PDB-8bz6: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with UD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bz6

タイトル

Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with UDP-glucose

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / ACETATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with UDP-glucose
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2022年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bz6.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bz6.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8bz6_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bz6_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8bz6_validation.xml.gz	126 KB	表示
CIF形式データ	8bz6_validation.cif.gz	173.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bz4S 8bz5 8bz7 8bz8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

435 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
145 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.523, 291.057, 89.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.079, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 71637.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7

-
非ポリマー , 5種, 721分子

#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 674 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 0.2 M Sodium acetate 15% (w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.34 Å / Num. obs: 166303 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 56.49 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.111 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 8154 / CC_1/2: 0.62 / R_pim(I) all: 0.615 / R_rim(I) all: 1.678 / R_sym value: 1.56 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8BZ4

8bz4

解像度: 2.4→44.22 Å / SU ML: 0.3525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2351	8373	5.04 %
R_work	0.1948	157880	-
obs	0.1968	166253	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	29427	0	356	674	30457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	30397
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5809	41075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.2317	4490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	5281
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.1968	11431

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3642	248	0.3381	5200	X-RAY DIFFRACTION	97.34
2.43-2.46	0.3511	271	0.2937	5207	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.46-2.49	0.3712	265	0.2878	5241	X-RAY DIFFRACTION	98.46
2.49-2.52	0.3266	274	0.272	5205	X-RAY DIFFRACTION	98.7
2.52-2.55	0.2917	313	0.2654	5194	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.55-2.59	0.3183	261	0.2658	5284	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.59-2.62	0.3064	267	0.2675	5230	X-RAY DIFFRACTION	98.67
2.62-2.66	0.3125	273	0.2709	5224	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.66-2.7	0.3441	262	0.2899	5242	X-RAY DIFFRACTION	98.83
2.7-2.75	0.3788	280	0.3298	5299	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.75-2.79	0.3388	261	0.2845	5256	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.79-2.85	0.3212	252	0.2737	5252	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.85-2.9	0.3265	297	0.2577	5247	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.9-2.96	0.2734	308	0.2371	5213	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.96-3.02	0.298	271	0.2297	5259	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.02-3.09	0.2655	288	0.2218	5267	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.09-3.17	0.2577	278	0.225	5240	X-RAY DIFFRACTION	99.24
3.17-3.26	0.2908	297	0.2332	5276	X-RAY DIFFRACTION	99.39
3.26-3.35	0.2876	288	0.2307	5255	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.35-3.46	0.2611	257	0.2053	5324	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.46-3.58	0.2508	264	0.1937	5287	X-RAY DIFFRACTION	99.43
3.58-3.73	0.2204	272	0.185	5325	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.73-3.9	0.2196	280	0.1782	5261	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.9-4.1	0.2192	276	0.1748	5290	X-RAY DIFFRACTION	99.54
4.1-4.36	0.2014	279	0.1602	5289	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.36-4.7	0.1643	301	0.1397	5317	X-RAY DIFFRACTION	99.65
4.7-5.17	0.182	293	0.1471	5284	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.17-5.91	0.2041	337	0.1646	5253	X-RAY DIFFRACTION	99.79
5.91-7.45	0.2117	281	0.1837	5338	X-RAY DIFFRACTION	99.77
7.45-44.22	0.1687	279	0.1419	5321	X-RAY DIFFRACTION	99.01

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.80600300927	0.810157286237	0.514333540847	2.99900178738	0.365820801715	2.84236315324	0.117517662883	0.00471599873863	0.269361509222	-0.0295278244281	-0.296870326191	0.721280182925	0.055665964287	-0.811495923708	0.146630835647	0.385092582562	0.0495175938968	-0.0438144039405	0.773750914656	-0.130164121835	0.520126204657	7.1493978573	-4.14666865528	2.32259319847
2	3.19046349878	-0.0431038841034	1.44241654882	6.48067782575	0.91734008097	3.00761731948	0.100356759718	-0.0699256449618	-0.247289291224	0.210623530048	-0.102552572462	0.500935134293	0.538643860752	-0.432698437634	0.00169460616858	0.38270759011	-0.0395582429218	0.0152019170107	0.669770276674	-0.0580505829333	0.394074199912	13.0892765448	-13.9243711765	1.11191877823
3	1.01738760369	0.337899679524	0.143008179252	1.5729588304	0.468386901651	1.05630952242	0.10765406529	0.240248418994	-0.179780465573	-0.143679676822	-0.0133888790497	-0.153241581065	0.227523478653	0.0167730740759	-0.0948776275556	0.408573663781	0.0721308712712	0.0181848401046	0.511741105363	-0.0240746227719	0.320376704461	37.3617633347	-10.9139226956	2.29215878627
4	2.32783042168	-1.2808721501	-0.909797282957	3.82543615033	2.94705856119	9.26522519194	0.079753161742	-0.256935613344	0.429398130432	-0.197887700621	0.00352627913313	-0.324851395084	-0.461284251311	0.259687368053	-0.0812185825634	0.27956835836	0.00204168109008	0.0482661157622	0.383215639163	0.00805644664151	0.568378018709	32.2370099997	32.3239038526	22.9112559741
5	1.27067011587	-0.562313824842	1.00661548803	2.99420790793	0.481256504635	5.11501752139	0.202479498895	-0.400636989456	-0.319089370457	0.815477650543	0.00673703664527	-0.125738252728	1.20134461249	0.109642292092	-0.183051189819	0.871550917744	0.0286060682893	-0.145028602095	0.691568856956	0.0334151265148	0.509093800907	64.7732400968	-9.98596266233	55.2000021188
6	3.1425107427	1.48271128516	2.47084130398	6.04736691955	-1.00709985832	7.84670466786	0.298256963012	-0.215725095255	-0.129965147638	0.949418834456	0.188048598845	-0.437304623152	0.278757754171	0.604169974312	-0.439239575389	0.525633965972	0.0700483184585	-0.100352228673	0.649129071239	-0.0225322195393	0.399156296068	70.6224813117	0.810378010134	52.7562986462
7	0.188882579868	0.168121073967	0.604970314926	8.09797168391	0.0198948445916	3.32430863993	0.185158500214	-0.401299559714	-0.0176164997377	0.91366490527	-0.196853355878	0.58993605715	0.080220990499	-0.479064340023	0.00755960336028	0.612903668317	-0.0220429767926	0.112314074275	0.679593776539	-0.038383121796	0.435584215748	58.3014476724	8.63470130104	48.0465026005
8	1.55779791385	0.57057061237	0.857275677778	2.5881874956	0.845401028483	3.10816050222	0.167611500753	0.135391373982	-0.123478106323	-0.00607469604629	-0.0603966422662	-0.224133041907	0.207179116774	0.347454798769	-0.0993705221586	0.238727606991	0.0319810382153	0.0307658594552	0.518731575939	0.0133156645973	0.349367644625	61.4837528069	1.01402989898	25.1570145324
9	0.565917413811	1.19758475617	0.484684874149	4.48549982358	-0.364814090371	1.37115448716	0.518129623187	-0.388056980337	-0.924110967787	0.0632793654541	-0.314696951375	0.0977480069698	1.88483951941	-0.688053547074	-0.149835181123	1.9984192578	-0.411088117249	-0.315228195755	0.897726309175	0.101118708871	1.19463752571	50.4722747583	-44.7255744942	25.7817654653
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 183 )	A	A	18 - 183	1 - 166
2	2	chain 'A' and (resid 184 through 237 )	A	A	184 - 237	167 - 220
3	3	chain 'A' and (resid 238 through 523 )	A	A	238 - 523	221 - 506
4	4	chain 'A' and (resid 524 through 623 )	A	A	524 - 623	507 - 606
5	5	chain 'B' and (resid 18 through 167 )	B	D	18 - 167	1 - 150
6	6	chain 'B' and (resid 168 through 219 )	B	D	168 - 219	151 - 202
7	7	chain 'B' and (resid 220 through 255 )	B	D	220 - 255	203 - 238
8	8	chain 'B' and (resid 256 through 523 )	B	D	256 - 523	239 - 506
9	9	chain 'B' and (resid 524 through 622 )	B	D	524 - 622	507 - 605
10	10	chain 'C' and (resid 18 through 183 )	C	F	18 - 183	1 - 166
11	11	chain 'C' and (resid 184 through 237 )	C	F	184 - 237	167 - 220
12	12	chain 'C' and (resid 238 through 385 )	C	F	238 - 385	221 - 368
13	13	chain 'C' and (resid 386 through 623 )	C	F	386 - 623	369 - 606
14	14	chain 'D' and (resid 18 through 183 )	D	I	18 - 183	1 - 166
15	15	chain 'D' and (resid 184 through 237 )	D	I	184 - 237	167 - 220
16	16	chain 'D' and (resid 238 through 623 )	D	I	238 - 623	221 - 606
17	17	chain 'E' and (resid 18 through 183 )	E	L	18 - 183	1 - 166
18	18	chain 'E' and (resid 184 through 237 )	E	L	184 - 237	167 - 220
19	19	chain 'E' and (resid 238 through 523 )	E	L	238 - 523	221 - 506
20	20	chain 'E' and (resid 524 through 623 )	E	L	524 - 623	507 - 606
21	21	chain 'F' and (resid 18 through 196 )	F	O	18 - 196	1 - 179
22	22	chain 'F' and (resid 197 through 255 )	F	O	197 - 255	180 - 238
23	23	chain 'F' and (resid 256 through 523 )	F	O	256 - 523	239 - 506
24	24	chain 'F' and (resid 524 through 623 )	F	O	524 - 623	507 - 606

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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