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Yorodumi- PDB-8bz8: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in c... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8bz8 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in complex with TDP-rhamnose | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationTransferases; Glycosyltransferases / hexosyltransferase activity / biosynthetic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
| Funding support | Portugal, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2025Title: Molecular properties of the RmlT wall teichoic acid rhamnosyltransferase that modulates virulence in Listeria monocytogenes. Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Pombinho, R. / Voskuilen, T. / Codee, J.D.C. / Sousa, S. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8bz8.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8bz8.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8bz8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8bz8_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8bz8_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8bz8_validation.xml.gz | 124.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 8bz8_validation.cif.gz | 170.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 8bz4SC ![]() 8bz5C ![]() 8bz6C ![]() 8bz7C ![]() 9gzjC ![]() 9gzkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 71593.922 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: D198A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 695 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-TRH / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TAR / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.94 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 22.5% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.979415 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979415 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.52→49.28 Å / Num. obs: 154021 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 54.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.52→2.56 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7618 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.558 / Rrim(I) all: 1.503 / Rsym value: 1.394 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 8BZ4 Resolution: 2.52→45.76 Å / SU ML: 0.3571 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.13 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 63.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→45.76 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Listeria monocytogenes (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Portugal, 1items
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