PDB-8r75: Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Apo form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r75

タイトル

Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Apo form 1

要素

Heparinase

キーワード

LYASE / Polysaccharide lyase / glycosaminoglycan / Hyaluronic acid / conformational change

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / cell envelope / lyase activity / Heparinase II/III-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial polysaccharide lyase family 33: Specificity from an evolutionarily conserved binding tunnel.
著者: Loiodice, M. / Drula, E. / McIver, Z. / Antonyuk, S. / Basle, A. / Lima, M. / Yates, E.A. / Byrne, D.P. / Coughlan, J. / Leech, A. / Mesdaghi, S. / Rigden, D.J. / Drouillard, S. / Helbert, W. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r75.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r75.ent.gz	801.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r6zC 8r70C 8r71C 8r72C 8r73C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heparinase

B: Heparinase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heparinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Head to head dimer
73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heparinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.370, 101.580, 161.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 28 - 643 / Label seq-ID: 20 - 635

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Heparinase 分子量: 72892.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89ZG7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350 0.2 M Na/K Tartrate 20 mg/ml protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.6533 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6533 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.61 Å / Num. obs: 34414 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4486 / CC_1/2: 0.735

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→48.506 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.272 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 41.438 / SU ML: 0.367 / Average fsc free: 0.9389 / Average fsc work: 0.9709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.42 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2782	1694	4.922 %
R_work	0.18	32720	-
all	0.185	-	-
obs	-	34414	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.139 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.339 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.478 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.506 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9885	0	2	2	9889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	10127
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.1	1.822	13706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.691	1.772	21733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.828	5	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.802	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.821	10	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.166	10	492
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12087
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	8759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	4908
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	5610
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.102	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.486	6.478	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.486	6.478	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.909	11.65	6131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.91	11.65	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.345	6.893	5218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.345	6.894	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.262	12.475	7575
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.261	12.475	7576
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.716	64.714	11338
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.717	64.715	11339
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	20342

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09866	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09866	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.7-2.77	0.346	108	0.281	2381	0.283	2489	0.911	0.938	100	0.281
2.77-2.846	0.368	123	0.276	2333	0.281	2456	0.907	0.942	100	0.27
2.846-2.928	0.327	127	0.23	2227	0.235	2355	0.917	0.96	99.9575	0.219
2.928-3.018	0.353	105	0.218	2194	0.224	2299	0.914	0.966	100	0.204
3.018-3.116	0.373	92	0.237	2141	0.243	2233	0.909	0.959	100	0.219
3.116-3.225	0.351	108	0.209	2079	0.216	2188	0.927	0.97	99.9543	0.188
3.225-3.346	0.351	108	0.199	1964	0.207	2073	0.918	0.971	99.9518	0.176
3.346-3.482	0.282	94	0.172	1927	0.178	2023	0.947	0.981	99.9011	0.154
3.482-3.636	0.265	107	0.166	1836	0.171	1945	0.954	0.981	99.8972	0.147
3.636-3.812	0.267	103	0.17	1757	0.175	1863	0.954	0.981	99.839	0.156
3.812-4.017	0.27	74	0.162	1702	0.167	1777	0.95	0.982	99.9437	0.152
4.017-4.259	0.274	91	0.162	1597	0.169	1690	0.954	0.982	99.8817	0.156
4.259-4.551	0.197	83	0.142	1497	0.145	1580	0.972	0.987	100	0.142
4.551-4.912	0.22	80	0.131	1412	0.136	1493	0.972	0.989	99.933	0.136
4.912-5.375	0.235	68	0.133	1305	0.138	1374	0.972	0.99	99.9272	0.138
5.375-6	0.269	55	0.162	1209	0.166	1265	0.967	0.987	99.9209	0.17
6-6.911	0.311	64	0.189	1043	0.196	1109	0.953	0.98	99.8197	0.198
6.911-8.422	0.235	46	0.153	921	0.157	967	0.963	0.985	100	0.173
8.422-11.734	0.311	34	0.198	732	0.204	766	0.965	0.983	100	0.216
11.734-48.506	0.321	24	0.304	463	0.305	487	0.958	0.953	100	0.335

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0108	-0.9699	0.3754	2.217	-0.6268	0.2609	-0.1484	-0.0375	0.1182	-0.1484	0.2083	0.0442	-0.0416	-0.1376	-0.0599	0.1213	0.0065	0.009	0.3222	-0.0001	0.163	-0.9383	-27.0722	20.4095
2	0.2372	0.5901	0.3043	2.08	1.3193	1.0078	0.0439	0.0466	-0.0171	0.1912	-0.1023	0.1333	0.1523	-0.152	0.0584	0.0303	0.0097	0.03	0.2445	0.0643	0.2126	-21.7031	-37.4865	47.4692

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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