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Yorodumi- PDB-8vzh: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vzh | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from Thermoflexaceae bacterium in the Complex with THDP and ADP | ||||||
Components | Oxalyl-CoA decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Oxalyly-CoA decarboxylase / acyloin condensation / SBC / eBERlight | ||||||
Function / homology | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermoflexaceae bacterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, M. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024 Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vzh.cif.gz | 988.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vzh.ent.gz | 678.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8vzh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8vzh_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8vzh_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 8vzh_validation.xml.gz | 91.2 KB | Display | |
Data in CIF | 8vzh_validation.cif.gz | 121.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59059.953 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoflexaceae bacterium (bacteria) / Plasmid: p53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold |
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-Non-polymers , 8 types, 854 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-TPP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PO4 / #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-CL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5 20 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 133571 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 27.57 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.196 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6589 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.338 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→43.39 Å / SU ML: 0.222 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.2194 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→43.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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