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Yorodumi- PDB-8vzh: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vzh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/synthase TbHACS from Thermoflexaceae bacterium in the Complex with THDP and ADP | ||||||
Components | Oxalyl-CoA decarboxylase | ||||||
Keywords | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Oxalyly-CoA decarboxylase / acyloin condensation / SBC / eBERlight | ||||||
| Function / homology | ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE Function and homology information | ||||||
| Biological species | Thermoflexaceae bacterium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Maltseva, M. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vzh.cif.gz | 988.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vzh.ent.gz | 678.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vzh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vzh_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vzh_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
| Data in XML | 8vzh_validation.xml.gz | 91.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vzh_validation.cif.gz | 121.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vzaC ![]() 8vzbC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 59059.953 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoflexaceae bacterium (bacteria) / Plasmid: p53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 8 types, 854 molecules 














| #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | ChemComp-TPP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PO4 / #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-CL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.52 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis Tris propane pH 6.5 20 % (w/v) PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 133571 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 27.57 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 10.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.196 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6589 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.593 / Rrim(I) all: 1.338 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25→43.39 Å / SU ML: 0.222 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.2194 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 32.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→43.39 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Thermoflexaceae bacterium (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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