PDB-8r6z: Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Apo form 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r6z

タイトル

Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Apo form 2

要素

Heparinase

キーワード

LYASE / Polysaccharide lyase / glycosaminoglycan / Hyaluronic acid / conformational change

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / cell envelope / lyase activity / Heparinase II/III-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial polysaccharide lyase family 33: Specificity from an evolutionarily conserved binding tunnel.
著者: Loiodice, M. / Drula, E. / McIver, Z. / Antonyuk, S. / Basle, A. / Lima, M. / Yates, E.A. / Byrne, D.P. / Coughlan, J. / Leech, A. / Mesdaghi, S. / Rigden, D.J. / Drouillard, S. / Helbert, W. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r6z.cif.gz	643.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r6z.ent.gz	404.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r6z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r70C 8r71C 8r72C 8r73C 8r75C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Heparinase

A: Heparinase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Heparinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
73.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Heparinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.529, 137.672, 202.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 28 - 643 / Label seq-ID: 28 - 643

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Heparinase 分子量: 73660.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_4410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89ZG7
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 6000 0.1M MES pH6.0 0.1 M Ammonium chloride 20 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→113.85 Å / Num. obs: 73386 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.03→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3670 / CC_1/2: 0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.03→113.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 12.234 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2505	3607	4.915 %
R_work	0.1912	69778	-
all	0.194	-	-
obs	-	73385	75.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.995 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.136 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.859 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→113.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9816	0	2	333	10151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	10065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.539	1.822	13624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.817	1.771	21606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.535	5	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.388	5	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.952	10	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.341	10	488
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	9060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	5775
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.25	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.226	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.495	1.918	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.49	1.918	4882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.546	3.434	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.546	3.434	6100
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.856	2.279	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.856	2.28	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.714	3.998	7525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.713	3.998	7526
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.731	19.049	11567
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.726	18.832	11540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.11	0.05	20197

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11015	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11015	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.082	0.325	25	0.27	430	X-RAY DIFFRACTION	6.3627
2.082-2.139	0.297	87	0.272	1687	X-RAY DIFFRACTION	25.2959
2.139-2.201	0.316	135	0.266	2884	X-RAY DIFFRACTION	44.9791
2.201-2.269	0.297	211	0.254	3627	X-RAY DIFFRACTION	58.1868
2.269-2.343	0.31	194	0.226	4089	X-RAY DIFFRACTION	66.8488
2.343-2.426	0.267	207	0.209	4244	X-RAY DIFFRACTION	71.9877
2.426-2.517	0.259	214	0.217	4463	X-RAY DIFFRACTION	78.6183
2.517-2.62	0.267	244	0.213	4841	X-RAY DIFFRACTION	88.3579
2.62-2.736	0.268	280	0.213	5044	X-RAY DIFFRACTION	96.0837
2.736-2.87	0.266	236	0.212	5037	X-RAY DIFFRACTION	99.4718
2.87-3.025	0.272	258	0.204	4799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.025-3.208	0.269	227	0.203	4549	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
3.208-3.429	0.274	228	0.195	4290	X-RAY DIFFRACTION	100
3.429-3.704	0.233	214	0.189	3993	X-RAY DIFFRACTION	99.9287
3.704-4.057	0.234	199	0.161	3701	X-RAY DIFFRACTION	99.9231
4.057-4.535	0.198	184	0.145	3353	X-RAY DIFFRACTION	99.887
4.535-5.235	0.23	153	0.149	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.8407
5.235-6.409	0.253	151	0.186	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
6.409-9.049	0.189	95	0.17	2033	X-RAY DIFFRACTION	99.7656
9.049-113.85	0.255	65	0.202	1188	X-RAY DIFFRACTION	99.3656

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5132	0.4077	0.1246	0.8421	0.319	0.4169	0.0492	-0.0417	0.0317	0.1051	-0.033	-0.04	-0.0145	0.047	-0.0162	0.0389	0.0099	0.0023	0.0526	0.0112	0.0147	16.8686	-5.8921	-2.1055
2	0.1229	-0.1399	0.3814	0.1924	-0.5072	1.3951	0.006	-0.0148	-0.0367	-0.0256	0.0206	-0.0089	0.1577	-0.0728	-0.0266	0.1975	-0.0453	-0.0215	0.0928	0.0167	0.1009	41.4679	24.1549	-44.3614

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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