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Yorodumi- PDB-8vzi: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase CcHACS from... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8vzi | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthase CcHACS from Conidiobolus coronatus in the Complex with THDP and ADP | ||||||
Components | 2-hydroxyacyl-CoA lyase-like protein 1 | ||||||
Keywords | LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / eBERlight | ||||||
| Function / homology | Function and homology information2-hydroxyacyl-CoA lyase / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / peroxisome / lyase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Conidiobolus coronatus NRRL 28638 (fungus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Gade, P. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2024Title: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family. Authors: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8vzi.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8vzi.ent.gz | 710.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8vzi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8vzi_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8vzi_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
| Data in XML | 8vzi_validation.xml.gz | 43.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 8vzi_validation.cif.gz | 72.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzi | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8vzaC ![]() 8vzbC ![]() 8vzcC ![]() 8vzdC ![]() 8vzeC ![]() 8vzfC ![]() 8vzhC ![]() 8vzjC ![]() 8vzkC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 61565.824 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Conidiobolus coronatus NRRL 28638 (fungus)Gene: CONCODRAFT_4597 / Plasmid: p53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 10 types, 1444 molecules 


















| #2: Chemical | ChemComp-TPP / #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-GLY / | #10: Chemical | ChemComp-FMT / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M amino acid (20 mM DL-glutamic acid, 20 mM DL-alanine, 20 mM glycine, 20 mM DL-lysine), 0.1 M Imidazole; MES pH 6.5, 20 % (v/v) Ethylene glycol, 10 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2022 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 167273 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 22.44 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 14.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 6685 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.343 / Rrim(I) all: 0.89 / % possible all: 76.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→44.82 Å / SU ML: 0.1918 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 21.9332 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 29.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→44.82 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Conidiobolus coronatus NRRL 28638 (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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