PDB-8vzc: Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthse ApbHACS from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vzc

タイトル

Crystal Structure of 2-Hydroxyacyl-CoA Lyase/Synthse ApbHACS from Alphaproteobacteria bacterium in the Complex with THDP, Formyl-CoA, and ADP

要素

Oxalyl-CoA decarboxylase

キーワード

LYASE / 2-hydroxyacyl-CoA lyase/synthase / acyloin condensation / oxalyl-CoA decarboxylase / SBC / eBERlight

機能・相同性

機能・相同性情報

oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / fatty acid alpha-oxidation / thiamine pyrophosphate binding / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Gade, P. / Kim, Y. / Endres, M. / Lee, S. / Yoshikuni, Y. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2024
タイトル: Revealing reaction intermediates in one-carbon elongation by thiamine diphosphate/CoA-dependent enzyme family.
著者: Kim, Y. / Lee, S.H. / Gade, P. / Nattermann, M. / Maltseva, N. / Endres, M. / Chen, J. / Wichmann, P. / Hu, Y. / Marchal, D.G. / Yoshikuni, Y. / Erb, T.J. / Gonzalez, R. / Michalska, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2024年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vzc.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vzc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/8vzc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vzaC 8vzbC 8vzdC 8vzeC 8vzfC 8vzhC 8vziC 8vzjC 8vzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (10) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxalyl-CoA decarboxylase

B: Oxalyl-CoA decarboxylase

C: Oxalyl-CoA decarboxylase

D: Oxalyl-CoA decarboxylase

ヘテロ分子

246 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.084, 102.442, 103.977
Angle α, β, γ (deg.)	113.830, 96.810, 105.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Oxalyl-CoA decarboxylase 分子量: 59512.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alphaproteobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: DCO82_10540 / プラスミド: p53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A3C0TX30, oxalyl-CoA decarboxylase

-
非ポリマー , 8種, 2096分子

#2: 化合物	ChemComp-A1AEK / 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-(hydroxymethyl)-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium 分子量: 455.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₄O₈P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FYN / S-{(9R,13S,15R)-17-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-4-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDROFURAN-2-YL]-9,13,15-TRIHYDROXY-10,10-DIMETHYL-13,15-DIOXIDO-4,8-DIOXO-12,14,16-TRIOXA-3,7-DIAZA-13,15-DIPHOSPHAHEPTADEC-1-YL} THIOFORMATE / ホルミルCoA 分子量: 795.544 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0328 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0328 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→87.92 Å / Num. obs: 238150 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.35 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.72→1.81 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 26539 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.319 / R_rim(I) all: 0.53 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		data processing
XDS		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→38.63 Å / SU ML: 0.2035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.4612
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	11601	4.88 %
R_work	0.1616	226339	-
obs	0.1634	237940	92.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→38.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16641	0	491	2063	19195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0146	17648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3922	24015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0655	2545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	3174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7556	6528

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3435	256	0.3286	4593	X-RAY DIFFRACTION	56.14
1.74-1.76	0.3597	256	0.309	5085	X-RAY DIFFRACTION	61.92
1.76-1.78	0.3461	319	0.2848	5658	X-RAY DIFFRACTION	69.69
1.78-1.8	0.2921	330	0.2723	6712	X-RAY DIFFRACTION	82.37
1.8-1.83	0.2943	352	0.2427	7609	X-RAY DIFFRACTION	91.72
1.83-1.85	0.2782	425	0.2388	7633	X-RAY DIFFRACTION	93.65
1.85-1.88	0.2809	394	0.2282	7756	X-RAY DIFFRACTION	94.97
1.88-1.91	0.2699	354	0.215	7802	X-RAY DIFFRACTION	95.25
1.91-1.94	0.2394	379	0.2027	7868	X-RAY DIFFRACTION	95.4
1.94-1.97	0.2396	408	0.2025	7791	X-RAY DIFFRACTION	95.25
1.97-2	0.2503	368	0.2026	7816	X-RAY DIFFRACTION	95.46
2-2.04	0.2346	399	0.2058	7838	X-RAY DIFFRACTION	95.71
2.04-2.08	0.241	437	0.1954	7784	X-RAY DIFFRACTION	95.79
2.08-2.12	0.2141	437	0.1865	7847	X-RAY DIFFRACTION	95.91
2.12-2.17	0.2201	424	0.1899	7810	X-RAY DIFFRACTION	95.72
2.17-2.22	0.2174	395	0.1776	7839	X-RAY DIFFRACTION	95.7
2.22-2.27	0.2345	424	0.173	7746	X-RAY DIFFRACTION	94.99
2.27-2.33	0.2054	411	0.1617	7910	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.33-2.4	0.2192	393	0.1581	7968	X-RAY DIFFRACTION	96.94
2.4-2.48	0.1963	388	0.1496	7923	X-RAY DIFFRACTION	96.71
2.48-2.57	0.1895	397	0.1498	7953	X-RAY DIFFRACTION	97.16
2.57-2.67	0.2009	391	0.152	8013	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.67-2.79	0.1933	402	0.1515	7929	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.79-2.94	0.2027	415	0.1467	7972	X-RAY DIFFRACTION	97.32
2.94-3.12	0.1831	401	0.1488	7933	X-RAY DIFFRACTION	96.85
3.13-3.37	0.1785	411	0.1413	7864	X-RAY DIFFRACTION	96.13
3.37-3.7	0.1654	367	0.1303	8020	X-RAY DIFFRACTION	97.66
3.7-4.24	0.1348	406	0.1165	8042	X-RAY DIFFRACTION	98.12
4.24-5.34	0.1323	461	0.1167	7920	X-RAY DIFFRACTION	97.36
5.34-38.63	0.1735	401	0.156	7705	X-RAY DIFFRACTION	94.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.621194554525	0.065448486362	0.0634949684855	0.295118112408	-0.110784511249	0.439065676074	-0.000515124916601	0.0672950636036	0.0133122052569	-0.0177003697767	0.0042501328019	-0.0543026543861	-0.0162347378902	0.0872528530108	-0.00411090204511	0.118638788073	0.0100932204019	0.00429230453796	0.146690127116	0.00541200290345	0.0868688594317	14.5226157681	9.80290920362	-15.6006417936
2	1.38537192721	0.521412492251	-0.314759233396	1.51115424105	0.504405477274	1.70698392444	-0.0448462849955	-0.0993908261175	-0.0536561476313	0.0851050632667	-0.000313774832002	-0.0580441324814	0.0974804094087	0.0901000645491	0.0306816093802	0.138244878695	0.0275381609254	0.0060426237278	0.154634677231	0.0212753652092	0.112696957204	13.0698008027	-0.367017304146	-11.2340364342
3	1.80010915132	0.767060910487	1.11833436175	0.74338683404	0.621351094915	0.840580355898	0.0411285170044	0.146668069897	-0.160298596757	-0.00387321948603	0.0454989304489	-0.111460735742	0.0844620149805	0.13569189798	-0.109054591267	0.170192637223	0.0123973797495	0.0168327526005	0.188781944265	-0.0015269584508	0.0850058409989	1.12975753633	-9.60837553885	-28.5574366656
4	0.370786431377	-0.0190823077212	-0.00623152344172	0.915122610786	0.0783181707397	0.530248995613	0.0313421444902	0.060945178614	-0.0304411332363	-0.0682345685889	-0.0294878374623	0.0711431913086	0.001444027707	-0.0579188731298	-0.00309677344017	0.149550704595	-0.00272617435594	-0.00296914542256	0.201006549115	0.00150983871257	0.117748551226	-16.5179712191	-5.20876861765	-34.8631721952
5	0.659422794785	-0.00349170588454	0.448353766537	0.531911432642	-0.171215954698	0.669294306143	-0.0145959159725	0.0398626190427	0.0392733394524	-0.0204406205683	0.00351102643483	0.0272448175381	-0.0602807770023	-0.0192201064926	0.0109246787609	0.179715468768	0.0113447277937	0.0032715827714	0.180027723441	0.0171687597717	0.0912594900878	-6.89816833763	18.6976179344	-30.6592813866
6	1.3610599445	0.851165793447	0.0602140515335	1.10595742544	-0.310208519821	0.882560052517	-0.0744475059309	0.0576786749714	0.115163900487	-0.0325726373808	0.0756336310218	0.120124156477	-0.137522349414	-0.0483707577889	0.000542915543153	0.176876008997	0.0489906830808	-0.00880548325853	0.157351285692	0.0183131944949	0.12077613856	-11.9830720422	27.2672623352	-28.5683505041
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8	0.91890782459	1.14005766202	1.27594683808	2.24399361794	1.74222332186	2.02191097987	-0.00272695838472	-0.0350215132543	0.00441975978686	-0.0132961224541	-0.0360213403733	0.0095689000974	-0.0595465257894	-0.0676794716162	0.0461849724913	0.112006148357	0.0213365046028	0.0140036088433	0.159227505046	0.0174737457152	0.0860579832783	-7.71069020972	14.832303844	-3.25018858553
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -2 through 120 )	A	A	-2 - 120	1 - 123
2	2	chain 'A' and (resid 121 through 169 )	A	A	121 - 169	124 - 172
3	3	chain 'A' and (resid 170 through 223 )	A	A	170 - 223	173 - 226
4	4	chain 'A' and (resid 224 through 363 )	A	A	224 - 363	227 - 366
5	5	chain 'A' and (resid 364 through 481 )	A	A	364 - 481	367 - 484
6	6	chain 'A' and (resid 485 through 554 )	A	A	485 - 554	485 - 554
7	7	chain 'B' and (resid -2 through 53 )	B	J	-2 - 53	1 - 56
8	8	chain 'B' and (resid 54 through 120 )	B	J	54 - 120	57 - 123
9	9	chain 'B' and (resid 121 through 169 )	B	J	121 - 169	124 - 172
10	10	chain 'B' and (resid 170 through 223 )	B	J	170 - 223	173 - 226
11	11	chain 'B' and (resid 224 through 363 )	B	J	224 - 363	227 - 366
12	12	chain 'B' and (resid 364 through 554 )	B	J	364 - 554	367 - 555
13	13	chain 'C' and (resid -2 through 120 )	C	R	-2 - 120	1 - 123
14	14	chain 'C' and (resid 121 through 169 )	C	R	121 - 169	124 - 172
15	15	chain 'C' and (resid 170 through 223 )	C	R	170 - 223	173 - 226
16	16	chain 'C' and (resid 224 through 381 )	C	R	224 - 381	227 - 384
17	17	chain 'C' and (resid 382 through 554 )	C	R	382 - 554	385 - 554
18	18	chain 'D' and (resid -2 through 120 )	D	AA	-2 - 120	1 - 123
19	19	chain 'D' and (resid 121 through 169 )	D	AA	121 - 169	124 - 172
20	20	chain 'D' and (resid 170 through 223 )	D	AA	170 - 223	173 - 226
21	21	chain 'D' and (resid 224 through 481 )	D	AA	224 - 481	227 - 484
22	22	chain 'D' and (resid 482 through 554 )	D	AA	482 - 554	485 - 554

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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