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- PDB-8vza: Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vza | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, L-Lactyl-CoA, and ADP | ||||||
![]() | 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase | ||||||
![]() | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight | ||||||
Function / homology | ![]() oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1012.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 692.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8vzbC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59951.207 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: DCO82_10540 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 811 molecules 










#2: Chemical | ChemComp-8FL / #3: Chemical | ChemComp-UQ3 / Mass: 839.597 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H40N7O18P3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-ADP / #5: Chemical | ChemComp-ACE / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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Nonpolymer details | The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl- ...The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ligand is in an intermediate or transition state. |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1 M TrisHCl pH 7.0, 20 % (w/v) PEG2000MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 144733 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.36 Å2 / CC1/2: 0.928 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 7.92 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 5583 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.471 / Rrim(I) all: 0.823 / % possible all: 73.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→49.52 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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