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Yorodumi- PDB-8vzf: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS fro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vzf | ||||||
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Title | Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, Coenzyme A, and ADP | ||||||
Components | 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase | ||||||
Keywords | LYASE / 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight | ||||||
Function / homology | Function and homology information oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / peroxisome / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Alphaproteobacteria bacterium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.36 Å | ||||||
Authors | Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024 Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vzf.cif.gz | 1005.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vzf.ent.gz | 690.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8vzf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8vzf_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8vzf_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 8vzf_validation.xml.gz | 89.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8vzf_validation.cif.gz | 114.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8vzaC 8vzbC 8vzcC 8vzdC 8vzeC 8vzhC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 59788.035 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Alphaproteobacteria bacterium (bacteria) Gene: DCO82_10540 / Plasmid: v53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A3C0TX30, oxalyl-CoA decarboxylase |
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-Non-polymers , 9 types, 363 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FYN / #3: Chemical | ChemComp-TPP / #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-ADP / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-GOL / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→50 Å / Num. obs: 99068 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 32.67 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.288 / Net I/σ(I): 6.21 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.39 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 1.126 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 4335 / CC1/2: 0.548 / Rpim(I) all: 0.518 / Rrim(I) all: 1.25 / % possible all: 85.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.36→47.35 Å / SU ML: 0.3345 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.8498 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→47.35 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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