PDB-9gzk: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gzk

タイトル

Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 4-RboP-(CH2)6NH2

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; グリコシル基を移すもの / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes.
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2024年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gzk.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gzk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gzk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/9gzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/9gzk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8bz4C 8bz5C 8bz6C 8bz7C 8bz8C 9gzjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

438 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
146 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glycosyltransferase

F: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
146 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.318, 290.759, 91.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.245, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 71637.930 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7
#2: 化合物	ChemComp-A1IR6 / (Ribitol-phosphate)4-(CH2)6-NH2 / [(2S,3S,4R)-5-[[(2S,3R,4R)-5-[[(2S,3R,4R)-5-[6-azanylhexoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] [(2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate 分子量: 973.631 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₅₉NO₂₉P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M K/Na tartrate tetrahydrate 17.5% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→49 Å / Num. obs: 147299 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 60.05 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.084 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.52→2.56 Å / R_merge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 7280 / CC_1/2: 0.516 / R_pim(I) all: 0.655 / R_rim(I) all: 1.242 / R_sym value: 1.053

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.52→42.89 Å / SU ML: 0.3835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	7270	4.94 %
R_work	0.1985	139922	-
obs	0.2002	147192	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→42.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28735	0	236	334	29305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	29595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4236	39980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	4364
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	5106
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7759	11069

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.55	0.3507	260	0.3279	4630	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.55-2.58	0.3533	259	0.3205	4660	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.58-2.61	0.3189	238	0.3142	4705	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.61-2.64	0.3355	254	0.3086	4613	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.64-2.68	0.3418	257	0.3077	4708	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.68-2.71	0.3501	265	0.32	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.71-2.75	0.3756	260	0.3212	4649	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.75-2.79	0.377	232	0.3085	4677	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.79-2.84	0.3346	254	0.2914	4689	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.84-2.88	0.3141	239	0.2788	4653	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.88-2.93	0.2938	252	0.2625	4670	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.93-2.99	0.2967	276	0.253	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.99-3.05	0.3017	230	0.2505	4680	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.05-3.11	0.2925	241	0.2494	4693	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.11-3.17	0.268	251	0.2518	4654	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.17-3.25	0.2627	236	0.2362	4691	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.25-3.33	0.2653	239	0.2217	4673	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.33-3.42	0.2615	224	0.2165	4677	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.42-3.52	0.2857	229	0.2105	4654	X-RAY DIFFRACTION	99.31
3.52-3.63	0.2494	225	0.2059	4696	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.63-3.76	0.2198	251	0.2007	4697	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.76-3.91	0.2186	239	0.1795	4652	X-RAY DIFFRACTION	99.41
3.91-4.09	0.2151	263	0.1715	4608	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.09-4.31	0.1696	230	0.1613	4685	X-RAY DIFFRACTION	99.45
4.31-4.58	0.1779	229	0.145	4712	X-RAY DIFFRACTION	99.32
4.58-4.93	0.175	214	0.1493	4618	X-RAY DIFFRACTION	98.57
4.93-5.43	0.1872	235	0.1536	4714	X-RAY DIFFRACTION	99.44
5.43-6.21	0.205	244	0.1711	4655	X-RAY DIFFRACTION	99.13
6.21-7.81	0.2209	211	0.1802	4679	X-RAY DIFFRACTION	98.59
7.82-42.89	0.1671	233	0.1578	4540	X-RAY DIFFRACTION	95.5

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.53425692527	-0.838450701785	-0.48359575615	2.79132384095	-0.363155680939	2.9067359826	0.242502635704	0.730545945543	0.136781357178	-0.919333930547	-0.250664243818	0.0254544326723	-0.0532552349141	-0.0659095676468	0.0128251842238	0.751846463317	0.074573425589	-0.0797332382449	0.594597313217	0.0381232191203	0.385385435208	7.87503561859	6.25265186775	6.17478487941
2	0.899379648859	-0.409881982564	-0.00225629424725	2.08212017153	-0.117862094066	1.32752163742	-0.0236483681753	0.0600920211633	0.222349282305	-0.0859814193356	-0.0580529744675	0.104763823565	-0.355311954605	-0.145866613908	0.0801098313309	0.444441263813	0.0522543346391	-0.0311162169842	0.462391308173	-0.00485716206986	0.371807940602	3.12180876869	14.2147004936	34.0265866808
3	7.78697534833	-3.10681991217	0.259190357956	4.83604532187	0.998868683347	1.91474169785	-0.174178258327	-0.142826290108	-0.303335938277	0.103752192796	0.145791036503	0.0996280934643	0.318068512494	0.206478814073	0.0256798234006	0.639266476984	-0.00375157808497	0.0848003110545	0.35340280871	0.020891887393	0.310531552058	19.1267891885	-30.8568011636	38.1149767239
4	3.13661781584	0.131606597263	1.22444674915	2.82269327216	-0.769824946276	1.70002369468	-0.335940439168	-0.1591178423	0.387869983466	0.536714691955	-0.367628072682	-1.94539316967	-0.33961949806	0.861737171998	0.595606352498	0.894930227423	-0.0937828696149	-0.462476007596	1.08675160708	0.389786851951	1.73873654904	50.6231762465	12.5163009608	74.3106326354
5	1.68200968728	0.213397087152	0.559284822109	2.11087442506	-0.525761997205	1.75008383539	0.170174212333	-0.306973498248	-0.476609477752	0.518983849645	-0.212712655087	-0.881945110142	0.260609271303	0.322903577941	-0.0278946598673	0.756760778565	0.0690364550416	-0.198472398544	0.649068768886	0.139301638564	0.761020950635	30.2929063538	-4.26357863481	72.5839497866
6	2.45569573868	1.75306001122	0.382312084956	6.1198582189	-1.09618952944	1.98564798519	0.0877529776138	-0.209498326734	-0.0888402846258	0.478605406282	-0.129873116445	-0.083451562113	-0.0240825519113	-0.0602695673901	0.0538108016816	0.441135572747	0.0789862291183	-0.0223377258014	0.441305755387	-0.0392374384457	0.250347524496	14.1252669181	10.9082225995	63.0835438156
7	3.22245103963	1.23068603993	-1.29062338936	7.5872180191	-4.21567083805	6.03988881095	-0.106090519436	0.462264768696	0.570737346113	-0.0539507656787	0.00828961300375	-0.383857524787	-0.263648966026	0.517010887072	0.0264942628176	0.774929414661	-0.119336412044	-0.213420344501	0.592697004046	0.0599190017423	0.736134569725	25.6886379494	47.4206523376	49.8787134749
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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5	5	chain 'B' and (resid 142 through 354 )	B	C	142 - 354	125 - 332
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10	10	chain 'C' and (resid 274 through 523 )	C	F	274 - 523	250 - 499
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17	17	chain 'E' and (resid 18 through 128 )	E	J	18 - 128	1 - 107
18	18	chain 'E' and (resid 129 through 304 )	E	J	129 - 304	108 - 278
19	19	chain 'E' and (resid 305 through 523 )	E	J	305 - 523	279 - 497
20	20	chain 'E' and (resid 524 through 623 )	E	J	524 - 623	498 - 597
21	21	chain 'F' and (resid 18 through 90 )	F	L	18 - 90	1 - 59
22	22	chain 'F' and (resid 91 through 286 )	F	L	91 - 286	60 - 248
23	23	chain 'F' and (resid 287 through 523 )	F	L	287 - 523	249 - 485
24	24	chain 'F' and (resid 524 through 560 )	F	L	524 - 560	486 - 512
25	25	chain 'F' and (resid 561 through 618 )	F	L	561 - 618	513 - 544

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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