PDB-8r72: Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HA dp4 collecte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r72

タイトル

Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HA dp4 collected at 1.33 A

要素

Heparinase

キーワード

LYASE / Polysaccharide lyase / glycosaminoglycan / Hyaluronic acid / conformational change

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / cell envelope / lyase activity / Heparinase II/III-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial polysaccharide lyase family 33: Specificity from an evolutionarily conserved binding tunnel.
著者: Loiodice, M. / Drula, E. / McIver, Z. / Antonyuk, S. / Basle, A. / Lima, M. / Yates, E.A. / Byrne, D.P. / Coughlan, J. / Leech, A. / Mesdaghi, S. / Rigden, D.J. / Drouillard, S. / Helbert, W. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r72.cif.gz	485.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r72.ent.gz	388.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r72	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r6zC 8r70C 8r71C 8r73C 8r75C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heparinase

B: Heparinase

ヘテロ分子

149 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.870, 137.400, 203.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Heparinase

分子量: 73568.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_4410 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89ZG7

#2: 多糖

beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 776.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 6000 0.1 M MES pH 6.0 0.1 M Ammonium chloride 20 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.33 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.33 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→53.87 Å / Num. obs: 48609 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.58→2.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4374 / CC_1/2: 0.574

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.58→52.128 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 14.912 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.723 / ESU R Free: 0.343 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2807	2536	5.225 %
R_work	0.2186	46000	-
all	0.222	-	-
obs	-	48536	99.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.173 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.395 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.385 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→52.128 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9821	0	108	6	9935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	10172
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.674	13783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.479	1.593	21767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.688	5	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.255	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.712	10	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.983	10	487
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12043
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	8736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	5409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.945	4.682	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.944	4.682	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.985	8.413	6101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.984	8.413	6102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.107	5.013	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.107	5.01	5284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.369	9.091	7682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.369	9.09	7681
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.153	45.188	11350
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.153	45.192	11351

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.58-2.647	0.45	180	0.349	3329	0.354	3509	0.868	0.922	100	0.345
2.647-2.719	0.397	181	0.316	3259	0.32	3440	0.921	0.94	100	0.306
2.719-2.798	0.362	161	0.296	3181	0.299	3343	0.922	0.947	99.9701	0.285
2.798-2.884	0.338	185	0.272	3079	0.275	3264	0.928	0.95	100	0.257
2.884-2.978	0.296	132	0.26	3013	0.262	3147	0.938	0.954	99.9364	0.245
2.978-3.082	0.311	173	0.243	2887	0.247	3061	0.931	0.959	99.9673	0.226
3.082-3.198	0.333	170	0.241	2805	0.246	2976	0.932	0.96	99.9664	0.223
3.198-3.328	0.318	141	0.246	2693	0.25	2834	0.933	0.959	100	0.231
3.328-3.475	0.315	136	0.264	2590	0.266	2726	0.919	0.947	100	0.245
3.475-3.644	0.29	134	0.238	2512	0.241	2648	0.945	0.967	99.9245	0.223
3.644-3.84	0.283	140	0.219	2373	0.223	2516	0.951	0.971	99.8808	0.206
3.84-4.072	0.244	113	0.195	2242	0.197	2356	0.967	0.976	99.9576	0.184
4.072-4.351	0.231	129	0.167	2098	0.171	2229	0.971	0.98	99.9103	0.158
4.351-4.697	0.246	104	0.148	1984	0.152	2093	0.955	0.982	99.7611	0.142
4.697-5.141	0.238	100	0.16	1850	0.164	1952	0.973	0.984	99.8975	0.158
5.141-5.741	0.253	107	0.195	1659	0.199	1768	0.966	0.981	99.8869	0.191
5.741-6.616	0.284	96	0.229	1491	0.232	1588	0.921	0.957	99.937	0.217
6.616-8.07	0.206	84	0.168	1263	0.17	1347	0.975	0.983	100	0.175
8.07-11.279	0.167	40	0.14	1046	0.142	1086	0.985	0.987	100	0.159
11.279-52.128	0.265	30	0.256	646	0.257	676	0.945	0.958	100	0.277

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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