PDB-9gzj: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gzj

タイトル

Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with 3-RboP-(CH2)6NH2

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; グリコシル基を移すもの / hexosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes.
著者: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D.

履歴

登録	2024年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8bz4C 8bz5C 8bz6C 8bz7C 8bz8C 9gzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.248, 103.386, 178.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 71637.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: APD94_03445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401AAP7
#2: 化合物	ChemComp-A1IRZ / (Ribitol-phosphate)3-(CH2)6-NH2 / [(2S,3S,4R)-5-[[(2S,3R,4R)-5-[6-azanylhexoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2,3,4-tris(oxidanyl)pentoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] [(2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate 分子量: 759.521 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₈NO₂₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.15 M K/Na tartrate tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→48.42 Å / Num. obs: 66054 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 53.23 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.086 / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.34→2.39 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 1.363 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4341 / CC_1/2: 0.598 / R_pim(I) all: 0.601 / R_rim(I) all: 1.492 / R_sym value: 1.363 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.34→41.62 Å / SU ML: 0.3163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	3244	4.92 %
R_work	0.1923	62706	-
obs	0.194	65950	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→41.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9584	0	91	282	9957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	9867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5521	13324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	1696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5998	3691

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.37	0.3471	143	0.3208	2667	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.37-2.41	0.3012	148	0.2945	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.45	0.2948	138	0.2719	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.45-2.49	0.3096	129	0.2696	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.53	0.3157	168	0.2673	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.58	0.2977	133	0.2716	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.64	0.3189	138	0.2717	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.64-2.69	0.2873	134	0.258	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.76	0.2841	125	0.2382	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.83	0.2782	128	0.2212	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.9	0.2292	143	0.2254	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.9-2.99	0.2635	126	0.226	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.08	0.2673	146	0.226	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.08-3.19	0.2595	142	0.2402	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.19-3.32	0.2952	156	0.2163	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.47	0.2429	132	0.1952	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.47-3.66	0.2294	142	0.1902	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-3.88	0.1963	134	0.1767	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.88-4.18	0.1913	138	0.1593	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.18-4.6	0.1919	128	0.1445	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.27	0.1679	168	0.1494	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.27-6.63	0.2204	153	0.1828	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.64-41.62	0.1901	152	0.1666	2885	X-RAY DIFFRACTION	98.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.44299420199	0.0991043390562	-1.31305975097	1.50628487515	0.365916670357	1.95535767265	0.0568885802307	0.0377208222168	-0.141195236562	0.0800432155267	-0.0343722404203	0.148472764082	0.0552832777715	-0.190180597243	-0.0239822684472	0.342109720127	-0.0232313235596	-0.013484717692	0.267280853918	-0.00378143228258	0.367731520779	-28.9961269226	20.1124609935	-6.62303292474
2	1.27146826484	-0.352053820341	-0.249251720916	5.7939135574	-1.66547613135	1.77114193342	0.0287013460768	0.0172540676748	0.110645223882	0.0315207503723	-0.0188499935964	0.291710297796	-0.244744892854	-0.142627516458	-0.044234890392	0.258943099437	-0.00141656099147	0.0049202507936	0.307620987433	-0.0380124206212	0.358117660348	-22.3199197697	32.8093588169	-11.6696760104
3	0.930037291478	0.433675441085	0.184754995859	1.6065739648	0.480746717035	1.01064727963	-0.0190217564626	0.397464743993	-0.258364193082	-0.235953086892	0.0620090614676	-0.242022606856	0.0743685524979	0.0755729646755	-0.051850831085	0.34417329494	0.0174147423279	0.041405900601	0.480313366291	-0.105502937656	0.394850456369	-17.2234833601	13.7510698146	-35.1714789249
4	3.46658920168	-1.36301179778	-1.83710811131	0.568167454458	0.735538192056	0.977593322753	-0.803765744924	0.318089589441	1.42515703831	-0.267559674025	0.128909119898	0.0281356178692	-0.606633187906	-0.888923979151	0.573400697454	1.26235785636	0.0850164396913	-0.508508031224	1.14125792963	0.116012384741	1.06687382284	-54.2689168488	29.2591855561	-78.5410820075
5	2.17054453711	-0.204533754229	-0.916291611986	0.990277976215	1.21711638137	1.97089651937	-0.0103251360047	1.12377221123	0.523392687086	-0.323701719824	-0.512414598183	0.359164625588	-1.10462217588	0.0765299274043	0.556096609233	1.26384563799	-0.165390580783	-0.439189107448	1.48619006923	0.206439764534	1.05155299646	-60.9635025389	23.3501044259	-80.488483092
6	1.00259360034	-0.827640864238	1.70490924692	2.51132527507	-0.413521110522	5.06347813837	-0.533367411187	1.02107540404	0.281239535275	-1.08956040825	0.515278967128	0.630450082982	-0.584741653426	0.0233988044268	-0.00743578160045	0.936086609651	-0.362154575503	-0.195348860497	1.1777916118	0.215936513968	0.691063119771	-41.4344159721	17.7422746446	-80.3817384329
7	1.49059430376	0.617333123285	0.2912096804	1.76103114532	0.487852508627	1.75474624469	-0.295405079228	0.667411209596	0.0574320362754	-0.446509086829	0.503871646673	-0.110156417152	-0.537208941137	0.35479611275	-0.183214957414	0.630060437225	-0.15394854248	0.0510371957048	0.826163079872	-0.0368480846848	0.426678672608	-24.6901319629	23.5923935611	-62.1588838433

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 16 through 167 )	A	A	16 - 167	1 - 152
2	2	chain 'A' and (resid 168 through 255 )	A	A	168 - 255	153 - 240
3	3	chain 'A' and (resid 256 through 623 )	A	A	256 - 623	241 - 608
4	4	chain 'B' and (resid 19 through 55 )	B	D	19 - 55	1 - 32
5	5	chain 'B' and (resid 56 through 107 )	B	D	56 - 107	33 - 66
6	6	chain 'B' and (resid 108 through 237 )	B	D	108 - 237	67 - 188
7	7	chain 'B' and (resid 238 through 622 )	B	D	238 - 622	189 - 573

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)