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Yorodumi- PDB-8bz7: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TD... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8bz7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TDP-rhamnose | ||||||
Components | Glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / D(-)-TARTARIC ACID / 2'-DEOXY-THYMIDINE-BETA-L-RHAMNOSE / Glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the L. monocytogenes RmlT in complex with TDP-rhamnose Authors: Monteiro, R. / Cereija, T.B. / Morais-Cabral, J.H. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8bz7.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8bz7.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8bz7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8bz7_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8bz7_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 8bz7_validation.xml.gz | 132.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8bz7_validation.cif.gz | 183.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/8bz7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8bz4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 71637.930 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes (bacteria) / Gene: APD94_03445 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A401AAP7 |
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-Non-polymers , 6 types, 1222 molecules
#2: Chemical | ChemComp-TRH / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-TAR / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate 20% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979257 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979257 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 227206 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 46.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.087 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 11233 / CC1/2: 0.555 / Rpim(I) all: 0.658 / Rrim(I) all: 1.275 / Rsym value: 1.087 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8BZ4 Resolution: 2.2→50 Å / SU ML: 0.2964 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.2681 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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