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Yorodumi- PDB-9gzk: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9gzk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-RboP-(CH2)6NH2 | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationTransferases; Glycosyltransferases / hexosyltransferase activity / biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
| Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2025Title: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes. Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9gzk.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9gzk.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9gzk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/9gzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/9gzk | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8bz4C ![]() 8bz5C ![]() 8bz6C ![]() 8bz7C ![]() 8bz8C ![]() 9gzjC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 71637.930 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-A1IR6 / ( Mass: 973.631 Da / Num. of mol.: 8 / Source method: obtained synthetically / Formula: C26H59NO29P4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.13 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M K/Na tartrate tetrahydrate 17.5% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97926 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.52→49 Å / Num. obs: 147299 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.52→2.56 Å / Rmerge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7280 / CC1/2: 0.516 / Rpim(I) all: 0.655 / Rrim(I) all: 1.242 / Rsym value: 1.053 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52→42.89 Å / SU ML: 0.3835 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.655 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 77.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→42.89 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Listeria monocytogenes (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Portugal, 1items
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