-3.36	0.2087	222	0.1785	4251	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.36-3.49	0.2087	237	0.1583	4206	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.49-3.65	0.1844	222	0.1448	4245	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.65-3.84	0.1579	232	0.1409	4276	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.84-4.08	0.1642	194	0.1273	4274	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.08-4.4	0.14	240	0.1137	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.84	0.1334	229	0.1112	4269	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.84-5.54	0.1356	229	0.1209	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.69
5.54-6.97	0.1771	236	0.1399	4355	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.98-43.39	0.1478	267	0.1298	4471	X-RAY DIFFRACTION	99.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.723637050472	0.16139202235	-0.275416077626	0.229851107717	0.0369919385575	1.19770536574	0.0293282901901	-0.0262672059797	0.0824454607527	0.0242444498366	0.00614362559977	0.0129443914284	-0.0777467004696	-0.0120410764211	-0.0290853374453	0.204894663135	-0.00362459652443	-0.00691522457737	0.139438640555	0.0162312501552	0.206406698368	-13.9768301706	15.9948309839	-12.0797494222
2	0.254193187074	0.137438160409	-0.161402298506	1.20811666667	1.22100216807	2.19889810392	0.0113108692776	0.0134399708065	0.0925714117935	-0.17505960336	0.076577123665	-0.0602711965337	-0.267330183518	0.0972891348913	-0.0909243408394	0.22173532849	-0.00550744867015	0.0142377089258	0.182059655135	0.0142877916572	0.24128295569	-8.55003019163	12.2985344905	-35.8436498996
3	0.358446858525	-0.0233132300518	-0.0517267542248	0.332705315915	0.212006573071	0.982847479146	0.00410360700155	0.0657651258127	-0.0190975383882	-0.0386182446031	0.0192849917684	-0.000596141256782	0.111188892093	-0.122981931192	-0.0160771860181	0.243994449797	-0.0244193893299	-0.0112113993118	0.17558167183	-0.000772132812712	0.210955530693	-22.0067458323	-2.63880383959	-36.1374634154
4	1.63177366789	-0.254774400343	0.389842227176	1.12116994585	0.0583333883016	1.28455566344	0.0237423424145	-0.00289934008066	-0.226927462884	-0.0802605014257	0.0318966887198	0.027638243968	0.270554024092	-0.419570292815	-0.0535551615982	0.252756306411	-0.120615008955	-0.000252614189886	0.301368754269	0.019041248093	0.216903312317	-40.7221983617	-8.34180834575	-17.4449680742
5	1.93550142872	-0.597584704787	0.179431294887	1.4638557884	0.398286787938	2.20731900687	-0.0474517950422	-0.228949836857	-0.423171723853	0.311316365814	0.0354415834363	0.0221089091495	0.402069740436	0.0476467564321	0.0169536967854	0.391330226041	-0.0351696680157	0.0227901044849	0.173388618827	0.0755639384281	0.314451532689	-14.1625021333	-22.3757060794	-4.53306977242
6	0.81967404487	-0.0698723303385	0.0141612767151	0.407713555406	-0.0148134356919	1.83753787339	0.0528097074276	-0.12292916418	-0.157470635005	-0.00126961683158	-0.0742115046143	-0.0649771726466	0.299440443472	-0.0912585922123	0.0380596190789	0.317035742881	-0.0456129742246	-0.00424871965199	0.188602946369	0.0351546344813	0.25080260588	-19.7256550272	-13.3573661881	-1.96017646393
7	0.450741174018	0.0904112586957	-0.0245302165014	0.126399264835	0.113708858599	1.17772580673	0.031849145692	-0.0629135620221	-0.134806425195	-0.0203681712217	-0.0252410755465	-0.123773883649	0.14926461778	0.154302692832	0.00217357202109	0.285219689196	0.0010834302825	-0.0103152998667	0.175031142381	0.0383134975023	0.249401524626	-7.08690610287	-10.2644312535	-5.81980461329
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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4	4	chain 'A' and (resid 468 through 539 )	A	A	468 - 539	468 - 539
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 30 )	B	H	1 - 30	1 - 30
6	6	chain 'B' and (resid 31 through 75 )	B	H	31 - 75	31 - 75
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8	8	chain 'B' and (resid 167 through 219 )	B	H	167 - 219	167 - 219
9	9	chain 'B' and (resid 220 through 337 )	B	H	220 - 337	220 - 337
10	10	chain 'B' and (resid 338 through 456 )	B	H	338 - 456	338 - 456
11	11	chain 'B' and (resid 457 through 539 )	B	H	457 - 539	457 - 539
12	12	chain 'C' and (resid 1 through 166 )	C	N	1 - 166	1 - 166
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16	16	chain 'C' and (resid 360 through 539 )	C	N	360 - 539	360 - 539
17	17	chain 'D' and (resid 1 through 75 )	D	T	1 - 75	1 - 75
18	18	chain 'D' and (resid 76 through 166 )	D	T	76 - 166	76 - 166
19	19	chain 'D' and (resid 167 through 219 )	D	T	167 - 219	167 - 219
20	20	chain 'D' and (resid 220 through 280 )	D	T	220 - 280	220 - 280
21	21	chain 'D' and (resid 281 through 337 )	D	T	281 - 337	281 - 337
22	22	chain 'D' and (resid 338 through 467 )	D	T	338 - 467	338 - 467
23	23	chain 'D' and (resid 468 through 539 )	D	T	468 - 539	468 - 539

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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