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Yorodumi- PDB-8vza: Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vza | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of 2-Hydroxacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, L-Lactyl-CoA, and ADP | ||||||
Components | 2-Hydroxyacyl-CoA lyase/Synthase | ||||||
Keywords | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationoxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Alphaproteobacteria bacterium (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vza.cif.gz | 1012.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vza.ent.gz | 692.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vza.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vza_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vza_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8vza_validation.xml.gz | 90.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vza_validation.cif.gz | 121.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vza | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vzbC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vziC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 59951.207 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alphaproteobacteria bacterium (bacteria)Gene: DCO82_10540 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 811 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-8FL / #3: Chemical | ChemComp-UQ3 / Mass: 839.597 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Formula: C24H40N7O18P3S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | ChemComp-ADP / #5: Chemical | ChemComp-ACE / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Nonpolymer details | The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl- ...The authors state that the 2-[(2R)-3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-2-oxidanyl-2H-1,3-thiazol-5-yl]ethyl phosphono hydrogen phosphate ligand is in an intermediate or transition state. |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1 M TrisHCl pH 7.0, 20 % (w/v) PEG2000MME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2023 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 144733 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.36 Å2 / CC1/2: 0.928 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.223 / Net I/σ(I): 7.92 |
| Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 5583 / CC1/2: 0.49 / Rpim(I) all: 0.471 / Rrim(I) all: 0.823 / % possible all: 73.2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05→49.52 Å / SU ML: 0.2797 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.1724 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 25.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→49.52 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Alphaproteobacteria bacterium (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation








PDBj



