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- PDB-8vzj: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase DhcHACS fro... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzj

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase DhcHACS from Dehalococcoidia bacterium in the Complex with THDP and ADP

要素

Oxalyl-CoA decarboxylase

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / Cacyloin condensation / SBC / eBERlight

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / catalytic activity / peroxisome / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Dehalococcoidia bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Gade, P. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzj.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzj.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8vzj_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vzj_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	8vzj_validation.xml.gz	160.1 KB	表示
CIF形式データ	8vzj_validation.cif.gz	200.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vzhC 8vziC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (11) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Oxalyl-CoA decarboxylase

B: Oxalyl-CoA decarboxylase

C: Oxalyl-CoA decarboxylase

D: Oxalyl-CoA decarboxylase

E: Oxalyl-CoA decarboxylase

F: Oxalyl-CoA decarboxylase

G: Oxalyl-CoA decarboxylase

H: Oxalyl-CoA decarboxylase

ヘテロ分子

488 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Oxalyl-CoA decarboxylase

B: Oxalyl-CoA decarboxylase

E: Oxalyl-CoA decarboxylase

F: Oxalyl-CoA decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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C: Oxalyl-CoA decarboxylase

D: Oxalyl-CoA decarboxylase

G: Oxalyl-CoA decarboxylase

H: Oxalyl-CoA decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
244 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	324.220, 77.840, 229.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 134.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Oxalyl-CoA decarboxylase 分子量: 60062.469 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dehalococcoidia bacterium (バクテリア) 遺伝子: C3F10_14495 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A315XEK8

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非ポリマー , 6種, 35分子

#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 0.2 M D/L-Malic acid pH 5.3, 20 % (w/v) PEG

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40.53 Å / Num. obs: 112373 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 66.04 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.175 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.686 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5449 / CC_1/2: 0.423 / R_rim(I) all: 1.821 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→40.53 Å / SU ML: 0.384 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.1052
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2352	5492	4.89 %
R_work	0.1969	106761	-
obs	0.1988	112253	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32814	0	460	5	33279

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	34087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.517	46381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0429	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	6107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9928	12591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.73	0.3675	171	0.3509	3339	X-RAY DIFFRACTION	94.84
2.73-2.76	0.3556	162	0.3277	3541	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.76-2.8	0.3564	153	0.3195	3586	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.8-2.83	0.3611	176	0.31	3535	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.83-2.87	0.313	190	0.2974	3541	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.87-2.91	0.3526	158	0.2953	3581	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.91-2.95	0.356	152	0.3238	3565	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.95-2.99	0.3376	157	0.3108	3612	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.99-3.04	0.3596	170	0.2938	3493	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.04-3.09	0.2975	187	0.2753	3584	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.09-3.14	0.311	220	0.2648	3499	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.14-3.2	0.3136	201	0.2577	3505	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.2-3.26	0.2699	178	0.2451	3559	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.26-3.33	0.2771	179	0.2432	3550	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.33-3.4	0.3199	197	0.2457	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.4-3.48	0.2878	169	0.2324	3547	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.48-3.57	0.2545	237	0.218	3527	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.57-3.66	0.2647	170	0.2046	3563	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.66-3.77	0.2262	189	0.1952	3562	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.77-3.89	0.2725	197	0.1871	3560	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.89-4.03	0.1932	184	0.1863	3528	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.03-4.19	0.2357	193	0.1739	3558	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.19-4.38	0.1797	171	0.1613	3593	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.38-4.62	0.1999	178	0.156	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.62-4.9	0.1983	202	0.1472	3575	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.9-5.28	0.1819	184	0.1647	3578	X-RAY DIFFRACTION	99.55
5.28-5.81	0.2243	210	0.1713	3556	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.81-6.65	0.1931	181	0.1682	3631	X-RAY DIFFRACTION	99.87
6.65-8.36	0.1951	217	0.1548	3591	X-RAY DIFFRACTION	99.19
8.37-40.53	0.1527	159	0.1366	3754	X-RAY DIFFRACTION	99.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14982202096	-0.199909826355	-0.452742562138	2.01577651254	-0.243555448389	0.866383062039	0.0324089669608	-0.172687308711	-0.257175217965	0.320720655609	-0.107852056527	-0.371079749488	-0.0691409413545	0.211462979737	0.0696362134231	0.448111639658	-0.075781485008	-0.00848833724639	0.401980850497	0.0655548413232	0.397133253032	73.9689526361	-5.5233281542	33.2179816689
2	2.25313104026	-0.029431664734	-0.930781727944	1.99135717714	-0.0964678822564	2.44125854356	-0.0585912783362	0.389329046135	-0.266186036559	-0.116684631845	-0.149848987156	-0.542013153509	0.0475302794234	0.0622787480171	0.16049855143	0.407776678165	-0.0203072696993	0.0719158460878	0.450639096995	0.00371430568808	0.506611323314	80.5678523946	-3.39473630948	13.9583983796
3	2.65716785205	0.314049437469	0.013571752613	3.21120557009	0.70598577559	2.5647619834	0.0069822189624	0.556807376725	-0.142939881048	-0.28795888034	-0.0252155766064	-0.303842553774	0.000911172194961	0.21169926801	0.0299901907462	0.495402959019	-0.00220369077987	0.103076918095	0.599943426096	0.039108159664	0.376115232459	74.3169934852	1.24343391743	3.5412267357
4	3.5510228386	0.732350380395	0.0217563010205	2.69093865359	-0.486923878826	1.00676337241	-0.14041164909	0.627091020455	-0.586736269504	-0.573865072694	0.0708361141262	0.361345048688	0.183977956235	-0.275279510448	0.0787734490265	0.540107288842	-0.119035614491	0.113177093585	0.702850507598	-0.160793421163	0.438931547528	50.0097637417	-19.530589583	7.69332824378
5	3.20391659216	0.215352550609	0.342283703217	2.00114959207	-0.703144989074	0.688044894881	-0.0551591137125	0.356152711149	-0.260222282406	-0.250593618795	0.0161481563861	0.0150498246173	0.175012702438	-0.200029255497	0.0929394186038	0.413765055814	-0.0372927672123	0.0674250296922	0.555519988536	-0.0586496935074	0.35270651103	52.6727067411	-11.0015971639	14.3635053427
6	2.78325479605	0.634407838536	0.111005266895	2.30573666777	-0.543654741291	0.777528512763	-0.177680731705	0.0764058875619	-0.628694775007	0.489116091321	0.0187045020008	0.170439944966	0.21650919623	-0.262991035874	0.0289868799184	0.51529334765	-0.021644823718	0.0939812891147	0.597090460234	-0.0440725065442	0.583372982087	44.7966209631	-18.2432191497	21.1054067151
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57	1.16537768403	-0.304743149349	0.138439148189	1.58416026615	0.353530957956	1.51961192724	-0.200608051321	0.145199533472	0.206324044211	-0.796072635715	0.204269308747	0.897240137334	-0.00379910479689	-0.617014775618	0.012809329397	0.841647012365	-0.125849857877	-0.424248473581	0.942225258746	0.355372894002	1.08690079121	3.3221885331	4.29841518963	-72.3454542308

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 358 )	A	A	2 - 358	1 - 357
2	2	chain 'A' and (resid 359 through 446 )	A	A	359 - 446	358 - 445
3	3	chain 'A' and (resid 447 through 543 )	A	A	447 - 543	446 - 542
4	4	chain 'B' and (resid 2 through 30 )	B	E	2 - 30	1 - 29
5	5	chain 'B' and (resid 31 through 116 )	B	E	31 - 116	30 - 115
6	6	chain 'B' and (resid 117 through 149 )	B	E	117 - 149	116 - 148
7	7	chain 'B' and (resid 150 through 189 )	B	E	150 - 189	149 - 188
8	8	chain 'B' and (resid 190 through 246 )	B	E	190 - 246	189 - 245
9	9	chain 'B' and (resid 247 through 280 )	B	E	247 - 280	246 - 279
10	10	chain 'B' and (resid 281 through 337 )	B	E	281 - 337	280 - 336
11	11	chain 'B' and (resid 338 through 377 )	B	E	338 - 377	337 - 376
12	12	chain 'B' and (resid 378 through 434 )	B	E	378 - 434	377 - 433
13	13	chain 'B' and (resid 435 through 480 )	B	E	435 - 480	434 - 479
14	14	chain 'B' and (resid 481 through 511 )	B	E	481 - 511	480 - 510
15	15	chain 'B' and (resid 512 through 540 )	B	E	512 - 540	511 - 539
16	16	chain 'C' and (resid -2 through 189 )	C	I	-2 - 189	1 - 192
17	17	chain 'C' and (resid 190 through 337 )	C	I	190 - 337	193 - 340
18	18	chain 'C' and (resid 338 through 377 )	C	I	338 - 377	341 - 380
19	19	chain 'C' and (resid 378 through 434 )	C	I	378 - 434	381 - 437
20	20	chain 'C' and (resid 435 through 539 )	C	I	435 - 539	438 - 542
21	21	chain 'D' and (resid -1 through 189 )	D	M	-1 - 189	1 - 191
22	22	chain 'D' and (resid 190 through 488 )	D	M	190 - 488	192 - 490
23	23	chain 'D' and (resid 489 through 544 )	D	M	489 - 544	491 - 546
24	24	chain 'E' and (resid 2 through 166 )	E	P	2 - 166	1 - 165
25	25	chain 'E' and (resid 167 through 189 )	E	P	167 - 189	166 - 188
26	26	chain 'E' and (resid 190 through 295 )	E	P	190 - 295	189 - 294
27	27	chain 'E' and (resid 296 through 337 )	E	P	296 - 337	295 - 336
28	28	chain 'E' and (resid 338 through 398 )	E	P	338 - 398	337 - 397
29	29	chain 'E' and (resid 399 through 446 )	E	P	399 - 446	398 - 445
30	30	chain 'E' and (resid 447 through 501 )	E	P	447 - 501	446 - 500
31	31	chain 'E' and (resid 502 through 542 )	E	P	502 - 542	501 - 541
32	32	chain 'F' and (resid -2 through 166 )	F	S	-2 - 166	1 - 169
33	33	chain 'F' and (resid 167 through 219 )	F	S	167 - 219	170 - 222
34	34	chain 'F' and (resid 220 through 262 )	F	S	220 - 262	223 - 265
35	35	chain 'F' and (resid 263 through 295 )	F	S	263 - 295	266 - 298
36	36	chain 'F' and (resid 296 through 337 )	F	S	296 - 337	299 - 340
37	37	chain 'F' and (resid 338 through 377 )	F	S	338 - 377	341 - 380
38	38	chain 'F' and (resid 378 through 456 )	F	S	378 - 456	381 - 459
39	39	chain 'F' and (resid 457 through 488 )	F	S	457 - 488	460 - 491
40	40	chain 'F' and (resid 489 through 539 )	F	S	489 - 539	492 - 542
41	41	chain 'G' and (resid -1 through 49 )	G	W	-1 - 49	1 - 51
42	42	chain 'G' and (resid 50 through 166 )	G	W	50 - 166	52 - 168
43	43	chain 'G' and (resid 167 through 219 )	G	W	167 - 219	169 - 221
44	44	chain 'G' and (resid 220 through 262 )	G	W	220 - 262	222 - 264
45	45	chain 'G' and (resid 263 through 295 )	G	W	263 - 295	265 - 297
46	46	chain 'G' and (resid 296 through 337 )	G	W	296 - 337	298 - 339
47	47	chain 'G' and (resid 338 through 389 )	G	W	338 - 389	340 - 391
48	48	chain 'G' and (resid 390 through 429 )	G	W	390 - 429	392 - 431
49	49	chain 'G' and (resid 430 through 488 )	G	W	430 - 488	432 - 490
50	50	chain 'G' and (resid 489 through 538 )	G	W	489 - 538	491 - 540
51	51	chain 'H' and (resid 3 through 149 )	H	AA	3 - 149	1 - 147
52	52	chain 'H' and (resid 150 through 189 )	H	AA	150 - 189	148 - 187
53	53	chain 'H' and (resid 190 through 314 )	H	AA	190 - 314	188 - 312
54	54	chain 'H' and (resid 315 through 359 )	H	AA	315 - 359	313 - 357
55	55	chain 'H' and (resid 360 through 389 )	H	AA	360 - 389	358 - 387
56	56	chain 'H' and (resid 390 through 429 )	H	AA	390 - 429	388 - 427
57	57	chain 'H' and (resid 430 through 540 )	H	AA	430 - 540	428 - 538

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