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Yorodumi- PDB-8bz8: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bz8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in complex with TDP-rhamnose | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / D(-)-TARTARIC ACID / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT D198A variant in complex with TDP-rhamnose Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bz8.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bz8.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bz8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bz8_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bz8_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 8bz8_validation.xml.gz | 124.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8bz8_validation.cif.gz | 170.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bz4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 71593.922 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: D198A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A401AAP7 |
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-Non-polymers , 5 types, 695 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-TRH / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TAR / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 22.5% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.979415 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979415 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.52→49.28 Å / Num. obs: 154021 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 54.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 12.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.52→2.56 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.394 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 7618 / CC1/2: 0.568 / Rpim(I) all: 0.558 / Rrim(I) all: 1.503 / Rsym value: 1.394 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8BZ4 Resolution: 2.52→45.76 Å / SU ML: 0.3571 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.13 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→45.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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