PDB-8r73: Polysaccharide lyase BcPL33HA (BcellWH2_04512) Apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r73

タイトル

Polysaccharide lyase BcPL33HA (BcellWH2_04512) Apo form

要素

Heparinase II/III-like protein

キーワード

LYASE / Polysaccharide lyase / glycosaminoglycan / Hyaluronic acid / conformational change

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / lyase activity / Heparinase II/III-like protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides cellulosilyticus WH2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial polysaccharide lyase family 33: Specificity from an evolutionarily conserved binding tunnel.
著者: Loiodice, M. / Drula, E. / McIver, Z. / Antonyuk, S. / Basle, A. / Lima, M. / Yates, E.A. / Byrne, D.P. / Coughlan, J. / Leech, A. / Mesdaghi, S. / Rigden, D.J. / Drouillard, S. / Helbert, W. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月5日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r73.cif.gz	260.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r73.ent.gz	202.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r73_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r73_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	8r73_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	8r73_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r6zC 8r70C 8r71C 8r72C 8r75C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heparinase II/III-like protein

ヘテロ分子

72.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.63, 91.39, 84.77
Angle α, β, γ (deg.)	90, 109.28, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-917- HOH
2	1	A-1093- HOH

#1: タンパク質	Heparinase II/III-like protein 分子量: 72777.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus WH2 (バクテリア) 遺伝子: BcellWH2_04512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0GKX0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 % PEG 8000 8 % Ethylene glycol 0.1 M HEPES pH 7.5 28 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日
放射	モノクロメーター: 0.96 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→40.01 Å / Num. obs: 42837 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.11→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3507 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.11→40.008 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 6.432 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	2098	4.898 %
R_work	0.1888	40738	-
all	0.192	-	-
obs	-	42836	99.721 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.933 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.029 Å²	-0 Å²	0.781 Å²
2-	-	1.831 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.933 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→40.008 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4981	0	1	312	5294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.826	1.817	6929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.613	1.765	10816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.155	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.723	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.869	10	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.934	10	253
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.153	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.774	4.045	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.771	4.045	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.812	7.272	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.813	7.273	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.791	4.426	2642
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.79	4.427	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.721	7.942	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.721	7.943	3848
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.955	39.831	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.966	39.415	5898

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.11-2.165	0.327	156	0.306	2996	0.307	3153	0.923	0.929	99.9683	0.287
2.165-2.224	0.324	148	0.276	2920	0.279	3069	0.931	0.946	99.9674	0.251
2.224-2.288	0.355	135	0.259	2837	0.263	2979	0.928	0.954	99.765	0.231
2.288-2.358	0.296	143	0.231	2767	0.234	2910	0.942	0.963	100	0.198
2.358-2.435	0.317	151	0.229	2656	0.234	2808	0.937	0.966	99.9644	0.195
2.435-2.52	0.285	130	0.219	2590	0.222	2721	0.944	0.971	99.9632	0.186
2.52-2.615	0.276	114	0.187	2521	0.19	2640	0.952	0.979	99.8106	0.158
2.615-2.722	0.258	123	0.184	2408	0.188	2539	0.961	0.98	99.6849	0.158
2.722-2.842	0.265	114	0.195	2308	0.199	2438	0.955	0.977	99.3437	0.17
2.842-2.98	0.236	114	0.174	2208	0.177	2334	0.965	0.982	99.4859	0.158
2.98-3.14	0.263	105	0.191	2133	0.194	2249	0.957	0.981	99.5109	0.179
3.14-3.329	0.276	111	0.213	1953	0.216	2072	0.947	0.976	99.6139	0.203
3.329-3.557	0.247	91	0.211	1875	0.212	1969	0.968	0.979	99.8476	0.205
3.557-3.84	0.218	81	0.179	1770	0.181	1853	0.974	0.984	99.8921	0.179
3.84-4.203	0.198	76	0.145	1601	0.148	1678	0.976	0.988	99.9404	0.151
4.203-4.692	0.21	89	0.136	1453	0.14	1550	0.98	0.99	99.4839	0.15
4.692-5.406	0.218	81	0.15	1269	0.154	1375	0.976	0.989	98.1818	0.167
5.406-6.591	0.293	62	0.188	1086	0.194	1151	0.952	0.983	99.7394	0.203
6.591-9.197	0.186	47	0.177	871	0.178	918	0.98	0.983	100	0.205
9.197-40.008	0.251	27	0.167	516	0.171	543	0.965	0.985	100	0.2

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関連情報:EMDBヘッダ

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