PDB-8k82: Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, Not...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 8k82

タイトル

Cryo-EM structure of the yeast 80S ribosome with tigecycline, Not5 and P-site tRNA

要素

(40S ribosomal protein ...) x 14
(Large ribosomal subunit protein ...) x 43
(Small ribosomal subunit protein ...) x 18
(Ubiquitin-ribosomal protein ...) x 2
18S rRNA
23S rRNA
5.8S rRNA
5S rRNA
General negative regulator of transcription subunit 5
mRNA
tRNA

キーワード

RIBOSOME / 80S ribosome / tigecycline / antibiotic

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR4-NOT core complex / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity ...CCR4-NOT core complex / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein kinase activity / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / transcription elongation by RNA polymerase II / macroautophagy / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / P-body / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily ...CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S17e
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SPERMIDINE / TIGECYCLINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A ...SPERMIDINE / TIGECYCLINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / General negative regulator of transcription subunit 5 / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Buschauer, R. / Beckmann, R. / Cheng, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline.
著者: Xiang Li / Mengjiao Wang / Timo Denk / Robert Buschauer / Yi Li / Roland Beckmann / Jingdong Cheng /

要旨: Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, ...

履歴

登録	2023年7月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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文書・詳細版	8k82_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/8k82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/8k82	HTTPS FTP

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プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)

登録構造単位

C2: 18S rRNA

C7: mRNA

C5: tRNA

C1: 23S rRNA

C4: 5S rRNA

C3: 5.8S rRNA

SA: Small ribosomal subunit protein uS2A

SB: 40S ribosomal protein S1-A

SC: 40S ribosomal protein S2

SD: Small ribosomal subunit protein uS3

SE: 40S ribosomal protein S4-A

SF: Small ribosomal subunit protein uS7

SG: 40S ribosomal protein S6-A

SH: 40S ribosomal protein S7-A

SI: 40S ribosomal protein S8-A

SJ: 40S ribosomal protein S9-A

SK: Small ribosomal subunit protein eS10A

SL: Small ribosomal subunit protein uS17A

SM: Small ribosomal subunit protein eS12

SN: 40S ribosomal protein S13

SO: 40S ribosomal protein S14-A

SP: Small ribosomal subunit protein uS19

SQ: Small ribosomal subunit protein uS9A

SR: Small ribosomal subunit protein eS17A

SS: Small ribosomal subunit protein uS13A

ST: Small ribosomal subunit protein eS19A

SU: Small ribosomal subunit protein uS10

SV: Small ribosomal subunit protein eS21A

SW: 40S ribosomal protein S22-A

SX: 40S ribosomal protein S23-A

SY: 40S ribosomal protein S24-A

SZ: Small ribosomal subunit protein eS25A

Sa: Small ribosomal subunit protein eS26B

Sb: 40S ribosomal protein S27-A

Sc: Small ribosomal subunit protein eS28A

Sd: Small ribosomal subunit protein uS14A

Se: 40S ribosomal protein S30-A

Sf: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

Sg: Small ribosomal subunit protein RACK1

LA: Large ribosomal subunit protein uL2A

LB: Large ribosomal subunit protein uL3

LC: Large ribosomal subunit protein uL4A

LD: Large ribosomal subunit protein uL18

LE: Large ribosomal subunit protein eL6A

LF: Large ribosomal subunit protein uL30A

LG: Large ribosomal subunit protein eL8A

LH: Large ribosomal subunit protein uL6A

LI: Large ribosomal subunit protein uL16

LJ: Large ribosomal subunit protein uL5A

LK: Large ribosomal subunit protein uL11A

LL: Large ribosomal subunit protein eL13A

LM: Large ribosomal subunit protein eL14A

LN: Large ribosomal subunit protein eL15A

LO: Large ribosomal subunit protein uL13A

LP: Large ribosomal subunit protein uL22A

LQ: Large ribosomal subunit protein eL18A

LR: Large ribosomal subunit protein eL19A

LS: Large ribosomal subunit protein eL20A

LT: Large ribosomal subunit protein eL21A

LU: Large ribosomal subunit protein eL22A

LV: Large ribosomal subunit protein uL14A

LW: Large ribosomal subunit protein eL24A

LX: Large ribosomal subunit protein uL23

LY: Large ribosomal subunit protein uL24A

LZ: Large ribosomal subunit protein eL27A

La: Large ribosomal subunit protein uL15

Lb: Large ribosomal subunit protein eL29

Lc: Large ribosomal subunit protein eL30

Ld: Large ribosomal subunit protein eL31A

Le: Large ribosomal subunit protein eL32

Lf: Large ribosomal subunit protein eL33A

Lg: Large ribosomal subunit protein eL34A

Lh: Large ribosomal subunit protein uL29A

Li: Large ribosomal subunit protein eL36A

Lj: Large ribosomal subunit protein eL37A

Lk: Large ribosomal subunit protein eL38

Ll: Large ribosomal subunit protein eL39

Lm: Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein

Ln: Large ribosomal subunit protein eL41A

L2: Large ribosomal subunit protein eL41A

Lo: Large ribosomal subunit protein eL42A

Lp: Large ribosomal subunit protein eL43A

L1: Large ribosomal subunit protein uL1A

P0: Large ribosomal subunit protein uL10

CN: General negative regulator of transcription subunit 5

ヘテロ分子

3.29 MDa, 85 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 C2C7C5C1C4C3

#1: RNA鎖	18S rRNA 分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖	mRNA 分子量: 935.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖	tRNA 分子量: 24487.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#4: RNA鎖	23S rRNA 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#5: RNA鎖	5S rRNA / 5S rRNA 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024045
#6: RNA鎖	5.8S rRNA 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1267176494

-
Small ribosomal subunit protein ... , 18種, 18分子 SASDSFSKSLSMSPSQSRSSSTSUSVSZSaScSdSg

#7: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A 分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#10: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3 / RP13 / YS3 分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#12: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8 分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#17: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS10A / 40S ribosomal protein S10-A 分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745
#18: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS17A / 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#19: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12 分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48589
#22: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / RP52 / S21 / YS21 分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#23: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS9A / 40S ribosomal protein S16-A / RP61R 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#24: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS17A / 40S ribosomal protein S17-A / RP51A 分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#25: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS13A / 40S ribosomal protein S18-A 分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55
#26: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS19A / 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / YP45 / YS16A 分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#27: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20 分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#28: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS21A / 40S ribosomal protein S21-A / S26 / YS25 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#32: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS25A / 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / YS23 分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#33: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS26B / 40S ribosomal protein S26-B 分子量: 13480.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39939
#35: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS28A / 40S ribosomal protein S28-A / S33 / YS27 分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#36: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS14A / 40S ribosomal protein S29-A / S36 / YS29 分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#39: タンパク質	Small ribosomal subunit protein RACK1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / ...Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011

-
40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 SBSCSESGSHSISJSNSOSWSXSYSbSe

#8: タンパク質	40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A 分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33442
#9: タンパク質	40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5 分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#11: タンパク質	40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#13: タンパク質	40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#14: タンパク質	40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#15: タンパク質	40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#16: タンパク質	40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#20: タンパク質	40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#21: タンパク質	40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#29: タンパク質	40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22 分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#30: タンパク質	40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#31: タンパク質	40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#34: タンパク質	40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#37: タンパク質	40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A 分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33

-
Ubiquitin-ribosomal protein ... , 2種, 2分子 SfLm

#38: タンパク質	Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein 分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759
#78: タンパク質	Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08

+
Large ribosomal subunit protein ... , 43種, 44分子 LALBLCLDLELFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLd...

#40: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL2A / 60S ribosomal protein L2-A / L5 / RP8 / YL6 分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#41: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1 分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#42: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL4A / 60S ribosomal protein L4-A / L2 / RP2 / YL2 分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#43: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein L5 / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3 分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#44: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL6A / 60S ribosomal protein L6-A / L17 / RP18 / YL16 分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#45: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL30A / 60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8 分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#46: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#47: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL6A / 60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11 分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#48: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL16 / 60S ribosomal protein L10 / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein 分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#49: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL5A / 60S ribosomal protein L11-A / L16 / RP39 / YL22 分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#50: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL11A / 60S ribosomal protein L12-A / L15 / YL23 分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX53
#51: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL13A / 60S ribosomal protein L13-A 分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#52: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL14A / 60S ribosomal protein L14-A 分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#53: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL15A / 60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18 分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#54: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL13A / 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15 分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#55: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL22A / 60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17 分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#56: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL18A / 60S ribosomal protein L18-A / RP28 分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#57: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL19A / 60S ribosomal protein L19-A / L23 / RP15L / RP33 / YL14 分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#58: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL20A / 60S ribosomal protein L20-A / L18a 分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#59: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL21A / 60S ribosomal protein L21-A 分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#60: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL22A / 60S ribosomal protein L22-A / L1c / RP4 / YL31 分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#61: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL14A / 60S ribosomal protein L23-A / L17a / YL32 分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#62: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L24-A / L30 / RP29 / YL21 分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#63: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL23 / 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42' 分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#64: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL24A / 60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33 分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#65: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL27A / 60S ribosomal protein L27-A 分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#66: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24 分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#67: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29 / YL43 分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#68: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38 分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#69: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL31A / 60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28 分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#70: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L32 分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#71: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL33A / 60S ribosomal protein L33-A / L37 / RP47 / YL37 分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#72: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL34A / 60S ribosomal protein L34-A 分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#73: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL29A / 60S ribosomal protein L35-A 分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#74: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL36A / 60S ribosomal protein L36-A / L39 / YL39 分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#75: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL37A / 60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55 分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#76: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L38 分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#77: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40 分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#79: タンパク質・ペプチド	Large ribosomal subunit protein eL41A / 60S ribosomal protein L41-A / L47 / YL41 分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX86
#80: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL42A / 60S ribosomal protein L42-A / L41 / YL27 / YP44 分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27
#81: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL43A / 60S ribosomal protein L43-A / L37a / YL35 分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25
#82: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL1A / 60S ribosomal protein L1-A / L10a 分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX43
#83: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL10 / 60S acidic ribosomal protein P0 / A0 / L10e 分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317

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タンパク質 , 1種, 1分子 CN

#84: タンパク質	General negative regulator of transcription subunit 5 分子量: 65948.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12514

-
非ポリマー , 4種, 332分子

#85: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#86: 化合物	ChemComp-T1C / TIGECYCLINE 分子量: 587.665 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁N₅O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#87: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃
#88: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: yeast 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#84 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 44 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正	詳細: Relion / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140917 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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