PDB-8r71: Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HAdp4 collected...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r71

タイトル

Polysaccharide lyase BtPL33HA (BT4410) Y291A with HAdp4 collected at 1.22 A

要素

Heparinase

キーワード

LYASE / Polysaccharide lyase / glycosaminoglycan / Hyaluronic acid / conformational change

機能・相同性

Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / cell envelope / lyase activity / polyethylene glycol / Heparinase II/III-like C-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Cartmell, A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: Bacterial polysaccharide lyase family 33: Specificity from an evolutionarily conserved binding tunnel.
著者: Loiodice, M. / Drula, E. / McIver, Z. / Antonyuk, S. / Basle, A. / Lima, M. / Yates, E.A. / Byrne, D.P. / Coughlan, J. / Leech, A. / Mesdaghi, S. / Rigden, D.J. / Drouillard, S. / Helbert, W. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r71.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r71.ent.gz	794.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r71_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r71_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8r71_validation.xml.gz	58.2 KB	表示
CIF形式データ	8r71_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r6zC 8r70C 8r72C 8r73C 8r75C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heparinase

B: Heparinase

ヘテロ分子

150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.633, 137.347, 202.832
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 19 - 635 / Label seq-ID: 27 - 643

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Heparinase

分子量: 73568.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_4410 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89ZG7

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 600.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpAb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5]/1-2-1/a3-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-P4K / polyethylene glycol / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42-tetradecaoxatetratetracontan-1-ol

分子量: 662.804 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₆₂O₁₅

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 6000 0.1 M MES pH 6.0 0.1 M Ammonium chloride 20 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.22 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.22 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→60.66 Å / Num. obs: 115460 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.92→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5594 / CC_1/2: 0.824

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→60.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.511 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	5759	4.992 %
R_work	0.179	109599	-
all	0.18	-	-
obs	-	115358	99.99 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.428 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.163 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.265 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→60.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9817	0	105	638	10560

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	10245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	9531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.832	13881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.597	1.779	21959
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.482	5	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.59	5	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.29	10	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.485	10	492
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	8813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	5375
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.16	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.117	2.281	4926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.117	2.281	4926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.905	4.088	6168
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.905	4.088	6169
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.219	2.667	5319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.219	2.667	5319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.793	4.74	7713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.793	4.74	7714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.284	23.661	11743
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.284	23.663	11744
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	20880

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07855	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07855	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.97	0.3	403	0.267	7964	X-RAY DIFFRACTION	99.9522
1.97-2.024	0.254	434	0.24	7801	X-RAY DIFFRACTION	99.9757
2.024-2.082	0.275	370	0.223	7609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.082-2.146	0.255	407	0.201	7407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.217	0.223	391	0.185	7109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.217-2.294	0.198	344	0.174	6944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.381	0.204	333	0.169	6722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.478	0.222	348	0.18	6427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.588	0.217	348	0.175	6203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.588-2.714	0.196	317	0.173	5929	X-RAY DIFFRACTION	99.984
2.714-2.86	0.215	304	0.174	5650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.034	0.209	264	0.182	5361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.034-3.242	0.222	276	0.205	5025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.242-3.501	0.22	260	0.201	4746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.501-3.834	0.22	225	0.181	4373	X-RAY DIFFRACTION	100
3.834-4.285	0.166	186	0.145	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.285-4.943	0.143	205	0.137	3528	X-RAY DIFFRACTION	100
4.943-6.044	0.216	155	0.167	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
6.044-8.506	0.191	119	0.174	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
8.506-60.66	0.232	70	0.171	1439	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5283	0.4637	0.0596	1.0133	0.4241	0.6611	0.0356	-0.0499	0.0321	0.121	-0.0235	-0.0314	-0.0046	0.0918	-0.0122	0.0328	-0.0036	-0.002	0.0323	0.008	0.0165	16.7751	-5.9308	-2.1392
2	0.115	0.1725	0.4457	0.2792	0.7269	1.9419	-0.0008	0.0137	-0.0247	0.0312	0.0411	-0.0052	0.1747	0.1393	-0.0404	0.1952	0.0577	-0.0122	0.1026	-0.0143	0.0966	12.1491	-44.6266	-56.919

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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